他开创了AI蛋白质结构领域,现在要做比诺奖更大的事

有些蛋白质是结构性的,有些蛋白质是功能性的。结构性的蛋白质组成生物的身体——头发和指甲里的角蛋白,皮肤里的胶原蛋白,肌肉纤维里的肌球蛋白,血管里的弹性蛋白。功能性的蛋白质推动生物体内的机能与反应——帮助消化吸收的淀粉酶、脂肪酶,控制血糖的胰岛素,运输氧气的血红蛋白,存储铁的铁蛋白,传递信号的神经递质...

美科学家绘制出一种“长寿蛋白质”三维结构图

Klotho蛋白质位于特定身体组织里的细胞表面,负责与一类激素——成纤维细胞生长因子(FGF)相结合,这些激素调控着肝、肾、大脑等器官的重要代谢过程。新分析显示,β-Klotho是其中的FGF21的主要受体,两者结合之后,FGF21会增强机体对胰岛素的敏感性、促进葡萄糖代谢,导致体重减轻。研究人员表示,有了三维结构图,就可以为多...

ByteDance Research登Nature子刊:AI+冷冻电镜,揭示蛋白质动态

CryoSTAR是首个成功在冷冻电镜实验数据上应用蛋白质原子结构模态先验的方法，方法的主要特点有：结合蛋白质结构先验知识：CryoSTAR方法创新性地利用原子模型信息作为结构正则化来解决冷冻电镜数据中的构象动态问题，这与以往大多数仅从计算机视觉角度处理问题的方法不同。它要求一个初始原子模型作为参考，将其结构信息用于...

AI精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?颜宁等人点评

比如擎天柱是辆车还是个机器人,这就是不同的结构了,机器人能打架大车做运输,功能也不一样。而不同的汽车人组成成分可能差不多,都有合金、玻璃、橡胶,但是形态各异,特长也不一样。生物分子的组成成分和基本单元就那么几种,但是组装起来,不同的序列不同的结构,于是功能各异、五花八门。这个结构不是静止的,每一...

超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用

作者也指出了一些局限性,比如约4.4%的结构会出现不正确的手性(一种对称特性),或是幻觉导致“飘带”(一种常见的蛋白质二级结构元素)的出现减少。他们补充道,模拟准确率的进一步提升需要生成一个很大的预测集并对预测结构进行排序,而这会产生额外的计算成本。

2024年诺贝尔化学奖揭晓!揭开蛋白质折叠的秘密

首先,我们先要搞清楚什么是蛋白质折叠?蛋白质是由20种不同的氨基酸通过肽键连接而成的长链(www.e993.com)2024年11月28日。而这些长链在空间中是折叠成复杂的三维结构的,所以氨基酸的排列顺序其实就决定了蛋白质最终的三维结构,然而尽管科学家们知道蛋白质的氨基酸序列,但他们无法计算得知这些序列会如何折叠成特定的三维结构。由于蛋白质结构的复杂性...

追问weekly | 过去一周,脑科学领域有哪些新发现?

葡萄糖转运蛋白抑制有助老年大脑神经元再生阿尔茨海默病患者的大脑萎缩模式因个体差异显著神经外科患者成像首次揭示大脑的废物清除途径上海交通大学吴梦玥、天桥脑科学研究院联合团队开发智能对话系统助力抑郁症初诊微泡结合超声技术:为大脑药物递送开辟新路径...

马剑鹏:“如果没有今年的化学奖,可能就没有物理学奖”

这个就是历史,非常简单的AI预测蛋白质结构的发展历史。02AI变革蛋白结构预测、蛋白设计现在来讲讲这个Alphafold是怎么突然间两步就几乎做成了蛋白质结构预测,也就是AI框架。在Alphafold1出来以前,包括贝克都是在用计算机模拟的。绝大部分人都不是用AI在做这件事,因为AI在这方面的展示结果并不好,很多是用物理...

...血友病新疗法有望在中国率先上市;Al不止预测蛋白质结构|等四条...

与许多AI蛋白结构预测模型不同的是,AlphaFold3能够针对多种蛋白质、DNA、RNA和小分子配体之间的交互作用进行复合物结构预测,并可预测翻译后修饰(PTM)和离子对这些分子系统结构的影响。根据新闻稿,AlphaFold3具有原子级结构的精准度,能够加强针对难以靶向靶点的药物理性设计,有望为未来药物发现带来崭新的一页。

单模型斩获“蛋白质突变预测”榜一,西湖大学提出基于结构词表方法

SaProt的可视化结果非常清晰地将alpha蛋白质和beta蛋白质区分开来,而ESM-2的可视化结果却将两种蛋白质混杂在一起,这说明了SaProt对结构的变化有很强的感知能力。不同结构预测方法的比较除了AF2,目前还存在许多其他的单序列结构预测方法(如ESMFold),因此本文额外测试了其他方法预测出来的结构对SaProt性能的作用。