Nature Methods | 突破传统方法:DeepPBS模型助力蛋白质-DNA相互...
蛋白质结构预测方法(如AlphaFold、OpenFold和RoseTTAFold)以及蛋白质-DNA复合体模型(如RoseTTAFoldNA、RoseTTAFoldAll-Atom、MELD-DNA和AlphaFold3)的快速发展,导致可用于分析的结构数据呈指数增长。这种情况突显了需要一个通用的计算模型来分析蛋白质-DNA结构。该研究展示了DeepPBS如何与结构预测方法结合使用,以预...
蛋白质结构的解析方法:如何揭示蛋白质的三维构象?
解析蛋白质结构的方法,包括X射线晶体学、核磁共振和电子显微镜等,为我们揭示蛋白质的三维构象和功能提供了强大的工具。这些方法在药物研发和生物学研究中具有重要的应用价值,将进一步推动我们对蛋白质结构与功能的理解和应用。
考研生物物理学专业简介
生物物理学的研究对象主要包括生物体的组织、细胞、分子等不同层次的结构,以及这些结构所涉及的生物化学反应、生物电活动、生物光学等物理现象。通过运用物理学的原理和技术手段,生物物理学研究人员可以揭示生物体内各种生物过程的物理机制,如蛋白质的折叠和功能、细胞的运动和分裂、神经信号的传递等。生物物理学的研究...
填补AlphaFold3空白,字节跳动提出物理引导的方法让蛋白质动起来
在生成式蛋白质设计方面,团队研发了基于大规模蛋白质语言模型的序列设计方法LM-Design,大幅提高了蛋白质序列设计的准确度与效率;研发了结合扩散模型与语言模型的新一代蛋白质基础模型DPLM,首次全面统一了蛋白质建模、理解与生成;研发了基于偏好优化的抗体设计方法AbDPO,能够设计出同时满足多种性质和能量要求的抗体。
准确率比现有方法高50%!谷歌DeepMind全新深度学习模型AlphaFold 3...
AlphaFold3的生物分子结构准确率比现有最好的方法高50%论文称,基于AlphaFold2能力的提升,AlphaFold3如今能预测蛋白质与其他蛋白质、核酸、小分子、离子、修饰蛋白质残基的复合物,以及抗体-抗原相互作用,其预测准确性显著超过当前预测工具,包括AlphaFold-Multimer。DeepMind团队称,这意味着AlphaFold3将人类带到了蛋白...
在这迷人又壮美的科学领域,"中国玩家"能奋起直追吗?
安芬森假设,蛋白质折叠成其原始结构是由蛋白质的氨基酸序列自动完成的,氨基酸序列里就包含了所需的全部信息(www.e993.com)2024年9月7日。这就是安芬森教条。安芬森教条意味着,应该有一种方法可以从氨基酸序列预测蛋白质的形状,这就是蛋白质折叠问题。分子生物学中的许多假设被称为教条(dogma),最著名的是中心法则(Thecentraldogmaof...
...一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算方法
利用基于大规模并行图的聚类方法,我们将这些蛋白质归入了106,198个超过100个成员的新序列群,比利用相同方法从参考基因组聚类得到的蛋白质家族数量翻了一番。我们根据这些家族的分类学、栖息地、地理分布和基因邻近分布对其进行了注释,并在有足够序列多样性的情况下预测了蛋白质的三维模型,揭示了新的结构。总之,...
...烟台大学杨建荣副教授等:不同处理方法对蛋黄及其组分结构和...
鸡蛋是天然食品中最理想的蛋白质来源之一,主要由蛋壳、蛋清和蛋黄组成,蛋黄是其中结构最为复杂的一部分。通常认为蛋黄组分难以分离,现阶段最简单的分离方法是对蛋黄进行冷冻离心分离,得到蛋黄颗粒和蛋黄浆质。蛋黄颗粒与蛋黄浆质的结构均较为复杂,且是天然的纳米和微米尺度自组装结构单元。与浆质相比,颗粒结构更为复杂...
刚发Cell,又登Science!张锋团队连发重磅论文,两大领域迎来突破
▲Fanzor蛋白冷冻电镜结构(图片来源:张锋实验室)要想进一步改造、优化Fanzor,以提升其基因编辑的效率与准确性,掌握Fanzor的结构是重要前提。在发表于Cell的最新研究中,张锋团队就对3种不同真核生物的Fanzor结构进行了冷冻电镜解析。这3种Fanzor蛋白分别是:来自藻类Guillardiatheta的GtFz1、来自真菌Spizellomyces...
追问|蛋白质结构预测模型再升级,解锁新功能直接作用药物设计
首先,传统的药物筛选需要有明确的靶标,并确定靶标表面与药物小分子或配体小分子结合的部位,而新模型可以直接预测合适的靶标结合位置,“因此我们有可能针对全新靶标进行结构预测,并以此开发创新药。”常珊说。此外,在蛋白质和药物的相互作用中,两者形状构象都在发生变化,而传统方法很难对两者可能产生的协同变化进行...