他开创了AI蛋白质结构领域,现在要做比诺奖更大的事

有些蛋白质是结构性的,有些蛋白质是功能性的。结构性的蛋白质组成生物的身体——头发和指甲里的角蛋白,皮肤里的胶原蛋白,肌肉纤维里的肌球蛋白,血管里的弹性蛋白。功能性的蛋白质推动生物体内的机能与反应——帮助消化吸收的淀粉酶、脂肪酶,控制血糖的胰岛素,运输氧气的血红蛋白,存储铁的铁蛋白,传递信号的神经递质...

AI精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?颜宁等人点评

所以,一批科学家另辟蹊径,试图在已有的知识基础上,绕开劳心劳力又劳财的实验步骤,从蛋白质的序列直接通过计算预测出它们精准的三维结构。蛋白结构预测并不是一个新鲜学科,一直以来就是结构生物学的一个分支,很多科学家不断开发算法,希望根据序列预测出来的结构越来越准确。这个领域在过去十几年进步迅速,并且与实验结...

疫苗前沿 | 甲型流感病毒的反向疫苗学:从基因组测序到疫苗设计

这种多层次的组织结构使UISS特别灵活,易于适应多种生物场景,使其成为预测不同病理过程和任何新治疗效果的不可或缺的工具。作为一个有效的例子,我们专注于甲型流感病毒多表位疫苗的鉴定。2、材料2.1.测序从国家生物技术信息中心(NCBI)数据库已检索到HA和NA蛋白序列,在这个特殊的案例中,8种不同H5N1病毒的蛋白...

诺奖得主David Baker学生沈浩署名文章:蛋白质设计究竟是什么?

于是,贝克和他的团队将蛋白质数据库(PDB,ProteinDataBank)中的蛋白质打碎成小肽段,并通过随机插入组装的方法,用能量函数判断是否接受每一步,像搭积木一样,研发出了Rosetta蛋白质结构预测软件。这个软件在2004年第六届蛋白质结构预测大赛(CASP,CriticalAssessmentofStructurePrediction)上“一战成名”,...

Nature:蛋白质测序技术突破:PASTOR单分子水平精准解读蛋白质突变...

研究采用了基于ClpX解折酶的蛋白质转运模型,通过在纳米孔平台上监测蛋白质通过纳米孔时的电流变化,来捕捉蛋白质的结构信息。具体步骤包括将蛋白质样品加载至纳米孔装置中,并通过电压驱动蛋白质链穿过纳米孔。ClpX解折酶的作用下,蛋白质被逐步解折,并以一定的速度通过孔道,产生特定的电流信号。这些信号被归类为“YY...

《食品科学》:集美大学刘光明教授等:拟穴青蟹精氨酸激酶的重组...

1重组蛋白的表达1.1AK片段表达载体的构建及测序根据拟穴青蟹AK的AA序列(GI:375298903)和已解析的晶体结构(PDB:5ZHQ),以及已鉴定的抗原表位,AK的N端-螺旋结构域中包含1个位于AA29～53的线性表位区域,因此首先确定AK-E1为AA1～92(www.e993.com)2024年11月8日。在AK分子C端的...

单细胞蛋白质组测序原理

单细胞蛋白质组测序是一种基于质谱分析的方法,用于分析单一细胞中的蛋白质组成。它旨在揭示单细胞水平上的蛋白质异质性,并提供关于生物过程、疾病状态和药物响应的更深入理解。一、细胞分离首先,需要获得单一细胞。这通常通过流式细胞仪或微流控设备完成,这两种设备都可以对单一细胞进行排序并分离出来。

解码“生命天书”成功破译蛋白质测序难题

functionalizednanopore”的研究论文,阐明纳米孔单分子检测新策略,实现了对全部20种天然氨基酸的直接区分,提出并验证了纳米孔外切酶实时多肽测序(简称NEPS)方法,为实现单分子蛋白质测序提供了可行途径,展示出生物传感器技术与人工智能算法结合的优异潜力,代表我国生物传感技术与蛋白质组学工具的原始创新能力进入全球前沿方阵...

...methods》期刊封面 解码“生命天书” 成功破译蛋白质测序难题

“然后再通过结合人工智能,把足够多的电流信号收集起来,再加入算法,让电脑学习、总结出相似性,形成模版,氨基酸排序就跃然纸上了。”该研究成果的共同作者教授陈路说,NEPS方法集合了多学科特点,不仅为实现单分子蛋白质测序提供了可行途径,还展示出生物传感器技术与人工智能算法结合的优异潜力。

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到20世纪90年代中期,自动DNA测序和改进的计算工具使完整的微生物基因组得以测序,用于测量RNA,蛋白质,脂质和代谢物的高通量技术使科学家能够生成大量的细胞成分及其相互作用。这种分子生物学的“放大”产生了系统生物学领域,因为生物学家和计算机科学家开始将实验和计算结合起来,对细胞网络进行反向工程。