Nat Genet | 利用饱和基因组编辑分析抑癌基因BAP1编码序列中99%的...
图1:BAP1基因位点SGE的实验设计和工作流程BAP1的标准转录本(ENST00000460680.6)有17个外显子,由于寡核苷酸合成长度有限,研究设计了22个≤245bp的SGE靶区段,以饱和所有编码序列,以及20-90bp的外显子-内含子边界序列(内含子、5′UTR、3′UTR)。对于较大的外显子,设计了部分重叠的区段。所有HDR模板文库都...
茭白MADS-box基因家族有哪些保守基序和基因结构特征?
将拟南芥和水稻的MADS-Box蛋白序列用作查询序列,通过BLASTP在茭白基因组中搜索MADS-Box基因家族成员,阈值设定为E<10^-5,序列比对一致性(%相似度)和比对区域长度(比对长度)的一致性分别设定为70%和50%。在去除重复序列后,通过在线工具和EMBL-EBI上的HMMER服务对候选基因进行进一步确认。还对所有候选MADS-Box基因在...
【我为上海“奋力一跳”】苏薇洁,一位传承“苏轼基因”的科技工作者
周四:全天4台手术,保守估计20个小时。周五:全天又是5-6台手术。周六:飞往北京参加中国整形外科协会的年会。周日:预计半夜飞回上海。“那岂不是一周都没有休息了!”我们的诧异对她而言,早已是习惯的日常。事实上,苏薇洁已经整整一个月没有休息过了。尽管医生这个职业的高负荷已经不是什么新闻,但对于安排...
"基因敲除狗"是怎么造出来的
其中,向导RNA的设计并不是随机的,待编辑的区域附近需要存在相对保守的PAM序列(即三碱基序列NGG,其中N可以是任意碱基),而且向导RNA要与PAM上游的序列碱基互补配对。以基因敲除为例,如图3所示,在待敲除基因的上下游各设计一条向导RNA(向导RNA1,向导RNA2),将其与含有Cas9蛋白编码基因的质粒一同转入细胞中,向导RNA通过...
生物界的“奥本海默”——精神分裂症视角下的人类基因组计划(上)
但我在这里找到了这样一个项目”(Cook-Deegan,1994,p.174)。几年后,多梅尼奇推荐查尔斯·德里西获得由比尔·克林顿总统颁发的总统公民勋章。还有一个重大的障碍需要克服——决定哪个联邦机构将负责该计划。直到1986年中期,美国国立卫生研究院(NIH)对德里西或能源部的计划不怎么感兴趣,他们认为任何重要的健康...
PRGdb:植物R基因数据库
使用DRAGO2和DRAGO3分析了拟南芥蛋白质组的Araport11注释,然后使用InterProScan分析获得的推定抗性基因,并根据两个标准与DRAGO结果进行比较:包含DRAGO和InterProScan预测相同的蛋白质;考虑DRAGO预测相同或更好的蛋白质(www.e993.com)2024年9月16日。从每个抗性等级的MSA中提取最保守的区域构建209个HMMs。根据以下标准对这些HMMs进行进一步过滤:属于不...
简单说说,最近热议的“基因图谱”事件和生物武器
比如,东北亚吃水稻的日本人和欧洲吃面包的德国人,他们淀粉酶的基因序列就是完全一样的。二者的区别就在于,数量不同,东亚人染色体中淀粉酶的基因拷贝数,是欧洲人的好几倍!当年,人类基因组计划,曾经费了大劲,花了十年,最终确定,全部人类共有39000多个基因。
追问|隐秘的致病突变
华大基因的知情同意书和检测报告附录部分有一个二维码,扫码关注华大基因的微信公众号后,公众号会自动推送“安孕可”检测的基因变异列表。“家族性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症3型”是第154种疾病,对应的致病基因为UNC13D,可能导致该基因致病的突变位点很多,其中就包括位于内含子1保守区域的c.118-308>T变异位点,该...
我国科学家提出现生鸟类全新类群——“元素鸟类”
外显子树还表现出更低的拓扑结构一致性,且更容易受到抽样到不同基因序列而带来的偏差,以及抽样数据量多少的影响。这一结果再次佐证了基因间区序列是进行系统发育关系重构分析中更为理想的选择。“通过生命之树,我们不仅可以理解一个物种或者生物类群在何时起源、如何起源,以及起源后的演化历史,而且还为我们理解生物学...
Cell论文一作直播解读:抗体基因超突变的DNA柔性基础
图2:CDR突变偏好具有进化保守性随后,研究团队在体内进行了验证,将小鼠体内一段抗体基因DNA序列进行随机替换,发现新的序列环境显著改变了原始位点的突变频率。紧接着,研究团队进一步聚焦于一段CDR3序列,通过基因编辑快速获得携带不同CDR3上下文序列小鼠模型,发现序列改变对突变频率造成了不同程度的影响,并且序列改变越靠...