西湖大学李子青/深圳湾实验室周耀旗等解读AI赋能的蛋白质结构与...
蛋白质的体内合成受基因调控,其主链结构多为线型结构。具有非线型复杂拓扑结构的蛋白在大自然中较为少见,大多与特定的功能优势相联系。我们致力于拓展蛋白质的拓扑结构,以探索拓扑结构的构效关系以及生物医药应用。利用可基因编码的多肽标签-蛋白质化学反应,通过合理的设计及与蛋白质折叠的结合,我们已经合成了多种具有复...
AI填补蛋白质设计一大空白,或揭秘癌症、痴呆症发病机制,促进新药...
IDPs具有极端但通常非随机的结构异质性,不能形成稳定的折叠结构,因此与折叠蛋白质相比,IDPs的结构预测更具挑战性,其计算设计仍然受限。为此,FrancescoPesce和同事们已经解决了这个挑战。在之前发布的名为CALVADOS的计算模型的基础上,他们设计了一个通用算法来生成具有预定义全局属性的IDPs,并使用它来生产四...
基于几何图学习的物理系统建模:从动态系统到复杂系统
在蛋白质建模任务中,有一种任务称之为定向进化。其本质是通过突变,探究蛋白亲和力的变化,如果亲和力增加,则保留这个突变,在该突变基础上继续突变,从而迭代改进蛋白质。已有工作采用序列输入的方式,用循环神经网络/大语言模型进行建模;此外还有通过卷积核卷积蛋白三维结构对特征进行汇总。存在两个挑战:1)未考虑不同层次...
中国氨基酸行业发展历程、产业链知识图谱分析及市场前景研究报告
氨基酸是含氨基和羧基的一类有机化合物的统称,是构成蛋白质大分子的基础结构,几乎一切生命活动都与之有关,广泛应用于医药、农业、保健、食品、饲料、化妆品等领域。根据氨基酸分子中所含氨基和羧基数目的不同,氨基酸可以分为中性氨基酸、酸性氨基酸和碱性氨基酸;根据氨基酸的极性分类,氨基酸可以分为非极性氨基酸和极...
《科学》公布年度十大突破:人工智能预测蛋白质结构等入选
1.人工智能预测蛋白质结构今年7月,世界知名人工智能团队深度思维宣布,它利用AI智能软件程序——阿尔法折叠预测了人类表达的几乎所有蛋白质的结构,以及其他20种生物的几乎完整的蛋白质组。AI预测蛋白质结构将带来广泛应用,提供对基础生物学的见解并揭示潜在的药物靶点。11月,德国和美国的研究人员利用阿尔法折叠2和冷冻电...
刚发Cell,又登Science!张锋团队连发重磅论文,两大领域迎来突破
▲GtFz1的结构特征(图片来源:参考资料[1])同时,Fanzor蛋白的DNA识别、切割机制也有了新发现(www.e993.com)2024年9月7日。尽管Fanzor和Cas12都是从TnpB家族进化而来的,但两者的DNA识别、切割机制存在明显差异。研究团队发现,Fz1中额外的REC结构域结构对加载到RuvC结构域上的靶DNA的R-loop稳定有贡献。REC结构域对DNA解旋机制和R-loop调控的适...
人工智能终结了蛋白质研究吗?一文读懂蛋白质折叠的前世今生
蛋白质是具有数亿种不同结构的分子。每一种都具有特定的生物功能,有些负责在血液中输送氧气,有些则负责引发化学反应。具体功能通常由其形状或结构决定。上:从左往右依次为SARS-COV-2刺突蛋白、新冠疫苗靶点;5-羟色胺受体、管控情绪与消化;血红蛋白、输送血液中的氧气;细胞因子、调节免疫防御。
饮食习惯一点改变,就能吃出“长寿”!研究发现:这样吃延寿6年!
特别是亚硝酸盐这种物质,亚硝酸盐本身没有危害,但是亚硝酸盐在进入人体后,会跟体内蛋白质的二级胺结合,产生一种新的强致癌物——亚硝胺。亚硝胺具有强烈的毒性,容易增加肝癌、口腔癌、食道癌、肺癌等多种癌症的患病几率。健康时报图6.少喝含糖饮料...
Nature|Alphafold 3.0:AI 蛋白质预测器的升级
图示为7R6R-DNA结合蛋白:AlphaFold3预测的分子复合物中具有与DNA双螺旋(粉红色)结合的蛋白质(蓝色),与通过艰苦实验发现的真实分子结构(灰色)近乎完美匹配。(图5)共价修饰(结合配体、糖基化、修饰的蛋白残基和202个核酸碱基)也可以通过AF3准确预测,包括对任何聚合物残基(蛋白质、RNA或DNA)的修饰。其...
结构速递 | 一周“结构”要览 VOL.80(9.11~9.17)
nirmatrelvir是一种针对SARS-CoV-2主要蛋白酶(Mpro)的特异性抗病毒药物,已被批准用于治疗COVID-19。作为一种以高突变率为特征的RNA病毒,SARS-CoV-2是否会对nirmatrelvir产生耐药性是一个令人担忧的问题。研究人员以前的发现表明,有几种突变途径会产生对nirmatrelvir的耐药性,但其中一些途径会导致病毒复制能力的丧...