更有效地解析和设计蛋白质

当然预测结果没有实验解析这么准,很多情况下仍然需要实验结构来证实。另外大卫·贝克发展的蛋白质设计方法,可以制造出在自然界中没有的蛋白质。比如说我们可以设计出一种和某种毒药分子发生作用会发光的蛋白质,然后利用它进行毒药检测;还可以设计其他功能,比如说设计疫苗。既然现在已经预测了自然界所有的蛋白质,我们就...

人工智能喜提诺奖,科学是否已经Next Level了?| 活动回顾

贝克花了十几年的时间,使用计算方法解析蛋白质折叠。而另一半则是颁给了哈萨比斯(DemisHassabis)和江珀(JohnJumper),表彰两位在蛋白质结构预测方面的贡献,也就是大家耳熟能详的AlphaFold。那么,请问本届诺贝尔奖和AI之间的联系有多紧密呢?周熠:我觉得AI值得科学界的最高奖项,目前公认的便是诺贝尔奖。不过从狭义...

...国际研讨会-邓云教授:汉麻籽源蛋白肽结构-降脂活性构效关系解析

筛选出汾麻3号作为后续活性组分挖掘的原料;通过物理辅助酶解法制备了汉麻籽蛋白酶解物,结合超滤、肽组学和虚拟筛选等方法,筛选出具有高抑制胰脂肪酶和胆固醇酯酶活性的肽组分,并在模拟肠道环境中验证了筛选多肽的活性,最终确定2条降脂肽(RLPA和APAM);进一步从动力学和热力学角度探究了降脂肽与脂质消化酶的分子作用...

单模型斩获“蛋白质突变预测”榜一,西湖大学提出基于结构词表方法

图左和图中是两种经典的蛋白质结构建模方式,即将结构信息编码成bias后添加到transformer的attentionmap中(如Evoformer,Uni-Mol),或者使用图神经网络的方式建模蛋白质的空间关系(如MIF,GearNet等)。然而从loss图中可以发现,当上述两种建模方式在AF2结构上使用MLM的训练目标进行预训练时,模型会非常迅速地过拟合(表现为...

复旦学者提出蛋白解析新算法,相关代码已在GitHub开源

据了解，蛋白质结构解析——分为实验蛋白测定和计算蛋白预测。实验蛋白测定，顾名思义就是在实验室里通过精密操作来测定蛋白质的结构情况，这一工作涉及到使用实验仪器。冷冻电子显微镜就是一种重要的仪器，通过它的极低温环境，可以将蛋白质冷冻，从而进行观察并收集数据。目前，它也是测定蛋白结构的一种重要手段。计...

Cell | 结构之美:探索结构生物学的真相与幻象

"避免组"的结构与影响在药物发现过程中,识别和避免那些可能导致不良反应的蛋白质靶点(即“避免组”)是一项重要任务(www.e993.com)2024年11月8日。这包括一系列的代谢酶、转运蛋白和其他可能与药物发生相互作用的蛋白质。通过结构生物学方法解析这些“避免组”蛋白的结构,可以帮助研究者设计出更为安全和有效的药物分子,减少其与非目标蛋白相互作用...

...河北农业大学王文秀副教授等:南美白对虾热风干制过程蛋白质与...

2.5蛋白质三级结构的变化对虾在干制过程中肌原纤维蛋白的荧光光谱如图6所示,可以看到新鲜虾的肌原纤维蛋白在343nm波长处显示出最高的荧光强度,水煮后荧光强度略有降低。疏水键是表征蛋白质三级结构的重要化学作用力,其含量越高表明蛋白质的变性程度越大。如图4所示,疏水键的相对含量在干制过程中逐渐上升,肌浆蛋白...

Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具

在传统的结构生物学研究中,人们可以使用X射线晶体衍射、核磁共振及冷冻电镜等实验手段去解析蛋白质复合物的原子结构。但是结构生物学实验往往耗费大量人力物力,无法用于大规模获取蛋白质组级别的分子结构信息。并且,因为技术上的限制(如结构的稳定性以及高阶复合物的尺度等),某些蛋白质相互作用的结构并不能通过传统的...

周耀旗:AlphaFold 3的优势和短板在哪里?

这个方法主要在蛋白质-小分子配体,蛋白质-蛋白质,抗体-抗原结构,蛋白质-RNA/DNA复合物结构上比当前最好方法前进了一大步,在蛋白质修饰后的结构预测实现了0到1的突破。但在RNA结构预测方面,还不如基于我们BRiQ能量函数的AIchemy-RNA2方法。此外,在蛋白质单体结构预测上也没有新的突破,还是严重依赖于同源序列的...

整合生命组学数据,揭示生命复杂系统构成原理

1.差异表达分析(DifferentialExpressionAnalysis):通过统计方法识别在不同条件下显著差异表达的基因。2.蛋白-蛋白互作网络分析(Protein-ProteinInteractionNetworkAnalysis):使用STRING,Cytoscape等工具构建蛋白-蛋白互作网络,识别关键节点和模块。例如:用DNAJC5查询STRING蛋白-蛋白相互作用网络。蛋白质之间的彩色线...