填补AlphaFold3空白,字节跳动提出物理引导的方法让蛋白质动起来
团队在生成式蛋白质设计、蛋白质构象预测以及冷冻电镜解析等领域取得了业界瞩目的成果。在生成式蛋白质设计方面,团队研发了基于大规模蛋白质语言模型的序列设计方法LM-Design,大幅提高了蛋白质序列设计的准确度与效率;研发了结合扩散模型与语言模型的新一代蛋白质基础模型DPLM,首次全面统一了蛋白质建模、理解与生成;...
解密蛋白质结构:探索生物系统的精巧设计
蛋白质的结构可以分为四个层次:一级结构(氨基酸序列),二级结构(α-螺旋和β-折叠),三级结构(空间折叠),以及四级结构(多个多肽链的组合)。2.蛋白质结构的解析方法为了解密蛋白质的结构,科学家们发展了许多实验和计算方法。X射线晶体学、核磁共振和电子显微镜是常用的实验手段,可以获得高分辨率的蛋白质结构信息。...
...马剑鹏团队在计算生物学取得突破,实现蛋白质结构冷冻电镜解析...
该算法不但能成功解析冷冻电子显微镜(Cryo-EM)结构解析技术中因传统方法无法分辨而缺损的生物大分子(比如蛋白质、核酸或蛋白质/核酸复合物等)结构,并且能高效精准地分辨出柔性结构域在受测样品中的构象分布。这一新方法能有效建立高精度的生物大分子结构模型,帮助解决药物设计中因目标蛋白结构不准而导致的新药研发失败...
Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具
在传统的结构生物学研究中,人们可以使用X射线晶体衍射、核磁共振及冷冻电镜等实验手段去解析蛋白质复合物的原子结构。但是结构生物学实验往往耗费大量人力物力,无法用于大规模获取蛋白质组级别的分子结构信息。并且,因为技术上的限制(如结构的稳定性以及高阶复合物的尺度等),某些蛋白质相互作用的结构并不能通过传统的结...
深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...
解决同源序列不足的蛋白质结构预测的两种方法是:用新解析的基因组或宏基因组数据更新序列数据库,并提高同源搜索的灵敏度。这可能对某些蛋白质有效,但不能解决那些缺乏天然同源序列的蛋白质的问题。另外一种方法是,通过学习数据库中的其他进化序列,使用隐含进化信息的蛋白质语言模型。然而,这两种方法均无法对不同...
专访隋森芳院士:解析超大蛋白复合物原位结构,达成细胞切片样品最...
不过,如上所说,除了PBS,光合系统还包括类囊体膜上的PSII和PSI(www.e993.com)2024年7月23日。因此,必须解析出一个完整的光合系统结构,才能解决PBS的能量传输机制和分配机制。“传统的分离纯化方法并不能解决这一问题,因为捕光天线PBS是水溶性的,而膜蛋白PSII和PSI是脂溶性的,要想从生物化学角度将其完整地分离出来几乎不可能...
修饰蛋白质组学:解析蛋白质与修饰之间的关系
1.修饰蛋白质组学的原理与方法修饰蛋白质组学是通过质谱技术等高通量手段,鉴定蛋白质上不同类型的修饰。蛋白质的修饰类型包括磷酸化、乙酰化、甲基化等多种方式。这些修饰可以调控蛋白质的结构、稳定性和功能,从而影响细胞内的信号传导、代谢调控等生物过程。修饰蛋白质组学技术的发展,使得我们能够更加全面地了解蛋...
...大学马剑鹏团队开发智能算法,大幅提升冷冻电镜蛋白结构解析...
该研究开发了一种新型计算方法——OPUS-DSD,该算法不但能够成功地解析冷冻电子显微镜(Cryo-EM)结构解析技术中因传统方法无法分辨而缺损的生物大分子(比如蛋白质、核酸或蛋白质/核酸复合物等)结构,并且高效精准地分辨出柔性结构域在受测样品中的构象分布。这一新方法能有效建立高精度的生物大分子结构模型,帮助解决药物...
复旦学者提出蛋白解析新算法,为冷冻电镜工具箱带来及时补充,相关...
从蛋白质结构解析的两种测定方法说起据了解,蛋白质结构解析——分为实验蛋白测定和计算蛋白预测。实验蛋白测定,顾名思义就是在实验室里通过精密操作来测定蛋白质的结构情况,这一工作涉及到使用实验仪器。冷冻电子显微镜就是一种重要的仪器,通过它的极低温环境,可以将蛋白质冷冻,从而进行观察并收集数据。目前,它也...
登山的快乐是在爬山的过程中——施蕴渝院士学术成长经历 | 科技导报
4开展蛋白质结构、动力学与功能研究20世纪80年代,X射线晶体衍射可以在原子分辨率下提供有关蛋白质和核酸三维结构最完整的信息,是生物大分子空间结构测定最主要的方法。1974年的生物磁共振国际会议(ICMRBS)上,苏黎世联邦理工学院(ETHZürich)的物理化学家RichardErnst教授提出了第一个二维核磁共振实验,并用密度算符...