2024年诺奖技术再升级,AlphaFold3来了!超越蛋白质结构,全面预测...
AlphaFold3能够通过对药物分子(例如与蛋白质结合的配体和抗体)的预测,为药物设计赋能,从而改变人类健康和疾病过程中蛋白质的相互作用方式。AlphaFold3在预测药物相互作用方面达到了前所未有的准确度,包括蛋白质与配体的结合以及抗体与靶蛋白的结合。AlphaFold3在不使用任何结构信息的情况下,比最好的传统方法在PoseBusters...
2024年诺贝尔化学奖揭晓!揭开蛋白质折叠的秘密
第一步:贝克依赖于他们开发的Rosetta蛋白质结构预测算法,可以预测氨基酸序列在形成蛋白质时可能采取的三维结构。第二步:利用这个工具,他们针对随机生成的一系列氨基酸序列进行结构预测,这些序列都是在自然界中未被观察到的。如果预测结果显示出合理的蛋白质结构,那么这条氨基酸序列就会被保留下来,反之则抛弃该序列。第...
2024化学诺奖专家解读:颁给蛋白质预测和AI实至名归,化学家还不会...
多肽链会以螺旋或折叠的方式形成特定的“二级结构”,这些二级结构又能通过连接结构形成更复杂的三级结构。正如在折纸时涉及到纸张硬度、施力大小等多种物理、材料规律,多肽链的折叠也是由氨基酸序列中原子和分子的相互作用决定的,如氢键、疏水作用、离子键、范德华力等。沈琦说,要研究这个过程,就涉及到微观层面的物...
因为一个“很难,很重要的问题”,我从计算机转向研究蛋白质
最右边的蛋白(朊蛋白)跟疯牛病有关系,这里显示了朊蛋白两种不同构型,左边的构型是正常的折叠状态,右边的是不正常的折叠状态。如果朊蛋白的折叠是右边这个形状的话,就会引起疯牛病。所以,蛋白质结构是个非常重要的问题。蛋白质由很多氨基酸通过化学键串在一起。这里我用一些小球去表示这些氨基酸,每种颜色的小球表示...
诺贝尔化学奖给了预测蛋白质的哈萨比斯等,是AI for Science,物理...
包括甘氨酸(Glycine)谷氨酸(Glutamicacid)谷氨酰胺(Glutamine)半胱氨酸(Cysteine)天冬氨酸(Asparticacid)等等...右侧展示了从氨基酸到蛋白质的形成过程:氨基酸首先以"串珠子"的方式连接成一条链(STRINGOFAMINOACIDS)这条氨基酸链最终会折叠成特定的三维结构,形成功能性蛋白质(PROTEIN)...
AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光
答案在于,蛋白质拥有丰富而复杂的空间结构,这些结构决定了蛋白质的功能(www.e993.com)2024年10月17日。蛋白质以氨基酸为基本组成单位,氨基酸的不同排列(即序列)以及在此基础上的卷曲折叠,形成了特定的三维立体结构,进而执行不同的功能。人类现在已知组成蛋白质的氨基酸有20余种,如果它们可以以任意顺序和长度链接、并折叠形成不同的蛋白质,那么理论上...
...河南科技大学罗登林教授等:热处理对荞麦麸皮蛋白结构与理化...
由图2B可知,未经过热处理的SPI、TBBP与CBBP中二级结构的主要组成为相对稳定的α-螺旋与β-折叠结构,两者结构总占比可衡量蛋白质的稳定性,TBBP与CBBP中α-螺旋和β-折叠结构所占总比例相近(分别为66.95%和67.84%),均低于SPI(68.30%),表明制备的荞麦麸皮蛋白二级结构的稳定性低于SPI。经热处理后,SPI-G、TBBP-G与...
AI 发现16万种新RNA病毒成果登上《Cell》后,我们和阿里云算法专家...
LucaProt基于Transformer框架与大模型技术,结合蛋白质序列与结构特征,在测试中展现出高准确性与特异性。通过引入蛋白质结构性信息,模型在外部验证集上达到97.4%召回率及0.023%假阳性率,检测速度仅需几百毫秒至几秒,远超经典方法的几天至几周。研究团队利用云计算与AI技术发现超16万种新RNA病毒,是已知种类的近30倍...
“统治”诺贝尔奖背后,知识的尽头是AI
蛋白质结构从简单到复杂,总共分为4级。一级结构比较容易确定,简单的生物实验如质谱法即可,但涉及到二级以上结构如何折叠的,结构生物学家往往需要利用X射线、核磁共振、电游仪、冷冻电镜来检测。这些方法耗时耗力、人工成本也极高,比如电泳仪只能间接进行测量,实验中还受较多因素干扰,因而会影响对蛋白质结构的分析与...
Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
我们会举例说明RNA-seq在RNA生物学关键研究中的应用,包括转录和翻译的动力学分析,RNA结构,RNA-RNA和RNA-蛋白质间相互作用等。最后我们小小地展望一下RNA-seq的未来,如单细胞和空间转录组是否也会是以后的常规分析,在什么情况下longreads会替代shortreadsRNA-seq。不过篇幅有限,本文对RNA-seq分析还是有照顾不到...