AI精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?颜宁等人点评
AlphaFold目前还不能预测复杂的分子机器,主要是因为蛋白-蛋白相互作用非常复杂,存在极多的可能性。实验手段所揭示出来的蛋白-蛋白相互作用方式还只是冰山一角,更何况在不同生理条件和过程中的结构变化。因此,未来对有特定功能的、多个成分组成的、生物大分子复合体的结构解析,以及体内的结构分析,将成为结构生物学实验研究...
...3来了!超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用
AlphaFold3能够通过对药物分子(例如与蛋白质结合的配体和抗体)的预测,为药物设计赋能,从而改变人类健康和疾病过程中蛋白质的相互作用方式。AlphaFold3在预测药物相互作用方面达到了前所未有的准确度,包括蛋白质与配体的结合以及抗体与靶蛋白的结合。AlphaFold3在不使用任何结构信息的情况下,比最好的传统方法在Pose...
AI赢麻了?2024年诺贝尔化学奖授予蛋白质结构预测|科技观察
这一模型能够准确预测蛋白质、DNA、RNA以及配体等生命分子的结构及其相互作用方式,在2??的实验误差内预测了约80%的蛋白质-配体复合物,实现了前所未有的准确度。戴密斯·哈萨比斯和约翰·M·詹伯也因在蛋白质结构预测方面的工作,而获得了2023年生命科学突破奖。没有蛋白质,生命就不可能存在。以往通过实...
...给DeepMind哈萨比斯和大卫·贝克等三位,表彰蛋白质结构预测成果
他的研究重点是蛋白质结构的预测和设计、蛋白质折叠机制、蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-核苷酸相互作用以及蛋白质-配体相互作用。他通过实验来理解这些问题背后的基本原理,并基于这些见解开发简单的计算模型,还通过结构预测和设计来测试模型。近年来,Baker团队开发了可用于蛋白质结构预测的RoseTTAFold,该算法已扩展到...
David Baker任科学顾问,初创公司发布世界最大蛋白质相互作用数据...
蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-ProteinInteractions,PPI)是细胞生命活动的重要组成部分,在调控和维持细胞的生理功能中(如细胞的信号传导、代谢反应和基因表达)发挥着不可或缺的作用。然而目前PPl数据库中的数据相对较少,最新的结合亲和数据集(PDBbind+)只有3,176个数据。
Cell:利用蛋白质组学破解细胞表明的通信语言
他们首先使用邻近标记(proximitylabeling)技术捕捉细胞内与teneurin相互作用的分子(www.e993.com)2024年10月17日。然后,他们利用蛋白质组学来识别这些蛋白质,并缩小了可能参与这一过程的蛋白质的范围。他们随后利用遗传学方法了解了这些候选蛋白如何与tenurin相互作用,从而确定了信号伴侣,并阐明了突触伴侣匹配背后的细胞和分子机制。
谷歌AlphaProteo AI 模型登场:突破蛋白质结合剂设计挑战
AlphaFold等蛋白质结构预测工具,可以帮助科学家更深入了解蛋白质如何相互作用以发挥其功能的,但这些工具无法创造出新的蛋白质来直接操纵这些相互作用。AlphaProteo简介为此谷歌推出AlphaProteo,是其首个用于设计新型高强度蛋白质结合剂的人工智能系统,可作为生物和健康研究的基石。这项技术有可能加速人类对生物过程的理...
追问weekly | 过去一周,脑科学领域有哪些新发现?
打破蛋白质相互作用预测瓶颈,AlphaSeq数据集引领新突破GPT-4从第三人称视角模拟普通人类情感认知神经网络与大脑活动对齐:度量方法的选择显著影响研究结论GPT-4V在社交感知上媲美人类mosGraphGen:助力多组学数据的图形AI模型开发█大脑健康发现驱动阿尔茨海默病的细胞群体...
当大模型遇上生命科学,有望真正解码生命“语言”的奥秘
据介绍,xTrimo模型训练所使用的专有数据集,包括超过60亿个蛋白质、1000亿个蛋白质-蛋白质相互作用,以及来自1亿多个细胞的数万亿个单细胞基因表达测量结果。目前,“xTrimo”大模型体系中的任务模型,已经在包括抗体结构、抗体功能、药物研发、疾病治疗、细胞学研究等多个方向在内的40多个生命科学任务取得了...
中国农业科学院谷物加工与品质调控创新团队从蛋白质相互作用角度...
温度、酸碱度和NaCl浓度是制备大豆分离蛋白的主要影响因素,通过调控上述三个条件参数可以生产不同聚集程度的大豆分离蛋白,进而影响蛋白质制品质构形态。团队通过系统梳理国内外相关研究数据报道,从蛋白质相互作用视角解析了大豆蛋白聚集和凝胶形态的变化机制。研究发现,蛋白质中的二硫键、疏水相互作用、静电相互作用和氢键...