David Baker:可预测所有生物分子,生成具有高级结构的蛋白质
公开资料显示,AlphaFold是DeepMind推出的蛋白结构预测工具;RoseTTAFold是DavidBaker实验室推出用于预测蛋白质结构的深度神经网络,RFdiffusion则是该实验室推出用于从头构建全新蛋白质的生成式AI工具。这些工具专注于蛋白质的氨基酸构建模块,而非捕获蛋白质如何与其他生物分子相互作用。“不过,蛋白质不能单独发挥作...
「AlphaFold 3」要来了?DeepMind推出新一代蛋白质结构预测工具,已...
??考虑到比较系统使用已知的蛋白质结构作为基础,AlphaFold3在配体对接的准确性方面,优于开源分子建模模拟软件AutoDockVina等传统系统;??与AlphaFold2.3相比,AlphaFold3在预测蛋白质-蛋白质结构方面,抗体结合结构显著增强;??此在蛋白质-核酸相互作用方面,AlphaFold3优于其他竞争方法,如RoseTTA2FoldNA...
不用冷冻电镜,有手就行!学会它你也能分分钟成为结构生物学大佬
PyMoL软件以「Py+MoL」命名,Py表示该软件由计算机语言Python衍生而来,MoL则是英文molecule的前三个字母,表示该软件是一款分子可视化软件。其适用于绘制小分子或生物大分子如蛋白质的三维结构图像,具有免费的开放源码、鼠标操作与命令行操作、文档文件和会话文件并存等优点。据统计在已发表的论文里,约有四分...
...药物研发新革命,AlphaFold3太强了!专家团队手把手教授AI蛋白质...
此次推出的AlphaFold3是一个强大的结构预测统一框架,涵盖了前所未有的广度和精确度,能够高准确性预测蛋白质与其他各种生物分子相互作用的结构。这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及预测翻...
上技发布 | 上海健康医学院“靶向Frizzled-7抗体及其双功能蛋白的...
专利3:一种靶向Frizzled-7的抗体融合蛋白及其制备方法与用途(ZL202010973074.9)技术优势一、应用生物信息学软件Discoverystudio设计鼠源FR区非关键氨基酸人源化突变可以有效降低抗体亲和力丢失风险。本项目应用抗体数据库和生物信息学软件进行人源化设计:1、根据重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)的序列搜索HumanGermline...
药物化学领域“新课题”有了!顶刊审稿专家倾囊相授!
实例讲解与练习:蛋白结构域SH3中特征结构片段分子动力学模拟18.同源建模蛋白的深度优化策略18如何在Windows环境下完成简单高效的分子动力学模拟18.1Gromacs简介18.2实操指南18.2.1获取并处理pdb文件18.2.2用pdb2gmx获得拓扑文件18.2.3创建模拟盒子18.2.4蛋白质分子真空中的能量最小化18.2.5向盒...
AI辅助糖尿病药物开发,效果提升3倍,中国团队研究登Nature子刊
从2000年到现在,生物医药领域有一些标志性的重大事件。其一是薛定谔公司的药物发现完整软件包上市,它极大地推动了计算化学和分子模拟技术的发展,提高了科学研究和药物开发的效率和成功率,让生物医药来到了全新时代。其二是英伟达推出CUDA,将GPU强大的计算能力引入到科学领域、加速计算机模拟计算,让行业的效率进一步提升。
2024年值得关注的七大科技
二十年前,在西雅图的华盛顿大学,大卫·贝克(DavidBaker)和他的同事取得了里程碑式的科研成果:他们用计算机工具从头设计了一个全新的蛋白质——Top7。这条蛋白质以预测的结构折迭,但它是惰性的,没有任何有意义的生物学功能。如今从头蛋白质设计(denovoproteindesign)已经非常成熟,成为可以用于定制酶和其他蛋白质...
审评改革喜结丰硕成果 医药创新增进人民福祉——2023年获批上市的...
4.胶原蛋白软骨修复支架注册人:UbiosisCo.,Ltd该产品在生产中创新性地采用了胶原提取的过程除菌工艺,并去除了具有免疫原性的端肽结构,能够批量化、稳定地生产出具有完整三螺旋结构的胶原蛋白材料。5.磁共振监测半导体激光治疗设备注册人:华科精准(北京)医疗科技有限公司...
Nature Methods | 光遗传学新突破:控制单分子释放的创新方法
定位精确性:高尔基体的特殊结构为光敏蛋白和目标分子提供了独特的微环境,有助于提高定位的精确性。释放控制:光敏蛋白在高尔基体的激活可以通过细胞内信号传递路径精确控制,从而实现对目标分子释放时间和位置的精确控制。功能多样性:高尔基体内的不同区域具有不同的生化环境,可以根据目标分子的特性选择最适合的区域进行...