AI精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?颜宁等人点评

AI精准预测蛋白质结构,结构生物学学家如何走好下一步,今年前知名学者颜宁就在讨论这个问题。2020年12月1日,谷歌旗下的DeepMind公司宣布,其新一代AlphaFold人工智能系统在国际蛋白质结构预测竞赛(CASP)上击败了其余的参会选手,精确预测了蛋白质的三维结构,准确性可与冷冻电子显微镜(cryo-EM)、核磁共振或X射线晶体...

2024年诺贝尔化学奖揭晓!揭开蛋白质折叠的秘密

AlphaFold2的技术特点是使用了一种基于深度学习的方法,特别是注意力机制和神经网络,用于预测蛋白质的氨基酸对之间的距离,并据此构建蛋白质的三维结构。它的成功震撼了科学界,被誉为生物信息学和结构生物学领域的一个划时代里程碑。它展现了人工智能在攻克长期悬而未决的生物学难题上所蕴含的巨大潜力。虽然这些预测结构...

分析蛋白质功能结构域的策略和步骤

1.序列比对使用如BLAST之类的工具,将目标蛋白序列与已知的蛋白数据库进行比对,寻找相似的已知结构或功能的区域。2.域预测使用专门的软件工具,如Pfam、InterPro、SMART等,来预测蛋白序列中可能存在的结构域或功能域。3.三维结构预测如果可行,可以使用如Phyre2、SWISS-MODEL等工具来预测蛋白质的三维结构。这可以...

DNASTAR软件教程 -- 使用NovaFold AI预测蛋白质的3D结构

51:22GAMSMIRO1.0-在几分钟内部署您的GAMS模型02:51Surfer新功能之共享3D模型01:41PSCADV5新功能视频教程--导航功能04:09SeqManUltra17.0和17.1中进行参考引导的Sanger序列组装和分析05:53JDemetra+在EViews中执行季节性调整03:11SPSSPRO软件教程--耦合协调度网易...

AI凭啥又得奖?就凭它半小时干完了几年的活

而贝克和他开发的蛋白质分析软件Rosetta彻底改变了这种局面,让从头开始轻松设计蛋白质变成可能。2003年时,他首次利用软件成功创造出了一个与天然蛋白质截然不同的新蛋白质:Top7。大卫·贝克首次创造出了与已知的所有蛋白质完全不同的蛋白质Top7。过去,从事蛋白质设计的研究人员只能模仿现有结构来创造新蛋白质,但Top...

从头设计蛋白的“上帝之手 ”David Baker,极大地推动了蛋白质结构...

而蛋白质可以看做是一种自然界的语言,Baker希望通过Rosetta这个软件来解决把蛋白质的序列翻译成结构的难题(www.e993.com)2024年11月3日。当然,Baker并不是唯一这么想的科学家。随着人类基因组计划的进步,1990年代科学家们突然获得了大量基因的序列,并据此推导出大部分人类蛋白质的序列。但科学家对这些序列所对应的蛋白质结构还所知甚少。依靠...

Nature与Science同时出王炸!生命科学领域又一位“天才少年”诞生...

可视化软件pymol使用AMBER分子动力学模拟高斯加速分子动力学模拟模拟轨迹RG,RMSD,RMSF,二级结构变化,PCA分析MM-GB/PBSA方法计算结合自由能实践范例:蛋白和小分子配体的分子动力学模拟第二天机器学习与深度学习基本知识a)经典模型线性及非线性映射:线性回归、逻辑回归聚类:K-近邻聚类核方法:支持向量机...

在这迷人又壮美的科学领域,"中国玩家"能奋起直追吗?

正如安芬森的教条,蛋白质的结构应该能从其氨基酸序列中预测出来。计算生物学家编写计算机算法,希望可以给程序输入一串氨基酸,生成正确的蛋白质结构。对计算方法来说,蛋白质的三维结构预测问题,可以看成这样一个问题,输入是一个字符串,输出是每个字符(残基)对应的三个扭转角??、ψ和ω,看起来简洁漂亮。注意,这看起来...

当达尔文遇见拉马克——达尔文学说2.0|《信息、生命与物理学》|...

图12塔夫茨大学的迈克尔·莱文运用电极化操作创造出的双头真涡虫。在被切断之后,它会变成两条双头真涡虫,后者就好像另一个物种,尽管双头真涡虫与单头真涡虫有相同的DNA丨图片来源:塔夫茨大学艾伦发现中心,莱文实验室,法伦·杜兰特。这里最大的问题不是弄清楚哪些蛋白质位于哪些地方,而是厘清作为一个整体的生物系统...

AlphaFold 3来了!闭源但可供科研使用,DeepMind子公司近水楼台先...

彼时,「初代」AlphaFold便已经展现出了惊人的实力,AlphaFold1是基于数千已知的蛋白质进行训练的,利用神经网络来预测氨基酸对之间的距离,以及连接它们的化学键之间的角度,进而通过调整初步结构以找到能效最高的排列。但是团队发现,AlphaFold1的方法结合了局部物理(localphysics)和从模式识别中得出的导向势能...