一种蕨类植物或拥有最大基因组,碱基对数量为人类基因组的50多倍
披针叶梅溪蕨是一种罕见的植物,只生长在太平洋西南部的新喀里多尼亚和瓦努阿图的一些岛屿上。2023年,研究人员从新喀里多尼亚采集了样本。为计算该蕨类植物基因组的大小,他们从其茎中提取细胞核,用荧光染料对细胞核内的DNA进行染色,然后测量细胞核通过光探测器时的光强度,最终测算出了其基因组的大小。研究人员解释道...
1600亿碱基对,这种蕨类植物拥有已知最大基因组
在美国纽约大学基因组学和系统生物学中心发育生物学家KennethBirnbaum看来,这一发现没有太出乎意料,因为“蕨类植物以这一点而闻名,它们是典型的染色体‘囤积者’”。DNA是由碱基对组成的,碱基对中的两个分子通过氢键连接。迄今发现的最小基因组属于一种哺乳动物寄生虫——肠脑炎微孢子虫,其基因组仅由225万个碱基...
张群洁团队开发植物类黄酮合成通路关键基因批量鉴定的开源软件
论文介绍了一个名为“GFAnno”的开源软件包,GFAnno接受蛋白质序列文件作为输入,只需要一条命令就可以准确的注释出黄酮代谢通路18个基因。该软件使用HMMSearch和BLASTP的经典注释流程,为了确保提供注释参数的准确性,该软件使用11种双子叶植物、7种单子叶植物和2种基部被子植物基因组构建了三个数据集:种子数据集,测试...
青年博士Nature,Science双发,植物领域迎来史上“翻天覆地”的变化!
1.4图卷积神经网络GCN在基因组学中的应用举例2.无监督的神经网络算法2.1自动编码器AE在基因组学中的应用举例2.2生成对抗网络GAN在基因组学中的应用举例实操内容1.Linux操作系统1.1常用的Linux命令1.2Vim编辑器1.3基因组数据文件管理,修改文件权限1.4查看探索基因组区域2.Python语言基础2.1.Python包安...
发现迄今最大的基因组,是人类基因组的50多倍!
科学家先前估算出了两个梅溪蕨物种的基因组大小,包括T.tannensis和T.obliqua。这两个物种的基因组都很巨大,分别有73.19Gbp和147.29Gbp。在新的研究中,研究人员开始对新喀里多尼亚南太平洋岛屿上发现的6个梅溪蕨物种进行详细调查。他们从蕨类植物的叶子上提取细胞,分离出含有基因组的细胞核。他们用荧光染料对...
iMeta | 华北理工宋小明组开发植物激素相关基因数据库PHGD
针对blast结果,我们分别设定了高等植物和低等植物激素成分的过滤标准(www.e993.com)2024年9月20日。对于高等植物,为不同成分设定过滤标准的主要依据是参考基因组的多倍化关系。例如,从理论上讲,白菜的基因组是拟南芥的三倍。然而,由于基因的大量丢失,白菜中鉴定出的激素基因数量应该是拟南芥的1.2到2倍左右。根据这一理论,我们综合所有物种的初步...
茭白MADS-box基因家族有哪些保守基序和基因结构特征?
使用ClusterX1.83对茭白、拟南芥和水稻的全长MADS-Box蛋白序列进行多重比对,将完整的比对结果保存为PHYLIP格式。使用FastTreev2.1.11根据MEGA7.0软件选择的LG模型,采用最大似然法(ML)构建系统发育树。从国家基因组数据中心下载了茭白基因组的染色体信息和基因注释文档(GFF)。
昆明植物所等在细胞器基因组组装软件开发研究中取得进展
图2.GetOrganelle的contigs拷贝数估算及基因组结构导出算法示例图3.GetOrganelle和NOVOPlasty分别在50个公开植物数据上的四组不同参数的测试结果图4.基于Readmapping用50种植物的公开数据,评估并比较GetOrganelle组装质量、NOVOPlasty组装质量的和已发表的质体基因组的组装质量,统计三者在组装质量上最好(最多reads数、最...
【科研新进展】(3)姜雨教授课题组在动植物大群体中快速检测基因组...
利用CNVcaller和其他一系列生物信息工具,姜雨课题组已经建成包含绵羊、山羊、牛、猪、鸡和小麦等动植物的CNV数据库及山羊和猪的泛基因组,上述软件和数据库已被陆续公布在本课题组搭建的西农动物基因组共享平台网站上,附有详细的中英文说明,未来将不断更新完善和长期维护(httpanimal.nwsuaf.edu/)。该网站将...
孙庆申教授:植物乳杆菌L3的抗菌机制、全基因组测序和潜在功能预测
L.plantarumL3全基因组的基本信息通过对reads进行长度及数据量累计进行统计绘图如图4a,用Circosv0.66软件绘制基因组圆图,结果见图4b。如图4b和表2所示,L.plantarumL3的基因组大小为3187020bp,GC含量为44.57%,共注释了3024个编码基因,序列长度为2679162bp,占基因组总长度的84.06%。该基...