IF: 50.5! NanoTemper 解密 Nature 顶刊蛋白质与核酸互作发文思路
通过生化实验和冷冻电镜解析复合体结构表明,来自金黄色细菌属(Chryseobacteriumsp.)的CbCas9生长出了一个全新的增强Cas9活性的β-REC2结构域,以及一个全新的能够与其关联基因PcrIIC1互作的CTH结构域。通过蛋白间相互作用,2个CbCas9蛋白和2个PcrIIC1蛋白能够形成异源四聚体复合物。这意味着PcrIIC1可以在整个CRISPR防御...
Science最新封面 | 用突破性技术建模蛋白复合物
RFAA表明,可以训练单个神经网络来精确建模包含多种非蛋白质成分的各种通用生物分子组装体;可以对蛋白质-小分子复合物进行高精度预测;它还可以为具有两个或多个非蛋白质分子的蛋白质复合物生成准确的模型。预测和设计结果表明,RFAA已经了解了蛋白质-小分子复合物的详细特征,应该可以用于蛋白质-小分子复合物的建模,特别...
AlphaFold3来了!全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用及结构...
下图展示了AlphaFold3对RNA修饰蛋白复合物的结构预测,该复合物包含一个蛋白质(蓝色)、一条RNA链(紫色)和两个离子(黄色),预测结果与真实结构(灰色)非常吻合。下图展示了AlphaFold3对一种分子复合物的结构预测,该复合物包含一种酶蛋白(蓝色)、离子(黄色球体)和单糖(黄色),预测结果与真实结构(灰色)非常吻合。这...
复旦团队开发新型AI算法“看清”蛋白质精细结构,可与AlphaFold...
该算法不但能够成功地解析冷冻电子显微镜(Cryo-EM)结构解析技术中因传统方法无法分辨而缺损的生物大分子(比如蛋白质、核酸或蛋白质/核酸复合物等)结构,并且高效精准地分辨出柔性结构域在受测样品中的构象分布。这一新方法能有效建立高精度的生物大分子结构模型,帮助解决药物设计中因目标蛋白结构不准而导致的新药研发失...
线粒体前蛋白输入的分子途径,PCR Clean??高效清除核酸污染
穿过TOM复合物后,含有前序列的蛋白质底物被传递到内膜的TIM23复合物中。TIM23的核心亚基是TIM23和Tim17,它们都是四膜跨越蛋白,具有序列和拓扑相似性。虽然单独的Tim23或Tim17的四个跨膜片段(TMs)不太可能完成蛋白质传导通道,但Tim23已被证明可能通过寡聚化形成通道。一般认为Tim23是主要的通道形成亚基,而Tim...
科学家首次发现线粒体基因编码第14个蛋白质
作为唯一的呼吸链复合物III的线粒体编码基因,刘兴国团队针对CYTB,其信使核糖核酸出线粒体而使用胞质核糖体的标准遗传密码编码全新蛋白质进行分析,并制定了这一187个氨基酸长的新蛋白质的抗体(www.e993.com)2024年7月10日。他们利用液相色谱串联质谱鉴定了CYTB-187AA的外源特征肽,在多株人、鼠的细胞中鉴定了多条匹配的内源特征肽。随后使用Moon...
《自然》重磅!AlphaFold 3不止预测蛋白质结构,还可以…
▲AlphaFold3预测的分子复合物由酶蛋白7BBV(蓝色)、离子(黄色球体)和单糖(黄色)组成,以及真实结构(灰色)图(图片来源:参考资料[1])接着,研究人员将TIM3蛋白质的原始序列和每个配体的SMILES信息输入至AlphaFold3当中进行评估,除此外并没有提供AlphaFold3任何关于蛋白质的结构、口袋等额外资讯。SMILES是一种化学符...
寡核苷酸药物的研发现状与展望
PMO是合成DNA类似物,能够抑制基因表达。PMO的主链是吗啉环,通过磷酸二酰胺键连接(图6)。作为不带电荷的核酸类似物,PMO通过Watson-Crick碱基配对与目标mRNA的互补序列结合,通过空间封锁来阻止蛋白质翻译。PMO对生物体液中存在的多种酶具有抵抗力。值得注意的是,基于PMO的杜氏肌营养不良症(DMD)疗法Eteplirsen(图7),...
知耕PI专辑|AlphaFold 3 预测了所有生命分子的结构和相互作用
AF3能够比RoseTTAFold2NA更准确地预测蛋白质-核酸复合物和RNA结构。由于RoseTTAFold2NA仅针对1000个残基以下的结构进行验证,研究人员仅使用最近的PDB评估集中1000个残基以下的结构进行比较。AlphaFold3能够预测具有数千个残基的蛋白质-核酸结构,图3a显示了其中的一个示例。请注意,研究人员没有直接与RoseTTAFoldAll-Atom...
Nature速递:AlphaFold 3 预测所有生命分子的结构和相互作用
AF3能够比RoseTTAFold2NA更准确地预测蛋白质-核酸复合物和RNA结构。由于RoseTTAFold2NA仅针对1000个残基以下的结构进行验证,研究人员仅使用最近的PDB评估集中1000个残基以下的结构进行比较。AlphaFold3能够预测具有数千个残基的蛋白质-核酸结构,图3a显示了其中的一个示例。请注意,研究人员没有直接与RoseTTAFoldAll-Atom...