斯坦福大学的新型AI工具可取代昂贵的癌症基因检测

研究人员整合了新的癌症活组织切片以及其他数据集(包括转录组数据和数千个健康细胞的图像)后,他们命名为SEQUOIA(基于幻灯片的线性化表达量化)的人工智能程序就能从染色图像中预测出15000多个不同基因的表达模式。对于某些癌症类型,人工智能预测的基因活性与真实基因活性数据的相关性超过80%。一般来说,初始数据中包含的...

中国科学院团队发布GeneCompass:解析基因调控密码,打造新范式

包含了超过1.26亿个单细胞并覆盖3.6万个基因,融合了启动子序列、基因共表达关系、基因家族标注和基因调控关系等四种先验知识,基础大模型参数量达到1.3亿,实现了对基因表达调控规律的全景式学习理解,同时支持细胞状态变化预测及多种生命过程的精准分析,展示了人工智能赋能生命科学研究的巨大潜力。

西交团队研发TDEseq生物测序法,能揭示存在特定表达模式的基因

具体而言:在单细胞RNA测序(scRNA-seq)的时间序列数据分析中,人们通常会进行基因差异表达分析。通过此,可以识别那些表达水平随时间变化或生物过程发展而变化的基因(这种基因也被称之为“时间动态差异基因”)。在一些生物过程中,这些基因可能扮演着重要角色。特别是那些表达模式呈现出随时间逐步上调或下调、或者先上...

一文全面掌握 NSCLC 中的 MET 基因异常相关临床问题

NSCLC中MET异常包括MET基因第14号外显子跳跃突变(MET14跳突)、MET基因扩增、MET基因点突变(主要是激酶区突变)、MET基因融合及MET蛋白过表达等。2不同类型的MET异常如何导致肿瘤发生?MET14外显子跳跃突变是MET降解失活的主要原因。MET14外显子对应编码141个氨基酸,其所在的...

Nature Methods | 革命性的CRISPR-CasRx筛选平台:开启癌症基因组...

这种依赖性的发现,揭示了lncRNA与癌症特定生物学过程之间的密切关系。例如,研究人员发现某些lncRNA仅在肺癌细胞中扮演关键角色,而在乳腺癌和结直肠癌中则不表现出相同的作用,这种现象可能与不同癌症类型中的信号通路活性或基因表达背景有关。共有依赖性的发现...

Sci Adv:单细胞RNA测序和空间转录组学绘制金鱼端脑细胞类型图谱

例如,谷氨酸能类型GLUT41~GLUT48在基因表达中构成了一个密切相关的分支,并且都仅局限于前端脑的一个区域(图2A,黄色)(www.e993.com)2024年11月20日。它们与相邻的细胞类型分支(GLUT33~GLUT40)有一些重叠;然而,后者继续延伸到更多的背部和后部。因此,与GABA能簇GABA24~GABA40(绿色)定义的清晰边界相比,前侧区域和更背部区域之间的边界较为分散。

原位杂交仪可用于了解DNA或RNA序列在细胞组织中的定位表达

原位杂交仪的应用范围非常广泛,包括但不限于神经科学、发育生物学和发现。例如,在神经科学中,原位杂交仪可用于研究特定基因在大脑中的表达模式,以揭示其在认知、记忆和行为中的作用。VOSHIN-300Y型原位杂交仪总的来说,原位杂交仪是一种强大的工具,可以帮助研究人员深入了解基因在细胞和组织中的定位和表达。随着科...

HER2 变异形式有哪些?不同瘤种分别推荐何种检测方式?又如何判读?

(IHC)法是检测HER2蛋白过表达的「金标准」,荧光原位杂交(FISH)法是检测HER2基因扩增的「金标准」,而二代测序(NGS)、Sanger测序、实时荧光定量PCR等则主要用于HER2突变检测,其中NGS技术不仅能够检测出几乎所有的HER2突变类型,而且能够检测HER2基因扩增情况,并能同时检测多种其他基因,目前已在...

追问weekly | 过去一周,脑科学领域有哪些新发现?

声音刺激有望改善痴呆症患者的睡眠质量AI诊断工具通过眼动模式区分痴呆类型AI助力抑郁症分类为六种生物亚型高脂饮食可能引发焦虑脑拓扑弹性指标揭示衰老与血管风险对认知的影响大脑神经兴奋与抑制的平衡有助于认知能力提升调节电刺激时间模式助力脑损伤恢复...

茭白MADS-box基因家族有哪些保守基序和基因结构特征?

类型I包含三个亚家族,Mα、Mβ和Mγ,类型II不仅包含MADS保守域,还包括干预域、角蛋白样域和C-末端域。类型II可以进一步分为两个亚家族:MIKC*和MIKCC。在植物中,MIKCC型基因的功能在MADS-box基因中得到了广泛研究,因为它们在各种植物中保守,并在调节植物生长、发育和其他过程中起重要作用。