iMeta | 高被引分子系统发育树分析教程PhyloSuite_腾讯新闻
2023年11月8日 - 腾讯新闻
提示:IQ-TREE的建树结果保存在“*.treefile”文件。如何使用外源文件重建ML法系统发育树?图26.在IQ-TREE中使用外源文件进行系统发育树重建将准备好的(“Fasta”、“Phylip”或“Nexus”格式)文件拖到“AlignmentFile”输入框中;分区文件拖到“PartitionMode”输入框中并勾选“PartitionMode”(可选)。如果...
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贝叶斯法建树的新进展—用简约值作建议向导可大幅提高贝叶斯算法...
2020年2月9日 - 腾讯新闻
贝叶斯法建树绝大多数情况下通过马尔可夫链蒙特卡洛(MarkovchainMonteCarlo,MCMC)算法估计参数的后验分布。系统发生树作为重要参数之一,准确并高效地估计其分布一直是贝叶斯建树方法的焦点与挑战。传统的建议方法往往是对当前的树进行微小的随机变化,而得到的新树往往后验概率很低使得该建议被拒绝,导致MCMC算法访问到...
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重建系统发育关系==分子数据建树?
2020年3月1日 - 腾讯新闻
培养一个特定生物类群分类学家需要几年甚至几十年,提DNA、测序、然后用现成的软件建树只需要几个月。现在我们来说把系统发育等同于用分子数据建树是片面的第二点原因,那就是重建生物系统发生关系也并不等同于建二叉树。目前普遍使用的二叉树是经济适用树,是我们向现实妥协的结果,并不能完全反映真实的系统发生关系,...
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