新型纳米结构重塑人体肿瘤免疫“防线”

2019年年初,王海开始带领团队筛选金属粒子和氨基酸结合的纳米结构,但挫折总是如影随形。研究人员将金属离子和氨基酸进行排列组合,形成纳米结构并逐一验证其效果。但测试验证一种组合,从准备到实验完成就需要两三天。金属离子很多,氨基酸种类也很多,这种不断排列、配对、组合、试错的过程又“吃掉”了团队大量时间。“我...

新型纳米结构重塑人体肿瘤免疫“防线”—新闻—科学网

2019年年初,王海开始带领团队筛选金属粒子和氨基酸结合的纳米结构,但挫折总是如影随形。研究人员将金属离子和氨基酸进行排列组合,形成纳米结构并逐一验证其效果。但测试验证一种组合,从准备到实验完成就需要两三天。金属离子很多,氨基酸种类也很多,这种不断排列、配对、组合、试错的过程又“吃掉”了团队大量时间。“我...

Nature子刊:中山大学/西湖大学合作揭示多肽的氨基酸组成及拓扑...

TLR的不同行为可以通过LL37-核酸和TAT-核酸复合物的纳米晶体结构来解释。LL37可以与核酸自组装成具有合适间距(距离约为3.40nm)的柱状结构,通过多价相互作用与多个TLR9空腔完美匹配,从而激活炎症反应。相比之下,TAT-核酸复合物中的核酸被组织成紧密排列的柱状阵列,对应的核酸间间距约为2.90nm,远小于TLR9的空间...

2024年诺贝尔化学奖揭晓!揭开蛋白质折叠的秘密

一级结构:氨基酸序列,就像按照图纸排列的建筑材料。二级结构:蛋白质链的局部折叠,如同搭建好的框架结构,如墙壁和梁柱。三级结构:蛋白质链进一步折叠成复杂的三维形状,就像整个建筑的结构,包括楼层、房间和楼梯。四级结构:对于由多个肽链组成的蛋白质,四级结构是指这些肽链如何相互作用并组装成一个完整的复合体,就像...

AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构?

在蛋白质结构预测的应用中,输入的氨基酸序列恰恰也是一种序列——氨基酸按顺序排列在一起,互相之间可以发生相互作用,这使得自注意力机制十分适用于这个场合。这也充分显示了Transformer的通用性,只要是可以表示为序列的数据,不管是文字、语音、图像,还是蛋白质序列,都可以使用Transformer来捕捉上下文信息。

知耕PI专辑|AlphaFold 3 预测了所有生命分子的结构和相互作用

这是通过对AlphaFold2架构和训练过程的重大演进实现的,既适应更一般的化学结构,又提高了学习的数据效率(www.e993.com)2024年11月12日。该系统通过用更简单的Pairformer模块替换AlphaFold2的Evoformer来减少多序列比对(MSA)处理的数量。此外,它通过使用扩散模块直接预测原子坐标,取代了AlphaFold2中作用于氨基酸特定框架和侧链扭转角的...

【新华社】我国科学家建立蛋白质设计新方法

中国科学技术大学相关团队长期深耕计算结构生物学方向的基础研究和应用基础研究。刘海燕教授、陈泉副教授团队十余年来致力于发展数据驱动的蛋白质设计方法。该团队首先建立了给定主链结构设计氨基酸序列的模型,进而发展了能在氨基酸序列待定时从头设计全新主链结构的模型。理论计算和实验证明,用新方法设计蛋白质,能够突破只能...

为何两项诺贝尔奖都颁给“AI”?诺奖评委亮相抖音直播间做解读

她介绍蛋白质是由氨基酸片段连成的链状结构,氨基酸片段之间的相互作用会使其折叠成特定的形状。如果用积木来比方,每个氨基酸就好比积木块,积木块直线排列的顺序就是蛋白质的一级结构;而让这个顺序的积木块在空间上产生螺旋、转角等空间构象,就相当于用积木拼成一个小的原件,就是蛋白质的二级结构;而这些彼此连接的小...

2024年诺贝尔化学奖揭晓,AlphaFold开发者和David Baker斩获诺奖

据此,他得出结论,蛋白质的形状是由它的组成成分——氨基酸的排列顺序所决定的。实际上,即使是结构很小的蛋白质,要尝试所有可能的形状,需要花费的时间可能比宇宙存在的时间还长。但在生物体细胞内,蛋白质却可以在毫秒内迅速地找到最适合的形状。这不禁让我们感到困惑,自然界是如何解决这个难题的呢?

诺贝尔化学奖是AI for Science,物理奖是Science for AI

首先,作为AlphaFold2开发的一部分,这个AI模型已经在所有已知的氨基酸序列和已确定的蛋白质结构上进行了训练。工作流程分为四个主要步骤:1.数据录入和数据库搜索将一个结构未知的氨基酸序列输入AlphaFold2。系统会搜索数据库中类似的氨基酸序列和蛋白质结构。