...AlphaFold3来了!超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子...
这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及预测翻译后修饰和离子对这些分子系统的结构影响,从而帮助我们在原子水平上精确地观察生物分子系统的结构。这种用计算机解析蛋白质与其他分子复杂相互作...
2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项
蛋白质拥有广泛的生物学功能,包括结构组分(胶原蛋白)、催化功能(酶)、调节作用(激素)、物质运输(血红蛋白)、机械收缩(肌动蛋白)、机体免疫(抗体)等,进而参与几乎所有生命过程,如分子水平的DNA复制和转录、蛋白质翻译、物质与能量代谢等,以及细胞层面的精卵融合、细胞增殖和分化、细胞凋亡和坏死、细胞衰老和细胞通信等...
更简单、更清晰,解析核酸、蛋白、细胞等结构,AI实现快速分子模式...
杜克大学(DukeUniversity)的研究人员提出了MiLoPYP,这是一个两步式数据集特定对比学习框架,可实现快速分子模式挖掘,然后进行准确的蛋白质定位。MiLoPYP能够有效检测和定位各种目标,包括球状和管状复合物以及大型膜蛋白,这将有助于简化和扩大高分辨率工作流程在原位结构测定中的适用性。该研究以「MiLoPYP:self-s...
洪亮团队基于图扩散概率模型生成活性高、体积大、结构复杂蛋白质
基于此,本文设计一种全新的蛋白质序列设计和筛选流程CPDiffusion,结合骨架结构、活性位点等多种生成条件,为特定功能的蛋白质生成多样化的全新序列(图1)。初始化的模型在两万条野生型蛋白质结构和序列上进行训练,用于学习蛋白质序列-结构-功能之间的映射关系。同时,为了强化模型对于待生成蛋白质特征的理解,在训练集中还加...
2024年诺贝尔化学奖揭晓!揭开蛋白质折叠的秘密
插图:一个蛋白质可以由几十个氨基酸到几千个氨基酸组成。氨基酸链折叠成一个三维结构,这个结构对于蛋白质的功能是决定性的。三位科学家的具体贡献时间标尺继续下划,就到了2024年诺贝尔化学奖的区间。下文就重点讲解此次获奖的三位科学家各自的贡献:戴维·贝克(DavidBaker)在“计算蛋白质设计”方面到底作出了哪些...
AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光
从生命科学的角度来说,蛋白质是生命体内四种主要大分子之一(另外三种分别是核酸、多糖和脂质)(www.e993.com)2024年10月18日。在生命体内,DNA作为生命信息的载体,负责遗传信息的存储。围绕它的研究、技术及应用,构成了20世纪人类生命科学领域最重大的进步之一。而关于它的故事,从20世纪50年代双螺旋结构的发现,到当下各种新兴医疗技术的诞生,人们已经...
...AI:颁给DeepMind哈萨比斯和大卫·贝克等三位,表彰蛋白质结构...
此后,DavidBaker的研究小组不断创造出一个又一个富有想象力的蛋白质,并证明能被用于药物、疫苗、纳米材料和微型传感器。本次诺奖奖励的另一项发现则涉及蛋白质结构的预测。在蛋白质中,氨基酸以长链的形式连接在一起,然后折叠成三维结构,这对蛋白质的功能至关重要。自20世纪70年代以来,研究人员一直试图根据氨基酸序...
AI 发现16万种新RNA病毒成果登上《Cell》后,我们和阿里云算法专家...
LucaProt基于Transformer框架与大模型技术,结合蛋白质序列与结构特征,在测试中展现出高准确性与特异性。通过引入蛋白质结构性信息,模型在外部验证集上达到97.4%召回率及0.023%假阳性率,检测速度仅需几百毫秒至几秒,远超经典方法的几天至几周。研究团队利用云计算与AI技术发现超16万种新RNA病毒,是已知种类的近30倍...
10月16日外媒科学网站摘要:AI发现老鼠打架的秘密战术
该研究小组已经确定,USP50决定了在复制、叉重新启动和维护端粒(染色体末端富含DNA的蛋白质结构)时使用哪些解旋酶和核酸酶及其数量。USP50作用的确定为DNA复制过程提供了新的见解,并可能导致对一些遗传疾病如何发展的更好理解。该研究涉及细胞如何使用特定的酶来支持典型的DNA复制调节。研究人员发现,由于有多种不同的酶...
诺奖爆冷背后,“救命药”开发转向?
多细胞生物,从原始的单个细胞,经由配子、受精卵发育到成体,每一步的实现都需要特异的基因在外部环境、时间、空间上精确表达,这种调控就需要在基因组内由复杂、精细的“非结构基因”表达的核糖核酸(RNA)来完成,除了miRNA,还有小干扰核糖核酸siRNA和shRNA等等。这个家族的相关药物被称为小核酸药物,是通过RNA干扰(RNAi...