茭白MADS-box基因家族有哪些保守基序和基因结构特征?
MADS-box基因在N-末端含有一个高度保守的区域,由58~60个氨基酸组成,与DNA结合,是转录激活的重要组成部分。根据保守域和系统发育关系,MADS-box蛋白可以分为两类:类型I(M型)和类型II(MIKC型)。类型I包含三个亚家族,Mα、Mβ和Mγ,类型II不仅包含MADS保守域,还包括干预域、角蛋白样域和C-末端域。类型II可以...
DMFold:精确到氨基酸的互作蛋白结合位点预测分析工具
分子生物学相关研究中,蛋白质互作经常会涉及到,通过Co-IP、酵母双杂交、GST-pulldown、BiFC、荧光共振能量转移(FRET)、免疫荧光共定位、邻位连接技术(PLA)等方式验证蛋白质之间的相互作用。在此基础上,进一步通过截短突变体探索蛋白质之间的互作结构域,甚至是通过氨基酸点突变为丙氨酸来确定互作的氨基酸位点。在没有...
氨基酸行业专题报告:助益粮食安全,借力合成生物
其中大品种氨基酸主要系赖氨酸、谷氨酸、蛋氨酸、苏氨酸和甘氨酸,目前全球需求规模在百万吨及以上,小品种氨基酸包括缬氨酸、色氨酸、丙氨酸、精氨酸和异亮氨酸等,由于生产成本和价格相对偏高等因素,目前全球需求规模相对较小,非蛋白类氨基酸及衍生物则主要包括鸟氨酸、瓜氨酸等。
圣达生物: 浙江圣达生物药业股份有限公司向特定对象发行股票证券...
????????????????????????????????????????由某些链霉菌产生的一种由同类氨基酸组成的肽类,对革兰ε-聚赖氨酸????????????????????指????????????????????????????????????????氏阴性菌、革兰氏阳性菌和真菌等具有很好的...
深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...
他们没想到,即使只改变一个或两个氨基酸,只要有足够的数量就可以使用AlphaFold2来预测蛋白质结构,达原子精度。他们这次实验一共做了的5个蛋白质,里面有3个,利用获得的人工同源序列,预测的蛋白质结构比用天然同源序列还要精确,这是一个意外的发现。这表明,尽管天然同源序列对许多蛋白质可以通过搜索获取,但人工...
恭喜张老师|张贵军课题组:蛋白质结构预测的最新进展与挑战
2023年12月18日,张贵军课题组在JournalofChemicalInformationandModeling发表针对蛋白质结构预测的综述RecentAdvancesandChallengesinProteinStructurePrediction,主要讨论了在AlphaFold2出现后的一些主流方法(www.e993.com)2024年9月25日。1背景介绍截至2023年6月,已有超过2.4亿个氨基酸序列被存入UniProt数据库,而只有大约20万个实验确定...
科学家解析光合玫瑰菌反应中心-捕光复合体结构,助推原核生物光合...
为了获得光合玫瑰菌反应中心-捕光复合体更高分辨率的结构,以便于鉴定出结构中新发现的X亚基的氨基酸序列,该团队开启了新一阶段的研究。他们首先在中等光照强度(32μmolm-2s-1)下培养光合玫瑰菌,并通过优化样品分离纯化的条件,获得了内源提取的反应中心-捕光复合体(nRC-LH)在3.1埃分辨率的电镜结构。
Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具
但是若与其有空间相互作用的氨基酸同时也发生了突变,且这两个突变又能够很好的作用在一起,使得蛋白质结构继续稳定下来,这种生物也就可以继续存活下来。这种现象被称为基因和蛋白质共进化(图2)。因为现存生命个体中的蛋白质都经过了生命长河共进化的洗礼,所以将现有海量蛋白序列进行多序列比对,可以有效推导出蛋白质共...
周耀旗:AlphaFold 3的优势和短板在哪里?
这个方法主要在蛋白质-小分子配体,蛋白质-蛋白质,抗体-抗原结构,蛋白质-RNA/DNA复合物结构上比当前最好方法前进了一大步,在蛋白质修饰后的结构预测实现了0到1的突破。但在RNA结构预测方面,还不如基于我们BRiQ能量函数的AIchemy-RNA2方法。此外,在蛋白质单体结构预测上也没有新的突破,还是严重依赖于同源序列的...
前沿综述:面向复杂系统建模的多模态图学习
在氨基酸序列尺度上,标志性任务是从氨基酸序列预测3D结构。AlphaFold构建了一个知识密集型图,节点为源于序列同源性的氨基酸表征。为了在这个图中传播信息,AlphaFold引入了三角乘法更新和三角自注意力更新。这些三角形式的修改整合了归纳偏置,即学习表征必须遵守距离的三角不等式以代表3D结构。多模态图学习等创新使得AlphaFold...