2024年诺贝尔化学奖揭晓!揭开蛋白质折叠的秘密
第一步:贝克依赖于他们开发的Rosetta蛋白质结构预测算法,可以预测氨基酸序列在形成蛋白质时可能采取的三维结构。第二步:利用这个工具,他们针对随机生成的一系列氨基酸序列进行结构预测,这些序列都是在自然界中未被观察到的。如果预测结果显示出合理的蛋白质结构,那么这条氨基酸序列就会被保留下来,反之则抛弃该序列。第...
2024年诺贝尔化学奖预测:分子动力学模拟、蛋白质结构预测、光催化...
贝克是华盛顿大学的生物化学教授,创建出同样精确的AI预测工具RoseTTAFold。今年5月,第三代AlphaFold问世,也带来了对生物分子相互作用的深刻的结构洞见,在2埃(??,??1埃等于0.1纳米)的实验误差内预测了约80%的蛋白质-配体复合物。此前,江珀与哈萨比斯已凭借AlphaFold获得2023年生命科学突破奖(BreakthroughPri...
诺奖爆冷背后,“救命药”开发转向?
AI对分子的预测也从单纯的蛋白质结构的预测,发展到了对蛋白质与核酸等小分子组成的复合体结构的预测,进而实现对miRNA等化合物结构的预测、筛选。这一次,前瞻性的诺奖把"冷落"多年的miRNA,重新推到了全球研究者、企业家、投资者的面前,也是在向业界发出"英雄帖"——能够通过修复基因来达到治愈疾病...
《自然》重磅!AlphaFold 3不止预测蛋白质结构,还可以…
而AlphaFold3则在此基础上进行进一步的突破,科学家可以在模型中输入一个生物分子复合体的描述,并在几秒内获得该复合体3D结构的准确预测。输入的生物分子系统可以包含多种蛋白质、核酸(DNA和RNA)、小分子配体和离子。AlphaFold3是一种采用神经网络架构的生成式AI模型,该神经网络架构建立在定制化Transformer架构之上,并...
诺奖爆冷背后,“救命药”开发转向?-虎嗅网
可以看到,继赛诺菲宣布“All-in-AI”后,阿斯利康、礼来、强生都在积极与AI公司合作。AI对分子的预测也从单纯的蛋白质结构的预测,发展到了对蛋白质与核酸等小分子组成的复合体结构的预测,进而实现对miRNA等化合物结构的预测、筛选。这一次,前瞻性的诺奖把“冷落”多年的miRNA,重新推到了全球研究者、企业家、投资者...
FIDA分子互作仪:带你复现Nature青睐蛋白质与核酸互作50分顶级发文...
通过生化实验和冷冻电镜解析复合体结构表明,来自金黄色细菌属(Chryseobacteriumsp.)的CbCas9生长出了一个全新的增强Cas9活性的β-REC2结构域,以及一个全新的能够与其关联基因PcrIIC1互作的CTH结构域(www.e993.com)2024年10月18日。通过蛋白间相互作用,2个CbCas9蛋白和2个PcrIIC1蛋白能够形成异源四聚体复合物。
DeepMind曝新一代AlphaFold 预测蛋白质结构准确率暴涨近10%
新一代AlphaFold的能力不仅限于蛋白质结构的预测,还包括对核酸、小分子配体等生物分子结构的预测,甚至能够处理复杂的生物过程,如残基修饰。这一技术对药物发现领域具有重要意义,可以帮助科学家识别和设计新的药物分子,超越了传统的对接方法。此外,新AlphaFold模型还能更好地理解复杂的生物机制,如CRISPR-Cas9系统,为基因编...
提高mRNA药物稳定性,王潇团队合成具有核酸外切酶抗性的枝状poly(A...
天然mRNA翻译多数由5'帽和3'多聚腺嘌呤核糖核酸(poly(A))尾介导。真核翻译起始因子识别mRNA的5'帽形成翻译起始复合体,而多聚腺嘌呤核糖核酸结合蛋白(PABP)识别mRNA的poly(A)尾并与5'翻译起始复合体相互作用形成伪环状结构从而高效地产生蛋白。王潇课题组过去曾通过在poly(A)尾部用T4RNA连接酶特异性地引入具...
诺奖2024|解读:小RNA如何帮助我们理解生命和治疗疾病?
miRNA通过一系列精巧的步骤来让特定基因保持“沉默”。通过与一类Ago(Argonaute)蛋白相结合,miRNA就能形成一种“RNA诱导沉默复合体”(RISC)。在RISC中,miRNA充当向导,通过与目标mRNA的核苷酸序列进行互补配对来‘对暗号’,从而识别需要调控的mRNA序列并与其结合。
新一代蛋白质预测模型登上《自然》杂志,让生物世界更“高清...
《自然》杂志日前发表了由谷歌DeepMind团队和AI药物研发团队IsomorphicLabs的合作研究,展示了全新的蛋白质预测模型——第三代“阿尔法折叠”(Alphafold3)。新模型不再局限于预测蛋白质或蛋白质—蛋白质复合物的结构,而是能够破解蛋白质与各种生物分子所形成的复合体结构及其相互作用。