AI精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?颜宁等人点评
不少结构的预测精确度跟实验晶体结构相当,可以替代晶体结构;一些含有多个结构域的复杂超长的单链结构也达到了可以跟实验结构比较的程度;帮助解析了竞赛中涉及到的、实验多年没拿到的X射线晶体和cryo-EM冷冻电镜结构,比如T1058的膜蛋白是用了Alphafold2的预测模型之后,才跟原有晶体学数据综合成功解析了结构。AlphaFol...
2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项
TBM又称同源建模,它利用新蛋白质初级结构与PDB中已有三维结构蛋白质的氨基酸序列比对结果为基础构建模型,并进一步完善,准确性取决于新蛋白质和PDB中蛋白质的进化距离,如果PDB缺乏新蛋白类似结构域的已知结构,则无法生成准确模型。FM又称从头计算方法,利用能量函数计算氨基酸空间相互作用,最终从所有可能结构中选取最佳形式,...
2024年诺贝尔化学奖揭晓!AI蛋白质设计和结构预测获奖!
值得一提的是,有两人曾二次获得诺贝尔化学奖,分别是英国科学家FrederickSanger和美国科学家KarlBarrySharpless,前者因解析解析胰岛素结构和提出DNA测序方法分别获得1958年和1980年化学奖,后者因对手性催化氢化反应的研究和对点击化学的贡献分别获得2001年和2022年化学奖。
全球首例!试管婴儿基因测序技术成功阻断问题染色体传递
最后,团队开发了针对环状染色体检测的基于链读测序的长片段二代测序方法。经过技术改良后,团队对胚胎进行了一体化PGT检测,包括胚胎植入前单基因遗传病检测、胚胎植入前染色体结构变异检测,成功判断了胚胎环状染色体及致病基因变异的携带情况。共送检11枚胚胎中仅1枚胚胎染色体和基因均正常,异常概率高达90.9%(10/11)。全...
揭示肿瘤基因暗物质-雅康博三代测序技术及产品发布会成功举办
NGS是目前肿瘤精准医学领域的成熟技术,可覆盖约150bp的肿瘤片段检出,但读长较短,大部分基因组的结构变异区域或特殊结构区域,如MHC、Homopolymer、重复序列功能原件等无法精准检测。第三代测序技术是长读长的技术平台,能够完成10000-15000bp的测序读长,准确度达99%以上,具有显著的高准确度清晰解析优势。鉴于癌症基因组...
Nature | 蛋白质测序技术突破:PASTOR单分子水平精准解读蛋白质...
研究开发了一种基于纳米孔(nanopore)和解折酶ClpX的蛋白质测序技术——PASTOR(ProteinAnnotationbySingle-moleculeTranslocationandOverwriting),其核心在于通过纳米孔读取单分子蛋白质链的电流信号,并结合机器学习和物理建模技术实现蛋白质序列的精准测序(www.e993.com)2024年11月18日。研究通过设计特殊的蛋白质结构块(每块59个氨基酸)并引入单个氨...
准确性比AlphaFold2高6倍,BasecampAI模型,蛋白结构预测新突破
Basecamp表示，其模型BaseFold在更广泛的数据集上进行训练，可以产生比AlphaFold2更准确的蛋白质结构预测。BaseFold利用Basecamp专门构建的基础数据集，显著提高了大型复杂蛋白质结构和小分子相互作用的预测精度，其准确性比AlphaFold2高出六倍，并将小分子对接提高了三倍。对更大、更复杂的蛋白质进行更...
全球首例!成功阻断“小飞侠”基因遗传,助力健康宝宝诞生
在此病例中，由于FSHD致病基因结构非常复杂，且何先生家系仅有一位患者携带变异，胚胎检测无法使用外周血或产前诊断FSHD的常规技术，且难以构建疾病新发患者的单体型。中山一院生殖医学中心基于纳米孔测序技术超长读长的特性，成功构建出了患者FSHD缺失重复单元所在的致病单体型。个性化PGT技术助孕，产妇成功诞下健康宝宝在...
Nat Methods:谢晓亮课题组新测序技术解析嗅觉受体选择机制
为了研究此问题,研究人员开发了一种名为LiMCA的单细胞联合三维基因组和转录组多组学测序技术,通过物理核质分离的方法,实现了高检测率全长转录组和高分辨率三维基因组结构的同时检测(图1)。图1.发展单细胞联合三维基因组和转录组检测技术LiMCA结合单细胞转录组、单细胞染色质开放性检测技术METATAC3和LiMCA技术...
深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...
??唯一一个预测结构RMSD大于2??（2.92??）的蛋白质，有一个完全暴露在表面上的β发夹，在非结晶条件下可能是可以灵活变动的构象。值得注意的是，该研究通过将简单的分子生物学实验（深度突变扫描加体内或体外筛选）与高通量测序相结合，显著降低蛋白质结构测定的成本，并提高周转效率。也就是说，这种具有成本效益...