中国科大在人类癌症细胞的多药耐药蛋白的结构和功能研究领域取得...

结构分析表明,apo-formABCC3结构呈现向细胞质基质开口(inward-facing)的构象:两个核苷酸结合结构域(NBD)彼此分开,两个跨膜结构域(TMD)形成一个朝向细胞质基质开放的“V形”底物转运通道。与经典的ABC转运蛋白不同,其N端有一个额外的五股跨膜螺旋组成的TMD0结构域。TMD0的五股跨膜螺旋聚拢在一起,形...

中国科学技术大学结合计算预测和设计揭示无序蛋白结构域的靶标...

中国科学技术大学结合计算预测和设计揭示无序蛋白结构域的靶标识别机制中国科大刘海燕教授、陈泉教授课题组与复旦大学王文宁教授合作,采用蛋白质结构预测、序列设计等计算手段与蛋白质互补分析和深度突变扫描、X射线晶体学、NMR等实验结合的方法,揭示了固有无序的4.1G蛋白C端结构域识别其固有无序靶标的结构机制。相关研...

清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法

DeepP450通过蛋白质语言模型ESM-2和可表征分子结构特征的预训练模型Uni-Mol分别提取不同CYPs和分子的高维特征,利用交叉注意力和自注意力层进行特征融合并反向微调ESM-2和Uni-Mol,通过集成模型的方式实现了人体关键CYPs潜在底物的精准预测。该模型在测试集上的预测准确率高达92%,9种CYPs的底物/非底物预测AUROC值在0.89...

《食品科学》:湖北工业大学周彬教授等:pH值偏移对麦谷蛋白结构的...

当蛋白质回到中性状态时,蛋白间的重折叠过程会重新排列蛋白质表面的疏水基团。蛋白质表面疏水性受蛋白质表面与极性介质接触的疏水性区域数量的影响。此外pH值偏移处理过程中Glu发生了脱酰胺,随着脱酰胺的进行能够有效展开蛋白质的高级结构,使本来包埋在蛋白质内部的疏水基团暴露且使蛋白质的两亲性增加,同时增加了蛋白质...

牵手礼来和诺华,谷歌旗下AI公司原子级预测蛋白质三维结构

crRNA和DNA结合的预测结构(图源:Iso官网)■准确预测蛋白质配体结构??新一代AlphaFold在与药物研发相关的蛋白质结构相关部分的能力明显超越了AlphaFold2.3和行业标准,尤其是在抗体结合预测方面。目前,主要使用"对接方法"来预测蛋白质配体结构,需要参考蛋白质结构或配体口袋的位置。

汇集结构质谱尖兵,开拓蛋白质结构生物学的新天地——第十四届质谱...

北京大学学士,美国马萨诸塞大学博士,曾于荷兰乌特勒支大学暨荷兰蛋白组学中心从事博士后研究;曾任南京师范大学教授、博士生导师(www.e993.com)2024年11月3日。主要从事免疫反应相关蛋白质的高级结构及相互作用研究,以生物质谱为核心工具,结合新型分析设备研发,应用于生物物理学、蛋白质药物分析等领域。长年与国际药企合作研发新型药物表征技术并应用于...

生物药物质量控制利器:圆二色谱测蛋白质结构为生物制品表征带来

圆二色谱是一种基于手性分子对圆偏振光的吸收和旋转的测量技术。蛋白质中的手性氨基酸残基对圆偏振光具有旋光效应,不同二级结构元素表现出特定的圆二色谱光谱图。圆二色谱通过测量样品对左旋和右旋圆偏振光的吸收差异来获得蛋白质的结构信息。2.圆二色谱在蛋白质结构分析中的重要性...

不用冷冻电镜,学会它你也能分分钟成为结构生物学大佬

Show:将蛋白结构以cartoon、line、stick、sphere、surface、mesh、dots和ribbon等多种形式展示。Hide:根据蛋白结构的状态进行隐藏。Label:用以作标记,能够显示蛋白质中氨基酸残基和原子等名称及属性。Color:对蛋白结构的颜色进行调整。如部分论文要求为了方便红绿色盲患者阅读,不可使用红绿色搭配,此时可使用该选...

Nature|Alphafold 3.0:AI 蛋白质预测器的升级

AF3可以预测输入聚合物的序列、残基修饰和配体的结构。研究人员在PoseBusters基准集上评估了蛋白质-配体界面的性能，准确性报告为口袋与配体的RMSD小于2??。其预测的准确性优于对接工具Vina和Gold。图示为AlphaFold3能够预测187种含有数千个残基的蛋白质核结构（图4）。还评估了AF3在10个公开可用的CASP15RNA靶点...

汪小我基于深度学习的交互式工具包,用于高效和有效的蛋白质设计

1.设计过程和利用DIProT进行交互式蛋白质设计蛋白质设计是一项复杂的任务，通常需要多次反复试验。这一过程通常从选择一个对所需功能具有高潜力的参考结构开始。然后通过突变或蛋白质设计算法生成氨基酸序列，并进行实验验证，以评估其结构是否接近参考结构及其功能。这些实验结果将指导保守区域的识别和其他区域的完善，...