关于举办“第二期基于AI的蛋白质结构解析与设计专题(线上)培训班...

现于青云瑞晶全面负责X-ray晶体学结构解析工作,有丰富的蛋白质结构解析经验,每年处理大分子晶体数据2000+,交付精修大分子晶体结构500+,精通用计算机脚本搭建结构解析管线,精通结构解析相关软件phenix、coot、CCP4、XDS、CrysAlisPro、DIALS及pymol。精通aphlafold2、aphlafold3、schrodinger、MOE等软件的使用。在处理多...

FSHW | 漆酶/咖啡酸催化的交联偶联半乳甘露聚糖改变卵清蛋白的...

在紫外吸收光谱和荧光光谱的基础上评估了蛋白质三级结构的变化。紫外吸收光谱显示,Man-OVA、Lac-OVA和Lac-Man/OVA的波长分别从277nm(OVA)增加到273、272和276nm(蓝移)。而与天然OVA相比,Lac-OVA和Lac-Man/OVA的最大吸光度峰增加了~1.7倍和~5倍(图1C)。与天然OVA相比,Lac-Man/OVA的荧光强度降低幅度最大...

Nature | 计算蛋白质设计:AI如何重塑生物学的未来

研究人员可以借助AlphaFold和RoseTTAFold等工具来预测蛋白质的正确折叠,借助这些工具,他们可以在计算机上生成新蛋白质的结构,并通过算法如ProteinMPNN匹配合适的氨基酸序列。只有当模拟结果令人满意时,研究人员才会进行物理蛋白质的合成与验证,而很多情况下实验结果也表现出色。机器学习的快速发展使得许多曾经耗时且具有高度不...

AI预测蛋白质结构获诺贝尔奖,谁该灰溜溜地走了?

今年的诺贝尔化学奖一半授予DavidBaker,以表彰他在蛋白质设计方面的贡献;另一半授予DemiseHassabis和JohnM.Jumper,以表彰他们在AI预测蛋白质结构方面的贡献。提到蛋白质结构,很多人能想到中国有不少科学家因解析出蛋白质的结构在《Cell》《Nature》《Science》等顶级期刊上发表了一大堆论文,其中个别人的CNS论文数量...

清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法

这些模型不仅能够预测蛋白质的三维结构,还能够揭示其功能和动态特性,并展现出优于经典计算生物学方法的表现。田博学课题组开发了一系列的基于蛋白质语言模型的方法,在抗体结构、蛋白质与DNA结合位点、细胞色素450酶活性预测等工作中取得了进展,为药物设计、疾病机理研究以及生物工程等领域做出了贡献。

《自然》重磅!AlphaFold 3不止预测蛋白质结构,还可以…

根据新闻稿,AlphaFold3具有原子级结构的精准度,能够加强针对难以靶向靶点的药物理性设计,有望为未来药物发现带来崭新的一页(www.e993.com)2024年11月29日。AlphaFold3相关论文同步发表于顶尖科研杂志《自然》当中。图片来源:123RFAlphaFold3的开发建立在AlphaFold2蛋白质结构预测模型的基础之上。2020年,AI蛋白结构预测模型AlphaFold2的推出引发了科学...

??研究蛋白质热稳定性的几种方法

圆二色谱法诞生于20世纪60年代,其原理是利用左、右两束偏振光透过具有手性结构的生物大分子等活性介质,获得的圆二色谱来分析其结构特点,是蛋白质、核酸、糖类等生物大分子二级结构分析的常规手段之一。蛋白由α螺旋和β折叠构成,α螺旋和β折叠在红外和紫外光段有特异的光吸收。蛋白质对左旋和右旋圆偏振光的吸收存在...

...洪亮团队提出CPDiffusion模型,超低成本、全自动设计功能型蛋白质

对此,上海交通大学自然科学研究院/物理与天文学院/张江高等研究院/药学院洪亮课题组的助理研究员周冰心等人,设计了一种扩散概率模型框架CPDiffusion,该框架结合蛋白质骨架结构、活性位点等多种生成条件,能够以非常低的训练成本、数据成本,学习蛋白质的序列、结构与功能之间的隐含映射关系,进而生成多样化的蛋白质序列,这些...

国内首家!独特结构的弹性蛋白出现了!

重组人源性弹性蛋白的氨基酸序列及其在蛋白三级结构中的位置相较于其它类型的重组人源性弹性蛋白分子而言,该结构表现出更加有序且规整的特性,交合程度更高,纯度高达98%;同时,通过利用专利技术调控合成速度,还能实现确保了蛋白质能够充分组装,从而最大限度地保持了其高活性成分。

疟原虫和弓形虫微孔的蛋白质组成及其潜在机制

第三个蛋白EPS15可能作为一个蛋白质适配支架。其他真核生物的EPS15具有一个泛素互作基序和一个AP2结合结构域,已被证实能够结合泛素,并发挥调控内吞的作用。顶复门原虫EPS15尽管缺乏上述结构域,但AP2结合实验和泛素化互作组显示仍保留了此两种活性[5,8]。因此,顶复门原虫EPS15很可能依旧通过泛素互作来调控内吞...