Nat. Commun. 速递:学习网络中低秩潜在中尺度结构

低秩中尺度结构(low-rankmesoscalestructures)指的是在网络的中观尺度上存在的一种特殊结构。这种结构表现为网络中的k-节点子图模式可以通过一小组潜在模体(latentmotifs)的组合来有效地近似。过去对“motifs”的研究主要关注如何发现,而没有研究如何在发现之后将其用作构建网络的基本单元。近期发表在NatureCommuni...

在水稻CC-NB-LRR抗病基因中,OsRLR1的克隆与功能有哪些重要性?

Sw-5b具有额外氨基端结构域,属于SD-CNL的一类,在Sw-5b介导的防御反应中,NTD和CC结构域对于NB-LRR的功能都必不可少,此外一些CLRS蛋白不仅CC结构域变异较大,NBS结构域的保守性也相对较低。NLRS作为免疫反应的分子开关,其蛋白结构的透彻研究助力于功能的解析对TLRS蛋白而言,氨基端TIR结构域并不参与效应因子的识别,...

前沿综述:面向复杂系统建模的多模态图学习

c,蛋白质建模中的拓扑结构发现,利用多尺度图表示将蛋白质的??级、二级和三级结构与分??超像素中的更高层级蛋白质模体相结合,以表示一个蛋白质。这种鲁棒的拓扑结构为蛋白质-配体结合亲和力预测等任务提供了更好的预测能力。(二)化学中的多模态图学习在化学中,多模态图学习可以通过对由化学键连接的原子所构成...

计算神经科学读书会启动:从复杂神经动力学到类脑人工智能

蛋白质的动力学和进化之间的对应关系:两个不同时间尺度下的相同故事Qian-YuanTang,KunihikoKaneko.Dynamics-EvolutionCorrespondenceofProteinStructures.PhysicalReviewLetters,127,098103(2021).胡禹:循环连接和模体(motif)结构对和神经群体活动的维数和协方差谱的影响(Dimensionandcovariancespectrum...

斯坦福医学院案例cell分享 | MST技术检测蛋白的二聚体亲和力

蛋白质二聚体是一种蛋白质四级结构。有些蛋白需形成同源或者异源二聚体才能发挥其特定的功能,且不同聚集体的亚型与不同靶蛋白特异性结合,如14-3-3蛋白。对聚集体的状态维持和解离研究能更加清楚的了解生物学过程,并且开发特异性的靶标药物,用于疾病的治疗。由于聚集体是蛋白的四级结构组成部分,因此,一般来检测...

1953年首度预测——“β波纹片”蛋白质结构终获证实

蛋白质的形状、结构和大小千差万别，在活细胞内发挥着各种各样的作用(www.e993.com)2024年11月3日。科学家们已经在许多蛋白质结构内发现了某些常见的结构基序（如α-螺旋）。结构基序也被称为结构模体，是链样生物分子（如蛋白质或核酸）中普遍存在且具有特征性的局部三维结构（超二级结构）单元模式。波纹片是β折叠片的变体，β折叠片是在数...

科学家实现人类转录效应结构域的大规模测绘和诱变

此外,大多数压制结构域序列包含小泛素样修饰物(SUMO)阳性的位点,可用于招募核心抑制物的短互动模体,或者是招募其他抑制蛋白的结构化结合结构域。研究人员发现了既能激活又能抑制的双功能域,其中一些能将细胞群动态地分成高表达和低表达的亚群。研究人员对效应结构域进行了系统的注释和表征,为了解人类转录因子和染色质调...

冷冻电镜解析高分辨率RNA结构

作为强大的结构解析工具,冷冻电镜在解析蛋白质结构中具有超强能力。RNA作为另外一种生物大分子,在生命活动中发挥着与蛋白质同等关键的作用,解析它们的三维结构也是科学家们持久探索的问题。但RNA由于分子量小,柔性大等因素,无论是依靠冷冻电镜还是其他结构解析手段,这一目的在往日很难实现。近日,哈佛大学廖茂富博士和尹鹏...

冷冻电镜与晶体学手段强力互补解析植物蛋白NPR1结构,揭示植物免疫...

冷冻电镜结构解析显示,NPR1形成鸟类展开翅膀的同源二聚体:包括一个中央的Broad-complex、Tramtrack和Bric-à-brac(BTB)结构域、一个BTB和羧基端Kelch螺旋束、四个锚蛋白重复序列和一个无序的水杨酸结合结构域。晶体结构分析显示,BTB中有一个独特的锌指模体,用于与锚蛋白重复序列相互作用并介导NPR1的寡聚。我们发现,...

探索图结构数据上的数据增强

图分类,或称网络分类,主要根据图的拓扑结构来预测其标签信息,是图数据挖掘领域中一个重要的学习任务。不同于节点分类、链路预测等利用图的局部结构进行推理,图分类需要关注图数据的全局信息来建模图到标签的映射。该任务常用于生物、化学、社交等领域,典型的应用有药物分类、毒性检测、蛋白质分析、社交模式识别等。例如...