超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用

该研究推出了AlphaFold3,这是一个强大的结构预测统一框架,涵盖了前所未有的广度和精确度,能够高准确性预测蛋白质与其他各种生物分子相互作用的结构。这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及...

AI精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?颜宁等人点评

最终,谷歌旗下DeepMind公司的人工智能系统AlphaFold2在2018年的Alphafold基础上迭代创新,超常发挥,一枝独秀,基本解决了“从氨基酸序列预测蛋白质结构”这个困扰人类50年的生物学第二遗传密码问题。AlphaFold2的成功表现在三个方面:不少结构的预测精确度跟实验晶体结构相当,可以替代晶体结构;一些含有多个结构域的复杂超长...

用AI模型预测蛋白质结构

他指出,蛋白质三维结构由主链和侧链搭建而成,Alphafold2的主链预测总体做得不错,但侧链预测的质量不够好,至少离药物设计要求的精度还有很大的差距。为此,复旦大学复杂体系多尺度研究院研发出一款名为OPUS-Rota5的算法,它能大大提升蛋白质侧链结构测试精度,专门针对Alphafold2的软肋。现在即便是有了Alphafold3,目...

从计算机跨界生物学,坐了10年冷板凳后,他开创蛋白质预测新范式

1996年，大卫已经成为华盛顿大学生物化学系助理教授，他和学生共同开发了一款名为Rosetta的程序，为之后从头设计蛋白质埋下了伏笔——已知氨基酸序列，Rosetta能够找到能量最低的蛋白质三维结构，那么如果已知最终的蛋白质结构，Rosetta是否能倒推出形成这一结构所需的蛋白组件呢？在这个思路下，Top7诞生了。可惜的是，Top...

诺奖2024|专家解读:颁给蛋白质预测和AI实至名归,化学家还不会...

他认为,蛋白质结构预测的终极问题还未被解决,AI算法对我们彻底理解底层生物规律的帮助有限。AlphaFold一类的大模型本质是通过对已有的大量氨基酸序列和蛋白质结构数据的比对而形成概率预测,发现更有可能的结构,对于蛋白折叠过程背后的科学规律的认识还很有限。

GPT-4无师自通预测蛋白质结构登Nature子刊,LLM全面进军生物学...

新智元导读距离GPT-4首次发布已经过去了将近一年半的时间,Nature最近发表的一篇报告却探索出了这个「过气」模型的新用途——氨基酸和蛋白质的结构建模(www.e993.com)2024年11月8日。提到AI4Science,尤其是AI在生物学领域的应用,DeepMind的AlphaFold已经成为了「出圈」的代表作,是生物学和计算交叉融合的里程碑。

OpenAI GPT-4 AI模型潜力挖掘:高精度建模基础蛋白质结构

IT之家8月22日消息,科技媒体TheDecoder昨日(8月21日)发布博文,报道称罗格斯大学的一项研究表明,OpenAI公司的GPT-4语言模型能高精度模拟简单的氨基酸和蛋白质结构。相关研究成果发表在《ScientificReports》上,该科研团队使用GPT-4AI语言模型,探索其在基本结构生物学任务中的表现,结果发现该...

...血友病新疗法有望在中国率先上市;Al不止预测蛋白质结构|等四条...

Al不止预测蛋白质结构今日,Alphabet旗下人工智能(AI)药物发现公司IsomorphicLabs与谷歌(Google)旗下DeepMind共同宣布推出新一代AI生物分子结构模型AlphaFold3。与许多AI蛋白结构预测模型不同的是,AlphaFold3能够针对多种蛋白质、DNA、RNA和小分子配体之间的交互作用进行复合物结构预测,并可预测翻译后修饰(PTM)和离子...

David Baker:可预测所有生物分子,生成具有高级结构的蛋白质

“RFAA和RFdiffusionAA有潜力广泛应用于模拟和设计复杂的生物分子系统。”研究人员说。可模拟所有生物分子,从头合成高级功能蛋白质,已免费开源蛋白质是生命活动的物质基础,也是细胞内部的主要功能分子。公开资料显示,AlphaFold是DeepMind推出的蛋白结构预测工具;RoseTTAFold是DavidBaker实验室推出用于预测蛋白...

不用冷冻电镜,学会它你也能分分钟成为结构生物学大佬

PyMoL软件以「Py+MoL」命名,Py表示该软件由计算机语言Python衍生而来,MoL则是英文molecule的前三个字母,表示该软件是一款分子可视化软件。其适用于绘制小分子或生物大分子如蛋白质的三维结构图像,具有免费的开放源码、鼠标操作与命令行操作、文档文件和会话文件并存等优点。