科学家研发新型核酸检测系统,无需依赖昂贵蛋白质酶,单次材料成本...
受自然酶和核酸酶的启发,通过实施异构模块(如aptamer、toehold)来设计异构的DNAzyme生物传感器,可以通过小分子、蛋白质、核酸或细菌等,调节因子介导其催化活性。传统的异构DNAzyme生物传感器通常被设计成多组分分子复合体,通过具有toehold的抑制链,来抑制并释放DNAzyme。以及通过在靶结合后分裂并恢复催化...
科学家解析光合玫瑰菌反应中心-捕光复合体结构,助推原核生物光合...
M和细胞色素c亚基组成的反应中心,每个LHαβ结合着1个类胡萝卜素和3个细菌叶绿素a(2个B880和1个B800)用于捕获光能,这与此前已报道的反应中心-捕光复合体中类胡萝卜素:细菌叶绿素摩尔比为2:3的色素含量显著不同。
线粒体前蛋白输入的分子途径,PCR Clean??高效清除核酸污染
最近在TIM23复合体中发现的亚基是Mgr2,它具有两个TMs,与Tim17和TIM23具有序列同源性。Mgr2是一个非必需的亚基,其功能是作为看门人调节TMs从转位体的侧向释放。在序列前途径中,TOM和TIM23复合体被精心安排以实现有效的蛋白质跨线粒体双膜输入。已经确定TOM和TIM23在蛋白质易位过程中形成一个超复合体。然而,...
《自然》重磅!AlphaFold 3不止预测蛋白质结构,还可以…
▲AlphaFold3预测的分子复合物由酶蛋白7BBV(蓝色)、离子(黄色球体)和单糖(黄色)组成,以及真实结构(灰色)图(图片来源:参考资料[1])接着,研究人员将TIM3蛋白质的原始序列和每个配体的SMILES信息输入至AlphaFold3当中进行评估,除此外并没有提供AlphaFold3任何关于蛋白质的结构、口袋等额外资讯。SMILES是一种化学符...
Nature | 不止蛋白质结构!AlphaFold3可高精确度预测生物分子结构...
在PoseBusters基准数据集上,研究团队评估了AF3预测蛋白质-配体相互作用的性能,该数据集由428个蛋白质-配体结构组成。结果显示,在不使用任何结构输入的情况下,AF3预测准确率为76%,性能显著优于传统对接方法Vina以及最新开发的RFAA模型(基于深度学习方法预测生物大分子结构)。对于蛋白质-核酸复合物和RNA结构,AF3预测准...
新一代蛋白质预测模型登上《自然》杂志,让生物世界更“高清...
《自然》杂志日前发表了由谷歌DeepMind团队和AI药物研发团队IsomorphicLabs的合作研究,展示了全新的蛋白质预测模型——第三代“阿尔法折叠”(Alphafold3)(www.e993.com)2024年7月27日。新模型不再局限于预测蛋白质或蛋白质—蛋白质复合物的结构,而是能够破解蛋白质与各种生物分子所形成的复合体结构及其相互作用。革命性进展、诺奖级发现……一时间...
AlphaFold3问世,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用及结构
每个植物、动物和人类细胞内都有数十亿个分子机器。它们由蛋白质、核酸、糖类等分子组成,但没有一个单独的部分可以单独发挥作用。只有了解它们如何在数百万种组合中相互作用,科学家才能开始真正理解生命的过程。GoogleDeepMind发布的AlphaFold3无疑是一种革命性的模型,能够以前所未有的精度,预测所有生命分子的结构和相...
Adv Sci:徐安定/逯丹/麦鸿成团队发现缺氧相关环状RNA的小细胞外囊...
暨南大学附属第一医院徐安定教授、逯丹副研究员课题组在前期工作中首次报道了来源于缺血半暗带神经元的环状RNA-CircOGDH在急性缺血性卒中潜在的诊疗价值,其可通过sEVs转移到患者外周血中1,2。伴随RNA结合蛋白FUS进入到神经元缺氧sEVs中,FUS是外泌体分泌RNA的必要条件3。
AlphaFold3: 生物分子预测的大一统工具?
对于蛋白质-核酸复合体结构预测,目前最好的预测方法是DavidBaker实验室开发的RoseTTAFold2NA8。从下图中可以看出,AF3在蛋白质-RNA复合体结构预测任务和蛋白质-双链RNA结构预测任务上,表现都比RoseTTAFold2NA好很多。对于RNA结构预测,目前比较好的基于人工智能的方法有RoseTTAFold2NA和AIchemy_RNA9(后者是CASP15竞赛...
AlphaFold 3重磅发布,开启理解生命的新时代;因气候变化,这里成为...
但这一次,AlphaFold3使用了AI绘画模型中常见的扩散模型,可以直接预测原子的三维坐标,并在多步汇总后构建出精确的分子结构。论文摘要中写道,AlphaFold3能够对包括蛋白质、核酸、小分子、离子和修饰残基在内的蛋白质复合体进行联合结构预测,预测准确性大幅超过任何已有工具。