人类基因组计划已完成二十年 DNA何时实现“随手测”
1999年9月1日,杨焕明在第五次人类基因组测序战略会议上表示,中国有能力在2000年4月完成1%的任务,并递交了已经完成的人类基因组序列的70万个碱基对测序结果,让与会者相信中国有能力参与和完成申领的任务。最终,中国得到完成人类3号染色体短臂上一个约30Mb区域的测序任务。该区域约占人类整个基因组的1%。“首先...
...pseudolongum JNFEN6低聚木糖利用效率评价及转录组学分析
如图7所示,对照组有1832个表达基因,实验组有1840个表达基因。两组表达基因共有数为1831,表现出99.57%的相似性。使用DESeq2进行基因表达差异分析。如图7所示,共有297个差异表达基因,其中有136个上调基因,占总差异表达基因的45.79%;161个下调基因,占总差异表达基因的54.21%。6转录组反应全局分析通...
...Nature Methods等评为关键技术之一!百创S3000空间转录组芯片发布
组织的大小可以从一个小的(<1mm2)切片到模型生物的整个器官切片;计算的基因数量可以从几十到几千甚至整个基因组;空间位置可以从整个组织域,到一个大的500μm×500μm的感兴趣区域,再到一个单细胞甚至更细。空间转录组已广泛应用于生物医学领域,例如以阐明组织分化中基因表达的广泛模式、空间定位的疾病机制以及...
【深度解读】多组学+免疫荧光技术!揭秘ANO1在胃肠道肿瘤中的双重...
转录组测序技术(RNA-seq)●基因表达分析:RNA-seq允许研究人员全面了解ANO1敲除前后细胞内的基因表达模式,这对于确定ANO1在调控铁死亡和PI3K-Akt信号通路中的作用非常重要。●信号通路富集分析:通过对差异表达基因进行功能注释和通路分析,可以揭示ANO1在细胞生物学过程中的作用。拓展应用●疾病机制研究:RNA-seq可用...
Nature Genetics | BANKSY:革命性算法,重塑空间组学数据分析
进入21世纪后,空间组学技术迎来了快速发展。尤其是高通量测序技术的出现,为空间组学提供了新的动力。通过结合高通量测序和先进的成像技术,科学家们能够在单细胞水平上,同时获得成千上万细胞的空间分布和基因表达信息。空间转录组学空间转录组学的兴起进一步推动了空间组学技术的发展。这一领域的突破性技术,例如Slide...
为何这篇《科学》封面文章从投稿到接受仅仅80天?
“确定关键基因,我们通过遗传定位、基因组重测序、基因编辑敲除、遗传互补等实验来确认;对于基因表达,我们通过报告基因系统、原位杂交、成对原位杂交比较、定量PCR等多个技术来验证;博士研究生周诗韵不厌其烦,只为把原位杂交实验做到了极致……这些在后来都给编辑和审稿人留下了深刻印象,他们一致认为我们的工作很...
《食品科学》:浙江科技学院蔡海莺副教授等:咖啡酸苯乙酯对HepG2...
对CAPE处理的HepG2细胞与高脂肪组细胞进行转录组测序及DEGs分析,CAPE组和HFD组经过过滤后的序列数量(即cleanreads数目)分别有47575973条和47867835条,所占比例分别为96.07%和96.03%,根据经CAPE处理的HepG2细胞中基因表达的变化情况,共筛选出3270个DEGs。其中,表达上调的DEGs有1351个,表达下调的...
单细胞转录组测序,揭示动物发育过程“古老”和“年轻”基因的表达...
可以看出,不同系统层表现出不同类型的基因富集,如PS1-2富含蛋白激酶基因,而最年轻的PS10-12富含编码G蛋白偶联受体(GPCR)、F-box蛋白(FBP)、核激素受体(NHRs)等的基因。研究人员在个体水平(整个胚胎)及单细胞水平进行了转录组的测序。研究人员观察到,在TAI指数上,秀丽隐杆线虫表现出经典的“沙漏”模式,TAI最...
细菌微生物基因表达调控表观研究方案|原核三代甲基化+转录组
2、原核转录组(mRNA+sRNA)原核转录组测序可以从基因表达量、基因结构和sRNA调控功能三维度揭示不同生物性状的分子调控机制。如通过计算各组间的差异基因并对差异基因进行富集分析,获得对生物性状影响较大的通路信息;通过预测基因的反义转录本,丰富基因组注释内容;研究sRNA对mRNA的相互作用,从分子调控角度解释生物性状之...
三代测序可能正在成为基因分型的新标准,为抗癌药物的使用提供证据...
在MinION序列中,研究者发现L858R和T790M突变都位于同一个等位基因中(72%的转录序列),另一个等位基因是野生型(22%的序列;其余6%的序列包括测序错误或次要等位基因部分)[54]。三代测序可能正在成为基因分型的新标准,为抗癌药物的使用提供证据,并为每个人量身定制正确的治疗方案。