打破传统蛋白质进化方法局限性:MIT团队设计新型蛋白质大模型,发现...
“我们通过少量实验数据和高效的计算模型显著提升了蛋白质活性,标志着蛋白质工程领域的一次重要突破。”谈及和团队近期发表在Science的论文,美国麻省理工学院博士生姜凯议如是说。研究人员结合蛋白质大模型、主动学习和回归模型,开发了一种创新的蛋白质工程方法EVOLVEpro(EVOlutionViaLanguagemodel-guidedVarianceEx...
陈玲玲:RNA有自己的特点,别把它当蛋白质来研究
如果非要比较它和蛋白质谁更重要,蛋白质的功能会更关键一些,但是非编码RNA的参与及功能调控不可缺少。值得强调的是,非编码RNA在发挥功能的过程中常常是和蛋白质密不可分的,它们的合成既依赖蛋白质,也需要和蛋白质相互作用形成复合物,才能折叠成具有功能的构象,进而发挥生物学功能。另一方面,许多蛋白质同样要依赖非...
沃信VOSHIN07-IIC型紫外交联仪实验报告总结
能够固定凝胶中的核酸分子,使其发生化学交联,有助于后续对核酸分子的染色和分析,提高实验的准确性和可靠性[2]。CLIP-seq实验(紫外交联免疫沉淀结合高通量测序)基于RNA分子与RNA结合蛋白在254nm紫外照射下发生耦联,以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后,回收其中的RNA片段,经添加接头、RT-...
ICML 2024 | 知识感知的强化学习优化的蛋白质定向进化方法
KnowRLM的优势在于它能够利用来自知识图谱的上下文氨基酸信息,从而从蛋白质序列的统计模式和氨基酸的生化特性中获得优势。大量实验表明,与现有方法相比,KnowRLM在更有效地识别高适应度突变体方面的优越性能。论文题目:Knowledge-awareReinforcedLanguageModelsforProteinDirectedEvolution论文链接:httpsopen...
西湖大学李子青/深圳湾实验室周耀旗等解读AI赋能的蛋白质结构与...
8月22日(周四)晚19:00,CellPress细胞出版社旗下数据科学期刊Patterns将联合TrendsinBiotechnology(现已开始接收研究类文章)为大家带来本年度第四场CellPressLive线上讲座,主题为《蛋白质结构与功能预测及设计》。本次会议邀请到来自西湖大学的李子青、深圳湾实验室的周耀旗,复旦大学的朱山风、北京大学的张文...
...实验室青年研究员谈攀发布关于FSFP:基于语言模型的蛋白质功能...
近日,上海交通大学自然科学研究院/物理与天文学院/张江高研院/药学院洪亮教授课题组联合上海人工智能实验室青年研究员谈攀,在蛋白质突变-性质预测上取得重要突破(www.e993.com)2024年11月25日。该工作采用全新的训练策略,在使用极少湿实验数据的情况下,极大地提高了传统蛋白质预训练大模型在突变-性质预测的效果。该研究成果以《Enhancingtheefficien...
...洪亮团队提出CPDiffusion模型,超低成本、全自动设计功能型蛋白质
CPDiffusion成功学习蛋白质序列的保守特征、表面带点性等重要性质值得一提的是,CPDiffusion的训练和推理过程几乎不需要专家指导,可自动识别高度保守的区域,从而在确定保守区功能的基础上,在非保守区域引入更多的变化,提高所生成序列的多样性。通过多种实验验证,如下图所示,研究人员发现为KmAgo生成的新序列中,所...
分析蛋白质功能结构域的策略和步骤
蛋白质的功能结构域(Functionaldomains)是蛋白质序列中的特定区域,它可以独立地完成某种生物学功能。分析蛋白序列的功能结构域通常涉及以下几个步骤:1.序列比对使用如BLAST之类的工具,将目标蛋白序列与已知的蛋白数据库进行比对,寻找相似的已知结构或功能的区域。
...Nature多组学研究:运动从基因表达到蛋白质功能重塑我们的身体
Nature多组学研究:运动从基因表达到蛋白质功能重塑我们的身体在这个快节奏的时代,健康已成为全民热议的话题,而运动作为不打针不吃药、且终生受益的良方,一直被广为推崇。以往研究已分别从转录组学、表观基因组学、蛋白质组学和代谢组学等各种“组学”平台证实,运动几乎可以影响人体内所有的器官系统[1],其强大的...
生研院汪方炜实验室在PNAS发文揭示黏连蛋白功能的重要调控机制
2024年8月7日,生研院汪方炜实验室在《美国国家科学院院刊》(PNAS)发表了题为MolecularmechanismandfunctionalsignificanceofWaplinteractionwiththeCohesincomplex的研究论文,揭示了黏连蛋白功能的重要调控机制。黏连蛋白(Cohesin)是一个在进化上高度保守的环状结构复合体,参与调控一系列基于DNA和染色质的...