中国科大用深度学习实现高实验成功率的蛋白质序列从头设计

在理论验证的基础上,中国科大团队尝试了实验表征用ABACUS-R对3个天然主链结构重新设计的57条序列;其中86%的序列(49条)可溶表达并能折叠为稳定单体;实验解析的5个高分辨晶体结构与目标结构高度一致(主链原子位置均方根位移在1??以下)(图2)。此外,与以前报道的从头设计蛋白相似,ABACUS-R从头设计的蛋白表现出超高热...

用AI模型预测蛋白质结构

“以20万的数据,推测出1亿多个蛋白质结构,准确率达90%,这就是AI的神奇之处。”许建和表示,自己的实验室也在以传统方式(包括冷冻电子显微镜、核磁共振或X射线晶体学等技术)破解蛋白质的结构,解析一个蛋白质,短至一个月,长的两三年,而且仅有1/3的成功率,由此可见Alphafold模型的意义所在。当然,AI模型目前不能...

西湖大学李子青/深圳湾实验室周耀旗等解读AI赋能的蛋白质结构与...

蛋白质设计与改造已进入AI时代,诸多基于序列或结构的模型为各类蛋白质家族补充了前所未有的生成式蛋白新序列,也赋予了传统蛋白新功能,但整体而言,大部分预测模型得到的蛋白新序列有效率不足50%,后续需要大量湿实验对序列进行进一步筛选和功能性验证,而很多相关模型研究缺乏湿实验验证。我们构建了基于蛋白序列与结构信息的...

2024“互联中国公益行动”丨从生命到宇宙的计算,之江实验室解析...

2024“互联中国公益行动”丨从生命到宇宙的计算，之江实验室解析运算法则央广网杭州6月3日消息（记者尚天宇）“我们所有的生命，本身就是一种序列，DNA、RNA、蛋白质，就像人类去传递自己的思想一样，生命本身也是通过序列进行信息的传递。”6月3日，在杭州市余杭区的之江实验室生命科学计算研究中心，科研副主任...

全球首次,湿实验证实!上交成功实现「蛋白质功能定向进化」,零数据...

湿实验结果表明,ProtLGN可以在没有湿实验数据或仅少量类似功能蛋白质的实验数据基础上达到40%的单点位改造成功率,并且在部分单位点上实现了多种功能协同提升。上述结果表明ProtLGN能够极大改善传统蛋白质工程方法中成本高、成功率低、数据稀缺等问题。更为重要的是,本文首次使用深度学习模型在学习单位点突变体活性数据...

IP实验步骤指南:蛋白结构分析解析

IP(免疫沉淀)是一种常用的蛋白质分析方法,可以用于分离和富集特定的蛋白质(www.e993.com)2024年11月8日。以下是IP实验的基本步骤:3.1样品准备首先,需要准备含有目标蛋白质的样品。样品可以是细胞提取物、组织提取物或纯化的蛋白质溶液。3.2抗体选择根据目标蛋白质的特异性,选择适当的抗体。抗体可以是单克隆抗体或多克隆抗体,也可以是商业...

Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

先描述短读长测序的文库构建过程、实验设计注意事项和计算分析流程,探究其应用如此广泛的原因。然后描述单细胞转录组和空间转录组的发展和应用。我们会举例说明RNA-seq在RNA生物学关键研究中的应用,包括转录和翻译的动力学分析,RNA结构,RNA-RNA和RNA-蛋白质间相互作用等。最后我们小小地展望一下RNA-seq的未来,如单...

深入解析pull down实验:从技术原理到生物学意义

蛋白质在细胞内发挥着关键的生物学功能,它们之间的相互作用是细胞内信号传递和调控的基础。为了揭示蛋白质互作网络,科学家们发展了许多实验技术,其中pulldown实验是一种被广泛应用的方法。本文将从技术原理和生物学意义两个方面,深入解析pulldown实验。

不只是 AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生

日前,QuantaMagazine科学作家YaseminSaplakoglu在一篇长文中详细介绍了蛋白质折叠问题的历史——从早期实验学家使用X射线晶体学解析蛋白质结构,到计算生物学家尝试通过算法预测结构,再到AlphaFold的出现及其带来的颠覆性影响。同时,她也探讨了人工智能在蛋白质科学领域的突破性进展,特别是AlphaFold如何改变蛋...

不只是AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...

日前,QuantaMagazine科学作家YaseminSaplakoglu在一篇长文中详细介绍了蛋白质折叠问题的历史——从早期实验学家使用X射线晶体学解析蛋白质结构,到计算生物学家尝试通过算法预测结构,再到AlphaFold的出现及其带来的颠覆性影响。同时,她也探讨了人工智能在蛋白质科学领域的突破性进展,特别是AlphaFold如何改变蛋...