...| Phytomed揭示雷公藤红素靶向YY1和HMCES诱导DNA损伤和细胞死亡
多组学分析表明,雷公藤红素主要诱导K562T315I细胞的DNA损伤积累和未折叠蛋白反应。在12个最具潜力的雷公藤红素靶点中,实验证据表明,雷公藤红素与YY1和HMCES的直接相互作用会增加DNA损伤水平,导致细胞死亡。本研究首次利用全蛋白质组非标记靶点去卷积方法MS-CETSA鉴定雷公藤红素的蛋白质靶点。本研究还开发了一种新的系...
Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
也可以通过基于液滴的微流控技术(例如在Drop-Seq,InDrop中)分离单细胞并与后续反应试剂包裹在一个液滴中,或者采用原位序列条形码标记(例如单细胞组合索引RNA测序(sci-RNA-seq)和基于分池连接的转录组测序(split-poolligation-basedtranscriptomesequencing,SPLiT-seq))。
华中农业大学李一博团队发现转座子插入影响水稻分蘖数和粒型的新...
该研究通过DNA免疫沉淀质谱技术(DNApulldown-MS)以及全基因组关联分析GWAS发现了一个与稻米粒型和品质相关的转录因子TCP4,粳稻品种中该基因启动子区337bp的Tourist-likeMITE插入显著抑制了TCP4基因的表达,而籼稻品种中该基因启动子区MITE却是缺失的。该基因启动子区的大片段变异能够将水稻533微核心种质显著分为...
分子互作|蛋白与蛋白、核酸、小分子互作检测技术介绍、应用及资料...
GSTpulldown技术基于GST标签和谷胱甘肽(GSH)的特异性高亲和力,将带有GST标签的目标蛋白固定于GSH琼脂糖珠上,当细胞裂解液经过该基质时,与目标蛋白有相互作用的蛋白或者大分子会被吸附,而没有被吸附的杂质则随缓冲液流出。??技术特点实验步骤相对简单,不需要用到特殊的仪器设备。实验条件温和。可以证明两个蛋白...
PNAS|周政组与徐冬一组揭示EB病毒抑制宿主DNA损伤应答的新机制
DNA承载着细胞的遗传信息,其稳定传递和精确复制对于生命体的生存至关重要。病毒基因组的整合、DNA错配或环境物理化学因子的影响都会造成DNA损伤的发生并导致基因组不稳定,进而诱发癌症等疾病。因此细胞进化出了一套完整的DNA损伤应答(DDR)体系来应对这些挑战。另一方面,由于许多病毒侵染宿主细胞后会引起宿主DDR,病毒发展...
尹玉新课题组发现单链DNA结合蛋白RPA1蛋白全新的生理功能
该论文通过构建小鼠模型,应用pull-down、RNA-seq、ATAC-seq以及Cut&tag等多组学手段发现了单链DNA结合蛋白RPA1在脂肪肝发生发展中起着重要作用(www.e993.com)2024年10月16日。尹玉新课题组于2015年首次建立了Rpa1敲除小鼠模型(CellRes.2015.),观察显示杂合丢失Rpa1的小鼠(Rpa1+/-)更易诱发结直肠癌。该论文进一步发现Rpa1+/-小鼠对脂肪肝...
傻傻分不清?DNApull-down来啦!
DNApull-down是体外研究DNA与蛋白互作的有力工具。该技术将生物素标记的DNA片段结合在链霉亲和素磁珠上,再与细胞核蛋白孵育,纯化出与DNA片段互作的蛋白,洗涤洗脱得到的蛋白产物,做western-blot检测特定蛋白是否与靶DNA片段结合;做质谱鉴定即可筛选出与DNA片段可能互作的蛋白信息(如具体某个或某些转录因子/组蛋白等)...
核酸蛋白互作:RNA/DNA pull down,CHIRP
其中,RNA/DNApulldown是研究体外条件下RNA或DNA与蛋白互作的重要技术。该技术通过体外转录目的RNA的一部分或全长,用生物素标记转录产物,再与链霉亲和素磁珠孵育使之固定在磁珠上,用以“pulldown”互作蛋白,纯化的产物蛋白经特定抗体的western-blot实验,可验证某种蛋白与目的RNA/DNA是否有相互作用;纯化的蛋白经质...
昆明动物所阐明多能干细胞基因组稳态维持新机理
为探究Lnc956分子水平上具体作用机理,科研人员利用Invitro/invivoRNApulldown、蛋白质质谱及RNA免疫共沉淀等技术鉴定出与Lnc956相互作用的靶蛋白-KLF4。科研团队通过机制分析发现,在未受DNA损伤时,Lnc956与KLF4无相互作用。而在基因组受损后,DNA损伤反应通路的核心激酶ATM激活,ATM活化Mettl3(调控RNAm6A修饰),...
Science子刊:郑萍团队阐明新型LncRNA维持多能干细胞基因组稳态新...
为探究Lnc956分子水平上具体作用机理,研究团队利用Invitro/invivoRNApulldown、蛋白质质谱及RNA免疫共沉淀等技术鉴定出与Lnc956相互作用的靶蛋白-KLF4。通过机制分析发现,在未受DNA损伤时,Lnc956与KLF4无相互作用。而在基因组受损后,DNA损伤反应通路的核心激酶ATM激活,ATM活化Mettl3(调控RNAm6A修饰),使Lnc956...