「快讯」2024第五届单细胞技术应用研讨会暨空间组学前沿研讨会在...

他以“AI算法让空间转录组“看得见”、“摸得着”为题做了分享。昌平实验室任仙文研究员之后进行的主题为“共话单细胞与空间多组学技术前沿与临床应用”的第一个圆桌讨论，由中国医药生物技术协会基因检测技术分会主任委员、复旦大学附属中山医院王向东教授主持；参与讨论的嘉宾有：中科院北京基因组研究所方向东研究员...

用单细胞与空间转录组测序技术解析膝关节骨性关节炎软骨细胞异质

WB)与非承重区(轻度磨损区域,NWB),以及3例正常对照个体膝关节软骨进行了scRNA-seq单细胞转录组测序(10XGenomics)分析,研究发现前肥大软骨细胞(preHTC)、纤维软骨性软骨细胞(FC)、稳态性软骨细胞(HomC)在患者与正常软骨中存在丰度差异性。

98页重磅综述!单细胞组学技术、数据分析与应用

文章指出,自2009年首项单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)问世以来,相关单细胞技术迅速发展,不仅在单细胞基因组、表观基因组、蛋白质组和代谢组等层面实现了横向扩展,而且在单细胞多模态、空间转录组及CRISPR筛选等技术方面取得了纵向进步(图1)。这些技术的突破性进展为深入理解复杂疾病,尤其是癌症,提供了新的视角和研究...

...子刊:浙江大学孙会增/王永成团队开发微生物组单细胞转录组学技术

为了填补瘤胃微生物组中活性功能类群的研究空白,研究团队开发了一种全新方法——微生物组单细胞转录组学技术(Microbiomesingle-cellTranscriptomics,MscT),构建了目前最全面的牛胃肠道微生物基因组图谱(BovineGastroMicrobialGenomeMap,BGMGM)作为参考数据集,利用基于随机引物和微流控的微生物单细胞RNA-Seq技术测定...

【单细胞测序系列】只做转录组不做蛋白组,意义少一半?

很多人可能考虑科学研究中,是做WTA,还是做蛋白组,还是都做呢?看过今天小优分享的一篇文献通过单细胞基因组学捕获的COVID-19患者免疫细胞的全转录组分析(WTA)和表面标记表达(AbSeq)动态或许你会有新的看法。一实验简介二实验思路框架健康、SARSCoV-2感染和恢复的样本分为三组,工作流程原理图如上,然后...

「快讯」2024单细胞组学在风湿免疫疾病研究与诊疗中的应用研讨会...

单细胞组学是一种新兴的技术，可以对单个细胞的基因组、转录组和表观遗传学特征进行全面分析，为疾病诊断、治疗以及药物研发提供了新的视角(www.e993.com)2024年11月15日。7月12日，为促进单细胞组学技术，在风湿免疫疾病领域的更广泛应用和发展，推动单细胞技术临床研究更快、更好地进步，由北京健康促进会联合北京大学第一医院风湿免疫科共同主办，...

科学家打造空间转录组分析新工具,无需使用单细胞数据作为参考,能...

Starfysh解决了目前部分测序技术存在的低空间分辨率的缺陷。该方法可以将不同组织的空间转录组数据、以及对应的组织学图片加以结合,通过空间基因表达与组织学特征,针对不同位点的细胞类型与细胞状态比例进行预测。与其他空间转录组方法相比,Starfysh无需使用单细胞数据作为参考,因此在分析上存在较好的灵活性,对于分析罕...

Nature:王凌华团队等通过单细胞和空间转录组揭示肺腺癌最早的细胞...

因此,对于未经治疗干预的早期肺腺癌病人进行以肿瘤为中心的多点,梯度取样,综合利用单细胞测序和空间转录组测序等多平台数据系统性地研究细胞谱系状态和分子特征,以及肿瘤微环境的改变,将有助于加深对肺腺癌发生早期的细胞动态过程的理解,揭示肺腺癌发生的生物学机制,帮助发现新的潜在的治疗靶点,并为肺腺癌的早期干预和...

浙江大学良渚实验室沈宁团队发布实现单细胞水平肿瘤细胞群突变与...

近年来,单细胞转录组(scRNA-seq)技术得到了飞速发展与广泛应用,在肿瘤组织转录表达谱的异质性与耐药进化方面取得了一系列进展。然而,单细胞基因组水平体细胞突变(somaticmutation)等基因组突变方面的检测分析,受单细胞基因组测序技术的发展限制依然存在重重困难。由于scRNA-seq实验本身在单细胞水平所覆盖的基因组区域较...

Sci Adv:单细胞RNA测序和空间转录组学绘制金鱼端脑细胞类型图谱

1空间分辨率的金鱼端脑细胞类型图谱单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够完全基于全基因组基因表达谱(转录组)来比较不同物种间特定组织细胞类型的分子相似性和差异。而空间转录组(ST)可以保留mRNA分子在组织中的位置信息,并实现基因谱的空间定位。本研究结合这两种技术,生成了金鱼端脑的空间注释细胞类型图谱(图1A)。