中科院计算所团队提出CarbonNovo,基于AI进行蛋白质结构从头设计
序列设计模块是在准确的结晶结构上训练的,而在推断阶段,结构模块生成的结构是包含噪音的,其准确性与晶体结构不一致。(2)序列设计模块缺乏与结构设计模块的交互,设计序列无法为结构生成模块提供反馈以进一步优化生成的结构。CarbonNovo进行端到端的结构和序列联合设计针对蛋白质设计「两阶段」框架的局限性,中科院计算...
...交大钟博子韬:极致利用数据,以原子精度预测所有生物分子结构...
在第二类Co-folding任务中(小分子和蛋白质结构都折叠),未知口袋位置、未知蛋白质结构(Nopocket,Nostructure),AlphaFold2+DiffDock结合预测的成功率降到了18%,另外,AlphaFold3达到了最高的76.4%成功率,这说明,AlphaFold3不仅预测准确,还无需依赖口袋和结构的先验知识。在第三类Traditionaldoc...
AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构? | 返朴
AlphaFold3不仅仅能够预测蛋白质的三维结构,也能预测更广泛的生物分子复合物的结构(包括蛋白质、核酸、配体等),以及生物分子之间的相互作用。有趣的是,尽管AlphaFold3对于预测精度和广度都有提升,它自身的模型架构相比AlphaFold2却更加简化而且通用了。AlphaFold2虽然使用了Transformer这种通用的模型,但同时它也加入了...
...Res:我国学者开发零样本突变效应预测模型,高效指导蛋白质设计...
该模型以AlphaFold蛋白质结构数据库中约1.6亿蛋白质为学习对象,系统学习蛋白质序列分布知识和空间折叠规律。此外,为了捕捉原子精度的蛋白质结构信息,研究团队还提出了蛋白质点云作为蛋白质结构的表示方法,并使用旋转平移等变的结构嵌入模块挖掘蛋白质结构的旋转平移不变性特征。在GO注释、EC注释、蛋白质相互作用预测等15个...
AlphaFold3来了!全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用及结构...
AlphaFold3的核心是一个改进版的Evoformer模块(一种蛋白质语言模型),在处理输入后,AlphaFold3使用扩散(diffusion)网络进行预测(类似于AI绘图或ChatGPT生成文字),扩散过程从一团原子云开始,经过许多步骤后,最终生成最准确的分子结构。其对分子相互作用的预测准确度超过了所有已有的系统。
David Baker:可预测所有生物分子,生成具有高级结构的蛋白质
蛋白质是生命活动的物质基础,也是细胞内部的主要功能分子(www.e993.com)2024年9月7日。公开资料显示,AlphaFold是DeepMind推出的蛋白结构预测工具;RoseTTAFold是DavidBaker实验室推出用于预测蛋白质结构的深度神经网络,RFdiffusion则是该实验室推出用于从头构建全新蛋白质的生成式AI工具。这些工具专注于蛋白质的氨基酸构建模块,而非捕获蛋白质...
Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具
图5.DeepMSA2蛋白质复合物MSA构建的算法(DeepMSA2-Multimer)。通过将DeepMSA2算法与AlphaFold2端到端结构训练模块的结合,该研究提出了蛋白质单体及复合物结构预测算法DMFold。DMFold算法包括两个部分,蛋白质单体结构预测算法DMFold-Monomer和蛋白质复合物结构预测算法DMFold-Multimer。
Nature子刊:百图生科宋乐团队开发新型蛋白质结构预测工具,不依赖...
HelixFold-Single中使用的模型由两个主要组件组成——作为基础的大规模蛋白质语言模型(PLM)和来自AlphaFold2的用于蛋白折叠的基本组件。PLM可以将主结构编码为单表征和对表征来学习领域知识。然后集成AlphaFold2中的Evoformer和Structure模块来处理表征,学习几何知识,然后预测原子坐标。这两个组件连接起来,给出一个端到端...
诺奖剑指AI?谷歌蛋白质结构预测模型获2023年拉斯克奖
基础医学研究奖:AI系统精准预测蛋白质结构基础医学研究奖获得者。图片来源:拉斯克奖官网DemisHassabis博士和JohnJumper博士领导AlphaFold团队借助人工智能(AI)系统成功解决了蛋白质结构预测难题,实现了准确性和速度的巨大突破。蛋白质在细胞内扮演关键角色,其功能与三维结构紧密相关。虽然60多年前科学家确定氨基酸序列...
新一代蛋白质预测模型登上《自然》杂志,让生物世界更“高清...
直到近半个世纪后,DeepMind团队发布了阿尔法折叠,它能够预测地球上几乎所有蛋白质结构,尽管准确率有待提高。“阿尔法折叠2”被美国《科学》杂志评为2020年十大科学突破之一,但在马剑鹏看来,“阿尔法折叠3”不是以往技术上的修修补补,而是理念上大刀阔斧的变革——它直接改变了上一代版本的核心架构,用“扩散模块”...