生物科技一大步?微小RNA让细胞能按DNA的“说明书”操作
而联系DNA和蛋白质之间的桥梁是RNA(核糖核酸)。RNA的种类繁多功能多样,它们有细胞里的信使(信使RNA)、运输工具(转运RNA)和车床(核糖体RNA)。但细胞们为什么会表现出不同的功能?例如,肌肉细胞需要有力收缩,而神经细胞则要快速传递信号。那么相同的基因到了不同的细胞中,是如何确定哪段信息被激活呢?答案就在于...
超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用
这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及预测翻译后修饰和离子对这些分子系统的结构影响,从而帮助我们在原子水平上精确地观察生物分子系统的结构。这种用计算机解析蛋白质与其他分子复杂相互作...
打游戏神童+本科念哲学+70年来最年轻得主——今年的诺贝尔化学奖...
这包括人体中的所有蛋白质,以及动物、植物、细菌和许多其他生物体中的蛋白质。而最新版本的AlphaFold3大大扩展了其功能,包括对DNA和RNA相互作用进行建模,这标志着我们对分子生物学的理解有了重大飞跃。▲AlphaFold3预测的7R6R-DNA结合蛋白(蓝色)与DNA双螺旋(粉色)结合的分子复合物结构与通过实验发现的真实分子结构(...
Cell:为什么肝脏等器官衰老得更快?非编码DNA中隐藏的突变是关键
基因组中的DNA包含编码区(编码蛋白质的基因)和非编码区(参与调控或组织基因组)。它们都会不断受到外部和内部因素导致的损伤,而细胞有着DNA修复系统,以防止损伤的积累。当基因被转录时,位于编码区的DNA损伤会被检测到。而位于非编码区的DNA损伤则在细胞更新时被检测到(也就是每次通过DNA复制过程创建新基因组副本时...
洪亮团队基于图扩散概率模型生成活性高、体积大、结构复杂蛋白质
低的模型训练和数据成本学习蛋白质序列、结构和功能之间的隐含映射规则,生成多样化的蛋白质序列,并以极高的成功率通过湿实验验证,最终在两款超长的多结构域复杂功能蛋白(KurthiamassiliensisAgo和PyrococcusfuriosusAgo,简称为KmAgo和PfAgo)得到超过10倍的DNA剪切活性提升,显著高于现有任何已发现的常温野生型蛋白活性...
这种“圣杯”蛋白质可以修复DNA,并可能产生癌症疫苗
科学家们发现了一种可以直接阻止DNA损伤的蛋白质(www.e993.com)2024年10月17日。更好的是,一项新的研究表明,它似乎是“即插即用”的,理论上可以插入任何生物体,使其成为一种有希望的癌症疫苗候选物。DNA损伤反应蛋白C(DdrC)是在一种名为“耐辐射奇球菌”的耐寒小细菌中发现的。DdrC似乎在检测DNA损伤、阻止它并提醒细胞开始修复过程方面非常...
1.8B参数,阿里云首个联合DNA、RNA、蛋白质的生物大模型,涵盖16.9W...
近期,阿里云飞天实验室发布并开源了业界首个联合DNA、RNA、蛋白质的生物大模型「LucaOne」。这是一种新型预训练基础模型,旨在综合学习遗传和蛋白质组语言,涵盖169,861个物种的数据。该模型不仅可以对核酸、蛋白质的内部特征进行挖掘,还可识别核酸与蛋白质之间的联系,可以帮助研究人员探索更多生物系统的内在逻辑与...
离谱吗?诺贝尔化学奖也颁给了计算机科学家?!
图:长相酷似橡皮筋的胶原蛋白还有,2020年获得诺贝尔奖的基因定点编辑技术CRISPR,就是利用了CAS9蛋白能够切断DNA的能力而发明的。那么CAS9蛋白长什么样呢?对了,它确实就像是一把剪刀。下图中橙色的蛋白质就是CAS9蛋白,而绿色的部分则是被CAS9蛋白切断的DNA分子。
不只是AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...
细胞通过将称为氨基酸的小分子串成长长的多肽链来制造蛋白质。选择哪种氨基酸取决于DNA提供的指令集。在生成后的瞬间,多肽链精确地弯曲、折叠成蛋白质的最终三维形状。一旦离开分子装配线,它就迅速开始执行其生物学功能。如果蛋白质不能极其高效地完成这一折叠过程,一系列灾难就会在人体内发生进。折叠错误或解开的...
生命演化偏爱单一手性:为何蛋白质几乎都是“左撇子”?
构成生命的重要物质具有“手性”特征,有趣的是,DNA和RNA只以右手性存在,而蛋白质是“左撇子”。为什么生命需要手性?关于生命手性的起源以及对生命分子对单一手性的偏爱,一直以来困扰着科学家。近期一项氨基酸合成实验,或许能为蛋白质偏爱左手性提供解释。