探索寡核苷酸杂质分离|Shim-pack Scepter Claris液相色谱柱
其中寡核苷酸发展迅猛,寡核苷酸是由20到60个碱基组成的单链或双链核酸片段。包括反义寡核苷酸(ASOs)、小干扰RNA(siRNA)、microRNA以及适配体。在生物化学、分子生物学和遗传学中有着广泛的应用。寡核苷酸由于细胞外稳定性低,溶剂被核酸酶解,同时难以进入细胞等因素的影响发展缓慢,近些年,由于核酸修饰(磷酸骨架,碱基...
Nat Commun|北京大学魏文胜团队报道非脱氨酶依赖的嘧啶碱基编辑器...
转自:生物谷DNA碱基编辑工具的进步为疾病治疗带来了巨大的希望,可修复由单核苷酸多态性(SNPs)1引起的单基因遗传疾病。目前,胞嘧啶碱基编辑器和腺嘌呤碱基编辑器主要依靠脱氨酶将胞嘧啶(C)或腺嘌呤(A)转化为尿嘧啶(U)或肌苷(I),脱氨后的U和I会分别被识别为胸腺嘧啶(T)和鸟嘌呤(G),从...
两个圈外人的前卫实验,引发了一场不凡俗的科学革命
分离出多核苷酸磷酸化酶意味着奥乔亚能够通过将这种酶与RNA的4种碱基一同温育来创造人工合成的RNA分子。要确定这些核苷酸的排列顺序是不可能的,但创造一条只由一种碱基构成的RNA分子——被称为多聚(A)、多聚(U)等——要相对简单一些。对多数人来说,用这种反自然的分子能做什么并不是显而易见的事情——任何细...
深入研究NAD+对细胞的作用机制,详述其功效与作用
碱基切除修复是一种重要的DNA修复途径,NAD+在其中发挥着关键作用。碱基切除修复过程中,特定的酶会识别并切除受损的碱基,然后在一系列酶的作用下,利用新的碱基进行修复。其中,多聚腺苷二磷酸核糖聚合酶家族成员需要NAD+作为底物,通过合成多聚腺苷二磷酸核糖来招募其他修复蛋白,促进DNA的修复。(二)维持基因组稳定性...
测序读长达25000碱基,准确性达99.9%之后,PacBio如何开启下一步破局?
在变异检测领域,HiFi测序能够检测从单核苷酸到结构变异等所有类型的变异,包括一些基因组中十分难以检测的区域,如串联重复和高度重复序列区域。在表观遗传学研究方面,HiFi测序能够在测序中直接获取碱基修饰信息(如甲基化)及传统的碱基识别数据,为研究人员在人类和其他生物的基因表达遗传性变化方面提供了新的可能性。
基于Transformer和注意力的可解释核苷酸语言模型,用于pegRNA优化...
定制的Transformer熟练地处理可变长度序列,并有效地表征核苷酸之间的空间相互依赖性以及目标DNA和pegRNA之间的互补碱基配对特征(www.e993.com)2024年9月25日。定制的注意力网络计算每个核苷酸的注意力权重,并随后基于这些权重整合相关信息。图1:OPED模型的框架。(来源:论文)研究证明了在不同编辑类型、编辑位置、内源性位点、实验室环境、...
RNA疗法的研究进展
5ASOs反义寡核苷酸(ASO)是一类18-30个碱基对的短单链RNA或DNA寡核苷酸,它们可以由细胞自然产生或人工合成,具有通过碱基互补靶向mRNA的能力。它们可以通过诱导mRNA降解或改变mRNA加工、阻断mRNA翻译、防止核糖体附着来发挥作用。目前,临床试验中有几种ASO正在测试,特别是靶向导致多种疾病的mRNA。Leber先天性黑矇(LCA...
AI可以改写人类基因组吗?首次由AI从头设计的基因编辑器成功编辑...
多种生成的核酸酶(绿色),包括OpenCRISPR-1(深绿色),具有与SpCas9(蓝色)相当或更高的在靶活性,但脱靶活性低得多。接下来,研究证明,当与脱氨酶配对时,OpenCRISPR-1和SpCas9在精确编辑靶标基因组中的单个碱基时具有相似的活性和特异性。此外,能够通过使用另一个经过Profluence训练的蛋白质语言模型生成...
cfDNA甲基化在器官和组织损伤检测中的强大力量
DNMT主要负责向DNA中的胞嘧啶残基添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,从而实现DNA甲基化。DNMT能够与DNA结合并识别靶DNA序列,通常是CpG。一旦DNMT与靶DNA序列结合,它们就会将甲基从SAM供体转移到DNA中的胞嘧啶碱基。该过程涉及形成共价键,将甲基添加到胞嘧啶碱基的第五个碳原子上,产生5-mC。DNMT1(DNA甲基转移酶-1)作为...
酶促DNA合成先驱即将推出复杂长DNA序列的快速酶合成服务
早在2018年,Ansa的创始人在NatureBiotechnology上首次描述了这种TdT-dNTP偶联物,其通过将单个脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP)分子束缚在不依赖模板的聚合酶TdT上制备的,TdT酶可以使用其一个束缚的dNTP将DNA分子延伸一个碱基。▲图|AnsaBiotechnologies开发的酶促DNA合成过程示意(来源:公司官网...