华南师范等优化CBE碱基编辑器,斑马鱼中实现建立人类疾病模型

碱基编辑技术可以将一个核苷酸化学转化为另一个核苷酸。常见的两种碱基编辑器:胞嘧啶碱基编辑器(CBE),将CG碱基对转化为TA;腺嘌呤碱基编辑器(ABE),将AT碱基对转化成GC对,已经广泛应用于植物和动物系统中。其中,胞嘧啶碱基编辑可用于在细胞和模型生物(如斑马鱼)中进行精确的单核苷酸改变,这对于研究人类疾...

博格隆(Bestchrom)丨寡核苷酸药物纯化策略

??磷酸基团(Phosphategroup):寡核苷酸所带静电荷取决于磷酸或修饰基团的数目、碱基的数目以及二级结构是否遮蔽带电基团。通常在变性条件(例pH12)打开氢键使结构展开并且碱基不带电(pH>pKa),以有效区分N-1杂质。??DMTon/off:DMT是一个强疏水性基团,与反相层析/疏水层析产生相互作用。因此可以用于带有DMT的...

开发芯片热控合成DNA技术,这家企业凭此融了5亿

其中,新添加的碱基将只与脱保护的寡核苷酸结合。此外,由于依次引入每个含有四种碱基(A、C、G、T)的试剂,利用热脱保护的时间在每个反应位点合成不同的序列。此后,合成的寡核苷酸将会被单独释放,从该反应位点传输到下一个反应位点。该寡核苷酸将在下一个反应位点被电场捕获,并与互补链完成组合,最终组装为特定长DNA...

新方法可索引和搜索拍碱基级核苷酸资源

研究人员通过创建八个数据库来说明Pebblescout的功能,这些数据库索引了超过3.7个拍碱基。Pebblescout的网络服务可通过httpspebblescout.ncbi.nlm.nih.gov访问。这些研究表明,对于各种查询长度,Pebblescout都能提供一种数据驱动的方法来查找大型核苷酸资源的相关子集,从而大大减少了下游分析的工作量。研究人员还表明,Pe...

Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

在单端测序中,每个cDNA片段的一个末端(3′或5′)用于产生测序reads,而双端测序中每个片段产生两个测序reads(一个3′和一个5′)。在需要测序尽可能多核苷酸的实验中,首选long-readpaired-end测序。在DGE分析中,用户只需要计算比对到转录本的reads数即可,故不需要对转录本片段的每个碱基都进行测序。例如,将“短...

从无药可医到多款疗法获批,DMD疗法的下一步走向何方?

目前,所有4款获批的寡核苷酸疗法均采用了PMO技术,PMOs是一类基于RNA天然框架设计的合成分子(www.e993.com)2024年11月12日。尽管PMOs含有与RNA相同的核酸碱基,它们却与六边型的吗啉环相连接,而不是与RNA中的五边型的核糖环相连。此外,这些吗啉环通过磷酰二胺键连接,而不是RNA中的磷酸二酯键。这种结构使PMOs能够与特定的mRNA前体序列结合,同时在...

融资总额近6亿、率先从头合成世界第一长的DNA寡核苷酸,这家企业凭...

合成的1005个碱基长度的DNA序列包含了用于开发基因治疗的AAV病毒载体关键部件,且包含复杂的强二级结构和高GC含量。其结构和序列特征对于使用传统化学合成方法合成短核苷酸再组装的方式极具挑战性。在此次合成的序列中,有28%的序列完全正确。这意味着,在合成过程中平均每步收率约为99.9%。

测序读长达25000碱基,准确性达99.9%之后,PacBio如何开启下一步破局?

目前,PacBio的HiFi测序读长最高可达25000个碱基,而短读长测序技术通常在500个碱基以内。在实现读长超长的基础上,HiFi测序还能使准确性达到99.9%。综合读长和准确性指标,使得HiFi测序能够在基因组学中极具技术挑战的领域大放异彩。同其它高通量测序类似,HiFi测序同样是边合成边测序,但HiFi测序无需进行PCR扩增,而是...

两个圈外人的前卫实验,引发了一场不凡俗的科学革命

多聚(AG)将包含等量的A和G,但序列未知。尼伦伯格的目标是将多聚核苷酸置于他的无细胞蛋白质合成体系中,并利用其产出物来解读遗传密码的本质,首先是要确定编码一个氨基酸所需的碱基数量:应该可以得到足够的信息来确定密码中的碱基数上限……如果需要全部4种碱基的话,那就不可能是三位密码了。

技术分享|疫苗佐剂之 CpG ODN:特性、研究进展与应用全解析

不同于ASO和siRNA等寡核苷酸药物通过碱基互补配对原理发挥作用,CpGODN通过与蛋白结合发挥作用(图5)。其中主要的作用力是疏水相互作用和氢键。图5:TLR9蛋白和CpGOND的计算机模拟3D结构图。CpGODN临床研究进展CpGODN已被广泛应用于多种疾病的研究和开发中。而且不仅仅用于人,对于动物的效果也非常明显。肿瘤免...