...哈佛/西奈山团队首次发现,产前发生的体细胞单核苷酸变异与精神...
初步分析结果显示,与对照组相比,精神分裂症患者体内活性TFBS中点附近(±1kb)的体细胞单核苷酸变异确实显著增加。▲确实增加了随后,Chess等人注意到,在精神分裂症患者存在两种特殊的碱基替换模式,而在对照组中则没有。一种是在启动子附近活性TFBS上,CpG位点出现了CpG>GpG替换富集的体细胞单核苷酸变异(2),与预期的...
博格隆(Bestchrom)丨寡核苷酸药物纯化策略
主要表现为单个或多个寡核苷酸的差异(N-x/N+x),保护基团的保留,例如DMT+、3'+产物,以及嘌呤的脱除等。这些基团或者序列的改变会导致杂质分子与目标产物之间存在性质上的差异。主要表现为:??磷酸基团(Phosphategroup):寡核苷酸所带静电荷取决于磷酸或修饰基团的数目、碱基的数目以及二级结构是否遮蔽带电基团。...
新方法可索引和搜索拍碱基级核苷酸资源
美国国立卫生研究院RichaAgarwala团队实现拍碱基级核苷酸资源的索引和搜索。2024年5月16日,《自然—方法学》杂志在线发表了这项成果。目前,对于大多数研究人员来说,搜索资源中大量且快速增长的核苷酸内容是不切实际的,例如序列读取档案(SequenceReadArchive)中的运行和GenBank中全基因组枪式测序项目的组装。研究...
技术分享|疫苗佐剂之 CpG ODN:特性、研究进展与应用全解析
CpGODN结合方式不同于ASO和siRNA等寡核苷酸药物通过碱基互补配对原理发挥作用,CpGODN通过与蛋白结合发挥作用(图5)。其中主要的作用力是疏水相互作用和氢键。图5:TLR9蛋白和CpGOND的计算机模拟3D结构图。CpGODN临床研究进展CpGODN已被广泛应用于多种疾病的研究和开发中。而且不仅仅用于人,对于动物的效果也...
合作Codexis,可合成400nt单链寡核苷酸,这家企业如何创新酶促DNA...
2020年6月,DNAScript推出了世界上首台采用酶促技术的台式DNA打印机——Syntax。据其介绍,该款DNA打印机可按需生产合成DNA的寡核苷酸,其合成寡核苷酸的速度很快,合成96个寡核苷酸仅需6—13个小时。2023年3月,AnsaBiotechnologies宣布成功从头合成1005个碱基的DNA序列。值得注意的是,这1005个碱基序列编码了用于基因...
测序读长达25000碱基,准确性达99.9%之后,PacBio如何开启下一步破局?
在变异检测领域,HiFi测序能够检测从单核苷酸到结构变异等所有类型的变异,包括一些基因组中十分难以检测的区域,如串联重复和高度重复序列区域(www.e993.com)2024年11月12日。在表观遗传学研究方面,HiFi测序能够在测序中直接获取碱基修饰信息(如甲基化)及传统的碱基识别数据,为研究人员在人类和其他生物的基因表达遗传性变化方面提供了新的可能性。
...Chem Biol | 李大力/王立人/曾凡一开发了高精准型的胞嘧啶碱基...
有两种主要类型的碱基编辑器:腺嘌呤碱基编辑器(ABEs)和胞嘧啶碱基编辑器(CBEs),它们分别诱导高效率的A-to-G和C-to-T转换。ABEs通常催化碱基转化,产物纯度非常高(>99.9%),而CBEs通过胞嘧啶脱胺作用产生尿嘧啶,从而刺激尿嘧啶DNA糖基化酶产生基位,激活细胞碱基切除修复途径,将胞嘧啶转化为胸腺嘧啶和其他核苷酸。
【飞诺美色谱】罕见遗传性疾病的救星——寡核苷酸药物
除mRNA药物外,其他几种核酸药物,基本上都是由100个以内的核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸单链或双链组成,所以也称为寡核苷酸药物。与mRNA药物编码产生目的蛋白不同的是,寡核苷酸药物主要是通过碱基互补配对原则与DNA、mRNA或者pre-mRNA配对,通过基因沉默、非编码RNA抑制、基因激活等一系列机制来调节基因表达。
Nature子刊:优化碱基编辑,治疗脊髓性肌萎缩症
SMN2基因的外显子7的第6位核苷酸的C-to-T转换(简称C6T)导致大多数SMN2的mRNA中由于选择性剪接而跳过外显子7,产生了无功能的SMN蛋白。因此,研究团队尝试使用碱基编辑技术直接编辑SMN2基因,来恢复SMN蛋白。早在2020年,BenjaminKleinstiver团队就在Science期刊发表论文,开发了一个SpCas9的变体——SpRY,它...
Nature|利用碱基编辑工具构建前所未有的人类T细胞免疫反应分子图谱
在一项具有历史意义的新研究中,来自美国格拉德斯通研究所的研究人员利用称为碱基编辑(baseediting)的下一代CRISPR工具研究了支配人类T细胞的详细分子结构,绘制出了错综复杂的免疫系统功能图谱。他们的研究成果可能有助于克服当前免疫疗法的局限性,并确定治疗包括自身免疫性疾病和癌症在内的多种疾病的新药物靶标。