重磅突破!AI 填补蛋白质设计一大空白,或揭秘癌症、痴呆症发

2024年,DavidBaker团队推出了RoseTTAFoldAll-Atom(RFAA)这一新型结构预测方法,它能精确描绘生物单元中所有原子的3D坐标,包括蛋白质、核酸、小分子、金属和化学修饰。除了在蛋白质结构预测领域的显著进展,人工智能(AI)也在蛋白质研究的其他多个方向持续发力,如预测蛋白质与其他生物分子的相互jazz.photoshop-c...

...杨茂君破译线粒体超大分子量多酶复合物的全景空间结构及组装机制

二者同属α-酮酸脱氢酶复合体家族(OADHcfamily)1,该家族成员主要由三个种类的酶单元多聚构成:(E1)α-酮酸脱氢酶家族蛋白;(E2)酰基转移酶家族蛋白;(E3)黄素蛋白;其分子量在4到10兆道尔顿(MDa)之间。长期研究表明,OADHc在线粒体内多条能量代谢通路上均发挥重要作用。其中,PDHc作为糖代谢过程中的门...

微软华人领衔AI??BMD登Nature,AI生物分子模拟双突破!继...

AI??2;BMD蛋白质单元数据集的生成过程涉及对蛋白质的基本结构单元——二肽——进行全面的构象采样。首先,生成了初始的20种二肽和1个Ace-Nme单元,并通过旋转关键化学键(称为二面角)来捕获不同的分子形态。每一种构型经过几何优化,确保结构合理后用于后续的从头算分子动力学(AIMD)模拟。在模拟中,研究人员采集...

东北农业大学李柏良教授、郭增旺副教授等:乳脂肪球膜的结构特性

含量略少于PAS6/7的BTN是免疫球蛋白家族的受体蛋白,泌乳时富集在细胞质膜顶端和MFGM,是乳腺中唯一的I型跨膜糖蛋白,胞外含有两个免疫球蛋白家族的结构域,为跨膜结构域和胞内结构域。在髓磷脂少突细胞糖蛋白中,这两个结构域在结构上类似于免疫球蛋白折叠,胞外结构域和大多数蛋白的羧基端都含有锌指结构域,独特的...

Cell | 揭秘纤毛内运输的奥秘:逆向纤毛内运输的分子结构新发现

货物结合位点:逆向和顺向IFT列车在货物结合位点的构象上存在显著差异。例如,顺向列车中特有的货物结合位点在逆向列车中被遮蔽,确保了货物的单向运输。通过交联质谱数据分析,研究人员识别出了689个残基间的相互作用,其中包括48个IFT复合物蛋白的交联。这些交联在逆向模型中显示为合理的距离,进一步验证了其结构模型。这种结...

Nature与Science同时出王炸!生命科学领域又一位“天才少年”诞生...

蛋白质的从头生成模型a)扩散模型b)RFdiffusion实现蛋白结构设计蛋白Binder生成蛋白骨架设计单体蛋白从头生成多聚体蛋白从头生成RoseTTAFoldAll-Atom大模型的介绍c)Chroma的基本构架与实现蛋白构象空间全空间采样d)ProteinGenerator蛋白质骨架与序列设计与rfdiffusion的异同e)蛋白设计案例实操第五天lecture...

生命演化偏爱单一手性:为何蛋白质几乎都是“左撇子”?

有意思的是,生命体对于这些有机分子基本单元的构型呈现出极致的选择偏向性。如:生命的遗传密码DNA和RNA都呈现右手性;而生命的重要组成“元件”——蛋白质,则大多呈现左手性(甘氨酸无手性),就是我们常说的“左撇子”(图3)。生命体表现出的这种同类型分子中某一种手性构型占大多数的情况,通常被称为“同...

武汉病毒所在版纳病毒结构组装研究方面取得新进展

解析VP1(RdRp),VP2(内衣壳蛋白)、VP4(穿膜蛋白)、VP8(外衣壳主要蛋白)、VP9(受体识别蛋白)、VP10(胶水蛋白)的原子分辨率结构(图1)。在所有结构蛋白中,VP10具有独特属性,与内衣壳、外衣壳和刺突分别发生直接相互作用而稳定整个病毒粒子。此外,病毒单个刺突为VP4与VP9组成的异源六聚体,与其他光滑型呼肠孤病毒...

AI又一突破!填补蛋白质设计一大空白,或揭秘癌症、痴呆症发病机制

2022年末,Meta公司推出了ESM-2和ESMFold,成为当时发布的最庞大、最复杂的蛋白质语言模型之一。2024年,DavidBaker团队推出了RoseTTAFoldAll-Atom(RFAA)这一新型结构预测方法,它能精确描绘生物单元中所有原子的3D坐标,包括蛋白质、核酸、小分子、金属和化学修饰。

生命科学学院周艳课题组在Cell Research上联合发文揭示病原菌鞭毛...

和顺时针旋转方向中的、完整的鞭毛马达-接头装置复合物的两个高分辨率冷冻电镜结构,清晰地揭示了CheY蛋白结合导致方向开关复合物的构象变化,提出了鞭毛马达定子单元的内膜重定位概念,从而阐明了细菌鞭毛马达旋转方向转换的分子机制,纠正了之前所有关于Cring的组装和结构的错误理解,人们展示了完整的细菌鞭毛马达的结构及...