约翰·霍普金斯大学Nature发文揭示全球多样化人群中基因表达变异...
为了更好理解遗传变异与生物表型联系起来的分子机制,研究团队将eQTL和sQTL与全基因组关联分析(GWAS)数据进行交叉分析,并从中鉴定了54个与eQTL和sQTL信号共定位的GWAS信号。QTL和GWAS之间的有限共定位主要源于形成遗传变异的不同选择压力。GWAS分析倾向于发生在纯化选择下的基因内,而分子QTL则在放松限制下最容易识别。
“青春痘”疫苗来了?!Nature:突破痤疮预防难关,可以从这个基因...
5.HylA残基Ser452突变为HylB甘氨酸改变HylA酶表型通过在HylA的几个残基上进行点突变,可以改变HylB的表型,进而影响透明质酸(HA)产物的大小。其中,HylAS452G突变导致了HylA酶的表型改变,表现出更快的酶速度和更大的产物。然而,最终产物的大小并不完全符合HylB的表型,而是由HA-4和HA-2的混合物组成,其中HA-4的比...
Nat. Genet. | 深度蛋白质语言模型在基因组范围内预测疾病变异效应
首先,如个别示例所示(图1d),位于结构域内的错义变异具有更负面(有害)的效应分数,而位于结构域外的变异类似于良性变异(图3d)。其次,ESM1b效应分数与等位基因频率很好地吻合,常见变异被预测为较不具有破坏性(图3e),这与常见变异通常被认为是良性的一致。ESM1b可以预测变异对蛋白质异构体的影响图4作为一个蛋...
旧分组的新视角:甲酸草酸杆菌的基因组和表型变异性及其对草酸钙...
数据显示为预测的结合亲和力中位数(千卡/摩尔),并通过单因子方差分析进行分析。在箱形图中,圆圈表示数据点,框表示第一和第三个四分位数值,黑线表示中位数,晶须包含最大值和最小值。ns,不重要。讨论这项研究提高了我们对先前公认的O.formigenes亚群之间遗传差异的理解。通过对多种草酸杆菌菌株的全基因组进行...
Nature2018年技术展望:促进癌症疫苗的应用,连接基因型和表型……
复杂的蛋白质将具有高度的共变——即丰度同时增加或减少。但如果复合体由于突变或结构变化而受到干扰,失去亚基,那么亚基的协方差(co-variance)就会有差异。这是鉴定在癌症中受到干扰的蛋白质复合物的一种方法。然后我们可以使用低温电子显微镜单粒子分析(cryo-electronmicroscopysingle-particleanalysis)或低温电子...
科研丨RESP RES: 肠道菌群调节博莱霉素诱导的小鼠急性肺损伤反应|...
对常规化的ex-GF小鼠气管内注射1.0U/kg博莱霉素,每天监测存活率和体重减轻情况(www.e993.com)2024年9月7日。B,常规化ex-GF小鼠在博莱霉素处理后的存活率和体重减轻(C)。P值分别从对数秩检验和双因素方差分析中获得,表示为P<0.05(*)、P<0.01(**)、P<0.001(***)。
Nature子刊:将大脑结构的个体间差异与行为联系起来
5.3协方差,混淆和明智的科学解释当试图理解大脑结构和行为表型是如何相关时,明确定义混淆和中介变量是很重要的。作为混淆变量或中介变量的标记应依赖于应仔细制定或评估的先验假设。6结论在过去的二十年里,大量的BSB相关文献已经产生,为差异心理学和认知神经科学理论提供了额外的经验背景。然而,这一经验支柱...
你的预测,如何影响你的时间感知?| Paper Alert
3.方差补偿(variancecompensation):在这里,研究人员利用瑟斯顿尺度(Thurstonescale),从上述变换后的数据中解码出了被试基于编码不定性而做出的主观概率估计。该研究的重要性在于,现存模型一般只能解释人们的在某些特定任务决策中出现的概率失真,但BLO模型给出了概率失真背后的一般机制。
张和平团队突破:用人工智能快速筛选益生菌
本研究综述了分析稀疏和相关菌群数据的统计方法,并扩展了零膨胀负二项式(ZINB)模型以对零膨胀和多级菌群计数数据进行关联分析;作者提出了一种用于模型拟合和推理的变分近似(VA)算法MZINBVA,它提供了参数估计协方差的稳健评估,并为关联测试构建了Wald型检验统计量;作者证明了VA是惩罚准似然(PQL)算法...
作者解读丨内蒙古农大张和平教授团队: 母乳源益生菌Probio-M8可...
然而,观察到大多数突变体分离株在这些底物中生长时表现出更强的信号,这意味着它们分解和利用底物的能力增强,而这些底物通常不被没有glcU基因突变的分离株优先使用。在这12种碳源中生长时,突变体分离株的总体AUC比M8菌粉相关分离株的AUC大(P<0.05,方差分析;图5C),表明相对于非突变体来说,这些底物增强了突变体...