Nat Methods丨scNanoSeq-CUT&Tag技术:可精准检测单细胞基因组复杂...

由于二代测序的读段较短(通常为单端150bp,双端300bp),对于检测基因组复杂区域的染色质修饰等表观基因组信息存在明显的局限性,尤其是基因组中的重复序列区域(在人类基因组中占52%,约1.56Gb;在小鼠基因组中占45%,约1.2Gb)、“黑名单”区域(在人类基因组中占3.0%,约91Mb(不包括着丝粒区域和rDNA区域)...

2024年诺贝尔科学奖中的未来产业场景①|微RNA揭示一种全新基因...

而产生不同组织和蛋白质的根源在于基因调控,它允许每个细胞只选择相关指令,从而确保每种细胞类型中只有正确的基因组活跃。既往人们认为,RNA有两类,一种参与编码蛋白质,即指导合成蛋白质的信使RNA,另一种是不能编码蛋白质的RNA,称为非编码RNA,而微RNA是非编码RNA中的一种。它的长度很短,仅有21-23个核苷酸,故称...

CRISPR干预的CHO细胞系开发方法

表S1描述了不同CRISPR-Cas系统的详细属性,包括它们的功能、特征蛋白、效应物、邻近原间隔基序(PAM)序列、作用机制和切割产物。在I型系统中,当存在PAM序列时,Cas3核酸酶由crRNA引导至目标序列,并通过切割非互补链产生单链断裂(SSB)。在II型系统中,设计为CRISPR-Cas9基因组编辑工具,使用富G的PAM序列,sgRNA引导的Ca...

浙江大学良渚实验室沈宁/刘志红课题组开发SpliceTransformer模型...

人类约90%以上的基因存在可变剪接,不同组织与细胞类型中可变剪接的多元性促进了细胞表型的多样性。同时,引起RNA可变剪接的变异也与人类多种遗传疾病相关。值得注意的是,RNA可变剪接具有组织特异性,相同的pre-mRNA序列能以组织特异性的形式发生可变剪接,从而产生多样性的转录组和蛋白质组表达。然而,现有算法无法预测组...

...探秘系列2--免费序列优化,提升载体构建成功率 解锁高效基因表达

这种偏好与每个生物体内特定tRNA的丰度相关。基因表达水平与密码子偏好性之间存在强相关性,同一氨基酸在不同宿主中,其对应的密码子会表现出不同程度的偏好[1]。因此,直接使用未优化的基因序列可能导致外源基因在宿主,特别是异源宿主中的表达效率低下。密码子优化(codonoptimization)是在不改变基因编码蛋白质的前提下...

疫苗前沿 | mRNA 癌症疫苗的最新进展

表2.不同代的mRNA帽类似物mRNA的5'非翻译区(UTR),对基因表达调控至关重要,可以优化以提高翻译效率(www.e993.com)2024年11月12日。例如,调整AUG密码子位置或纳入非结构化序列可以提高翻译效率。较短的5'UTR,大约17个核苷酸,也有助于减少变异性和翻译问题。与5'UTR类似,3'UTR也包含几个调控元件,在调节mRNA稳定性、亚细胞定位和翻译...

Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

建库之后,每个分子与固定在纳米孔底部的聚合酶结合。然后是边合成边测序,测序长度可以高达50kb。TheOxfordNanoporeworkflow(右):建库后,将单个分子加载到流动槽中,在接头连接过程中加上的分子马达会与生物纳米孔结合。马达蛋白控制RNA链穿过生物纳米孔,引起电流变化,从而推测出经过的碱基序列,生成的测序reads大...

...Patrick Hsu连发2篇Nature,推出基于“桥RNA”的全新基因编辑技术

这个RNA桥含有一个指定供体DNA序列的区域以及另一个指定基因组插入位点的区域。这两个区域都能通过独立重编程识别并结合不同的DNA序列或插入位点,并对不同类型的DNA重排使用一种通用机制。这个桥RNA比使用常规重组酶的现有基因编辑技术更易修饰,现有基因编辑技术需利用更复杂的蛋白质-DNA结合位点。

重大突破!人类基因簇新序列被发现

研究人员表示，一般来说，单个人类蛋白质由单一基因编码，密切相关的蛋白质可能由位于不同染色体位置的不同基因编码。然而，就ELOA3而言，位于同一基因位点的多个基因编码相同的蛋白质这一特征，使其成为一个有趣的研究对象。进一步研究发现，ELOA3基因簇是人类和非人灵长类动物独有的，ELOA3基因重复数因个体和灵长类...

基因检测在疾病确诊、家系遗传模式分析与再生育计划中的重要作用

意义不明的变异(VUS)：根据将变异分为5种不同的类别：致病性、可能致病性、致病性变异意义不明，可能是良性且良性的。如果不满足将其分类为其他类别的标准，或者良性和致病性的标准相互矛盾，则将变体称为VUS。通常需要分离分析来帮助确认所识别的变异是否与患者的表型有关5、基因检测的潜在伦理问题儿童的症状前...