AI精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?颜宁等人点评

2020年12月1日,谷歌旗下的DeepMind公司宣布,其新一代AlphaFold人工智能系统在国际蛋白质结构预测竞赛(CASP)上击败了其余的参会选手,精确预测了蛋白质的三维结构,准确性可与冷冻电子显微镜(cryo-EM)、核磁共振或X射线晶体学等实验技术相媲美。这一消息引发了全球媒体关注,前Genentech首席执行官ArthurD.Levinson博士...

中国科大解析Lon蛋白酶的完整三维结构并揭示其底物识别与转移的...

LonAAA+蛋白酶(LonA)是一种在原核生物和真核生物细胞器中保守的ATP依赖性蛋白酶。LonA组装为同源六聚体,每个单体都包含一个N端结构域、一个中间ATP酶结构域和一个C端蛋白酶结构域。LonA通过降解受损或错误折叠的异常蛋白质在细胞蛋白质稳态中发挥重要作用,从而防止这些不需要的蛋白质种类形成有毒聚集体。LonA还...

Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...

为了进行比较,我们在参考基因组中至少有100个成员的蛋白质簇的相应集合中发现了92,909个蛋白质簇。通过直接比较两个聚类集(参考与ED蛋白质聚类集),我们发现ED蛋白质聚类集中至少有3个成员的聚类集增加了14倍以上,至少有25个成员的聚类集增加了3倍以上,至少有50和75个成员的聚类集...

AI+Science新视野:用物理信息引导AlphaFold 2预测蛋白质动力学

美国国家科学院院士、莱斯大学的PeterG.Wolynes教授(本文的合作者之一)及其同事在20世纪80年代提出的蛋白质能量面理论,为预测蛋白质结构与动力学提供了基本的物理学原理:蛋白质折叠可以被看作是在漏斗状的能量面内下降至能量最低点的过程,而这个最低点对应蛋白质最稳定的天然结构。Wolynes等人还提出了蛋白质折叠...

恭喜张老师|张贵军课题组:蛋白质结构预测的最新进展与挑战

2023年12月18日,张贵军课题组在JournalofChemicalInformationandModeling发表针对蛋白质结构预测的综述RecentAdvancesandChallengesinProteinStructurePrediction,主要讨论了在AlphaFold2出现后的一些主流方法。1背景介绍截至2023年6月,已有超过2.4亿个氨基酸序列被存入UniProt数据库,而只有大约20万个实验确定...

专访姚建华、杨帆:腾讯 AI Lab 为何瞄准单细胞蛋白质组学

特别是以SCOPE-MS(Single-CellProteomicsbyMassSpectrometry)、nanoPOTS(nanodropletprocessinginonepotfortracesamples)为代表的基于质谱的蛋白质测序技术,能够检测到单细胞中数千种蛋白质的存在(www.e993.com)2024年11月3日。这比以往基于抗体的单细胞蛋白质组测序技术有了显著的提升。

诺贝尔化学奖也花落AI领域!刚刚,AlphaFold开发者等人获奖 | 深度...

我们身体的几乎所有功能,例如收缩肌肉、感知光线或将食物转化成能量等,都需要一种或多种蛋白质来完成。而蛋白质具体能做什么就要取决于它独特的3D结构了。然而,纯粹基于其基因序列推测蛋白质的3D结构是一项非常具有挑战性的复杂任务。这是因为我们的DNA通常只包含蛋白质中氨基酸残基的序列信息,而这些氨基酸残基形成的...

疫苗前沿 | 基于IVT mRNA的HIV疫苗研究进展

4.1可溶性HIV-1Env包括gp120V1/V2支架蛋白、gp120亚基、gp140胞外域和SOSIPHIV-1Env三聚体以亚稳态构象锚定在HIV-1病毒粒子的膜中,该构象受不同Env元件(包括跨膜(TM)结构域)控制。因此,可溶性天然Env胞外结构域在重组表达时无法结合到稳定的三聚体中,故许多研究使用不同形式的可溶性Env:固定在支架...

由lncRNA NEAT1结构域指定的外壳蛋白组成决定旁斑形成

研究人员发现了NEAT1基因缺失突变体,这些突变体能组装出并入核斑的旁斑。包括SFPQ、HNRNPF和BRG1在内的几种旁斑蛋白阻止了这种结合,从而促进了旁斑与核斑的分离。这些蛋白质在旁斑中的壳定位由NEAT1_2长非编码RNA结构域决定,是这一分离过程所需的。相反,与U2相关的剪接体蛋白参与了将旁斑内化为核斑的过程。

2024重组胶原蛋白行业白皮书:从美业革新先锋到精准医疗动力源

美琉生物基于自研AIGC合成生物学模型,以胶原蛋白N端结构域表面电荷为主要参数,通过机器学习策略,优化了分泌信号肽和胶原蛋白的密码子,显著提升了细胞的合成效率。借此,重组胶原蛋白在毕赤酵母中的产量提高了4至9倍,并在保持高产量的同时,按药典标准将产品含量纯度提升至99%以上。美琉生物始终强调通过足量添加胶原...