2024年诺贝尔化学奖:蛋白质设计与结构预测革新生物学范式
而AlphaFold2能够直接从蛋白质的氨基酸序列中预测蛋白质的3D结构,并且达到原子级精度,被认为解决了困扰人类50年历史的蛋白质折叠挑战,迅速推进了人类对基本生物过程的理解,并促进药物设计。2018年,DeepMind官宣了旗下AlphaFold。初亮相时,它在第13届“蛋白质结构预测奥运会”CASP比赛中,成功预测了43种蛋白质中2...
...颁给AI?万字专题详解:计算和人工智能颠覆我们对蛋白质的理解方式
它的新版本AlphaFold3在2024年5月上线,引领生物学预测技术进入下一阶段:构建蛋白质与其他分子(诸如DNA或者RNA)结合的复合体结构。“这是迄今为止最宏大的‘机器学习驱动科学’的故事。”库雷希说道。不过,AI无法填补的鸿沟仍然大量存在。这类工具无法模拟蛋白质随着时间推移而发生的变化,或者说无法构建处于自身生存环境...
Cell | TEX264驱动的选择性自噬促进DNA修复和细胞存活
近日,来自英国牛津大学拉德克利夫医院的KristijanRamadan研究团队在Cell杂志上发表题为TEX264drivesselectiveautophagyofDNAlesionstopromoteDNArepairandcellsurvival的研究论文,该研究发现了TEX264介导的核吞噬作用在维持基因组稳定性和细胞存活中发挥关键作用。首先通过免疫共沉淀和蛋白质组学分析,研究人...
生物科技一大步?微小RNA让细胞能按DNA的“说明书”操作
我们知道脱氧核糖核酸(DNA)中保存着人类的全部遗传信息,这些信息堪称我们体内所有细胞的“工作说明书”。每个细胞都含有相同的染色体,因此拿根头发也能测DNA。而联系DNA和蛋白质之间的桥梁是RNA(核糖核酸)。RNA的种类繁多功能多样,它们有细胞里的信使(信使RNA)、运输工具(转运RNA)和车床(核糖体RNA)。但细胞们为什么...
为什么AI工程师预测蛋白质结构能获诺贝尔化学奖?
有人惊呼,AI工程师们正跨界“攻城略地”,进入科研领域。也有人评论:AIforScience,这才刚刚开始。与其说,2024年诺贝尔化学奖颁给了AI工程师或人工智能,不如说是颁给了蛋白质的三维结构。这是DNA遗传密码之外的另一种生命密码。没有蛋白质,生命就无法存在。作为化学工具,蛋白质惊人的多功能性反映在生命的...
...AlphaFold3来了!超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子...
AlphaFold3提高了蛋白-蛋白相互作用结构的准确性,为设计新的治疗模式(如抗体或其他治疗性蛋白质)打开了可能性(www.e993.com)2024年10月16日。通过观察目标蛋白在完整生物环境中(与其他蛋白质、DNA、RNA或配体的结合)的结构,可以更深入地了解新靶点,有助于开发更有效的临床药物。科学界可以免费使用...
他们用人工智能“破译了蛋白质的密码”
北京时间10月9日下午,瑞典皇家科学院宣布,将授予三位科学家诺贝尔化学奖,其中一半授予美国科学家戴维·贝克(DavidBaker),以表彰其在“计算蛋白质设计”方面的贡献;另一半授予就职于英国人工智能公司谷歌DeepMind的两位科学家德米斯·哈萨比斯(DemisHassabis)和约翰·江珀(JohnM.Jumper),以表彰其“对蛋白质结构预测...
诺贝尔化学奖也颁给了AI,谷歌DeepMind科学家因揭秘蛋白质结构获奖
今年5月,谷歌DeepMind还推出了最新版本的AlphaFold3。该模型不仅能预测蛋白质结构,还能够高精度地预测所有生命分子的结构和相互作用,包括DNA、RNA等。谷歌DeepMind当时表示,AlphaFold3超越蛋白质进入了更广泛的生物分子领域,这一飞跃可以开启更多变革性科学,从开发生物可再生材料到加速药物设计等等。
沃信图文科普:紫外交联仪可用于修复DNA分子中的单链断裂
紫外交联仪可用于修复DNA分子中的单链断裂,将两个单链DNA修复为一个连续的双链DNA分子。此外,它还可以用于交联DNA和蛋白质,从而研究DNA与蛋白质相互作用的机制。DNA交联免疫沉淀(ChIP)紫外交联仪在DNA交联免疫沉淀实验中发挥重要作用,通过交联DNA与蛋白质的方法,可以使得蛋白质特异性结合的DNA片段在后续的免疫沉淀...
Nat Chem:陈加余团队系统揭示三链体DNA互作蛋白调控机制与功能...
作者通过一系列体外和体内实验证实了photoBQQ探针对三链体DNA的特异性识别能力及其对三链体DNA调控蛋白的临近标记活性。利用该探针,作者在HeLa和A549细胞系中开展了化学蛋白质组学研究,特异性捕获并通过定量质谱成功鉴定了78个高置信度的三链体DNA互作蛋白,为理解三链体DNA的动态调控机制奠定了坚实基础。