AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光
至此,一幅全新的生物经济画卷在人们眼前逐渐展开:利用AI去设计蛋白质(而不是在自然界中挑选蛋白质)、生产契合人类需求的蛋白质产品,如药物、食品、调味品、新材料、营养保健品、化妆品等,进而推动现有以高污染、高耗能的化工原料为基础的社会生产生活重心,向着新型的、绿色环保的、可持续发展的生物基社会转变,成为当...
IF: 50.5! NanoTemper 解密 Nature 顶刊蛋白质与核酸互作发文思路
对于分子互作亲和力的检测,Monolith系列仪器不依赖于分子量变化,蛋白用量少,是一种在溶液状态下表征分子互作的技术。对于蛋白可能需要形成多聚体,在溶液环境下,更能有效的体现蛋白与蛋白互作的真实情况。当蛋白质形成复合物后,进一步的功能探究,如蛋白复合物与核酸的相互作用,通过Monolith系列仪器进行的实验设计更为简便...
Science最新封面 | 用突破性技术建模蛋白复合物
2024年4月19日《Science》最新期刊,封面是研究人员开发深度学习方法(RFAA)预测出的蛋白质复合结构,显示了氨基酸和短肽的背景云,它们聚集在一起,形成了目标配体血红素(橙色)周围的中央蓝色蛋白质。(图1)蛋白质的生化功能大多基于与体内其他物质形成复合物或者相互作用,很少能单独起作用。近年来,机器学习的进步使蛋白...
科学家研发新型核酸检测系统,无需依赖昂贵蛋白质酶,单次材料成本...
受自然酶和核酸酶的启发,通过实施异构模块(如aptamer、toehold)来设计异构的DNAzyme生物传感器,可以通过小分子、蛋白质、核酸或细菌等,调节因子介导其催化活性。传统的异构DNAzyme生物传感器通常被设计成多组分分子复合体,通过具有toehold的抑制链,来抑制并释放DNAzyme。以及通过在靶结合后分裂并恢复催化...
第三代天然鲜味配料,什么是酵母抽提物?
酵母抽提物酵母抽提物是一种纯天然的制品,根据中华药典的规定,它采用丰富蛋白质的食用酵母为原料,通过现代生物高新技术,如自溶、酶解、分离和浓缩等工艺,将酵母细胞内的蛋白质、核酸等成分进行降解和精制而成。它呈现出棕黄色的可溶性膏状或浅黄色的粉状,具有丰富的营养价值。
转染方法怎么选?“物、化、生”策略各擅胜场(文末互动有福利)
通过化学物质介导的转染基本都遵循相同的原理,即带正电荷的化学物质与带负电的核酸先形成核酸-化学物质复合物,随后该复合物与带负电荷的膜组分接触,通过内吞作用将外源基因释放到细胞质中(www.e993.com)2024年10月8日。1965年,Vaheri和Pagano开发了第一种非病毒转染的方法——DEAE-葡聚糖法,随后几年,Graham和vanderEb开发另一种延用至今的...
Nature|Alphafold 3.0:AI 蛋白质预测器的升级
图示为7R6R-DNA结合蛋白:AlphaFold3预测的分子复合物中具有与DNA双螺旋(粉红色)结合的蛋白质(蓝色),与通过艰苦实验发现的真实分子结构(灰色)近乎完美匹配。(图5)共价修饰(结合配体、糖基化、修饰的蛋白残基和202个核酸碱基)也可以通过AF3准确预测,包括对任何聚合物残基(蛋白质、RNA或DNA)的修饰。其...
AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构? | 返朴
AlphaFold3不仅仅能够预测蛋白质的三维结构,也能预测更广泛的生物分子复合物的结构(包括蛋白质、核酸、配体等),以及生物分子之间的相互作用。有趣的是,尽管AlphaFold3对于预测精度和广度都有提升,它自身的模型架构相比AlphaFold2却更加简化而且通用了。AlphaFold2虽然使用了Transformer这种通用的模型,但同时它也加入...
“阿尔法折叠3”来了,极大提升对蛋白质-分子结构的预测能力
阿尔法折叠3能预测蛋白质与其他蛋白质、核酸、小分子、离子、修饰蛋白质残基的复合物,以及抗体-抗原相互作用。预测准确性显著超过当前预测工具,包括阿尔法折叠-多聚体。研发团队认识到这一新方法还存在一些局限性,比如约4.4%的结构会出现不正确的手性(一种对称特性),或是幻觉导致“飘带”(一种常见的蛋白质二级结构...
2023年David Baker团队连发5篇Nature和Science论文,开启AI蛋白质...
通过神经网络模型和自然语言处理技术的结合,可以设计出具有特定功能和稳定性的蛋白质序列,例如酶活性、药物靶点等。蛋白质-蛋白质相互作用预测:深度学习模型可以预测蛋白质和蛋白质之间的相互作用,从而帮助设计新的蛋白质复合物和抗体。蛋白质功能注释和预测:深度学习可以进行蛋白质功能注释和预测,识别蛋白质的功能...