...3来了!超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用
这种用计算机解析蛋白质与其他分子复杂相互作用的能力,有助于为疾病通路、基因组学、治疗靶点、蛋白质工程及合成生物学等领域带来新见解。更重要的是,AlphaFold3为药物研发开辟了令人兴奋的可能性,有望颠覆当前的药物研发模式。研究团队希望AlphaFold3能够帮助我们重新认识生物世界、重新思考药物发现。值得一提的是,科研...
...商业大学辛嘉英教授等:酚酸与蛋白质和碳水化合物相互作用及对...
酚酸可以与蛋白质通过共价或非共价的方式相互作用,改变蛋白质的结构,从而改善其起泡性和乳化性等加工特性,同时也能够改善其营养功能,如增强蛋白质的抗氧化能力,改善花生蛋白的致敏性等。在面包面团的制作过程中,酚酸、蛋白质和碳水化合物之间的相互作用影响了面包面团的产品质量。哈尔滨商业大学食品科学与工程重点实验室...
深度学习解决计算量子化学基本问题,探索物质与光如何相互作用
激发态对理解物质如何与光相互作用至关重要。吸收和释放的能量精确值为不同的分子和材料创造了独特的“指纹”,这会影响从太阳能电池板和LED到半导体、光催化剂等各种技术的性能。它们还在涉及光的生物过程(如光合作用和视觉)中发挥关键作用。精确计算激发态的能量比计算基态能量要困难得多。即使是基态化学中的黄...
AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光
而蛋白质世界具有的巨大复杂性,意味着蛋白质结构预测还有很大的探索空间,例如蛋白质与其他分子的相互作用、单点突变对蛋白质结构和功能的影响、孤儿蛋白质结构预测、蛋白质侧链预测等。
Nature:蛋白质测序技术突破:PASTOR单分子水平精准解读蛋白质突变...
蛋白质的多样性在生物学过程中发挥着至关重要的作用,尤其在疾病状态的识别和治疗开发中具有关键意义。然而,现有的技术在完整蛋白质的测序方面面临着诸多挑战,例如检测灵敏度、动态范围、分析通量以及设备成本等问题。为了解决这些问题,研究者们提出了基于纳米孔(nanopore)技术的新型蛋白质分析平台(9月11日Nature“Multi...
打破AlphaFold大模型局限,世界最大蛋白质相互作用数据集AlphaSeq...
这个任务之所以如此复杂,主要源于PPI的复杂性(www.e993.com)2024年10月17日。即使规定了蛋白质间作用力的空间,可能的结构数量也会随氨基酸数量呈指数级增长。其中,分子构象的灵活性会导致不可预测的结合模式,并且潜在的相互作用表面的组合数量也会爆炸。如果有足够的训练数据,模型也许能逐渐增强预测能力,应对问题的复杂性。
AI+Science新视野:用物理信息引导AlphaFold 2预测蛋白质动力学
如果蛋白质序列中两个位点的残基倾向于协同突变,则这两个位点通常在空间上也非常接近且存在相互作用:这也是被充分验证的生物物理知识。AF2利用大量的与待预测序列相似的序列(即所谓“同源序列”),对这些序列进行多序列比对(MultipleSequenceAlignment,以下简称为MSA),基于MSA空间中所蕴藏的共进化信息,得出蛋白质内部...
FSHW | 花生过敏相关化学物质、蛋白质和途径的数据驱动分析:从...
根据数据,这些受体只与九种脂肪酸组成的基团相互作用。五种脂肪酸也与酪氨酸蛋白磷酸酶非受体1型相互作用。本分析还揭示了另一种感兴趣的蛋白质-醛酮还原酶家族1成员B1,因为它与五种不同的花生成分相互作用,主要是芳香酸。这些从网络中识别的簇表明,特别是PPAR和某些脂肪酸的关联可能会为花生过敏相关的机制提供更...
...Methods | 突破传统方法:DeepPBS模型助力蛋白质-DNA相互作用研究
DeepPBS可以应用于实验或预测结构,提取残基的可解释蛋白质原子重要性评分,并通过突变实验验证这些评分。转录因子在各种调控功能中起着关键作用,因此,了解蛋白质如何靶向特定DNA序列的机制至关重要。研究发现,结合机制包括精确的静电相互作用、脱氧核糖-苯丙氨酸堆叠、鸟嘌呤和精氨酸在大沟中的双齿氢键等。蛋白质-DNA...
Nature Methods | 解码RNA与蛋白质相互作用的新视角:TREX技术的突破
NORADlncRNA:利用TREX技术,研究人员揭示了NORADlncRNA与其结合蛋白之间的复杂互作网络,这对于探究NORAD在维持基因组稳定性中的功能具有重要意义。TREX技术揭示的RNA与蛋白质的相互作用45SrRNA的区域性互作组织图谱TREX技术在揭示45SrRNA与RNA结合蛋白(RBPs)之间相互作用的研究中,展现出了前所未有的精确度和深...