科学家利用“数据+知识+AI”实现新靶标药物虚拟筛选

该团队利用等变图神经网络来整合蛋白质-配体相互作用相关的物理先验知识,并使用多种数据增强、数据去冗余策略来避免模型过拟合潜在的数据分布偏差,构建了通用蛋白质-配体相互作用评分方法——EquiScore。在药物虚拟筛选场景和先导化合物优化场景中,EquiScore对训练未见的新靶标表现出良好的泛化性能。此外,EquiScore的可解...

【Nature Reviews】二级药理学的最新进展、及新药安全性影响综述

对当前进行的检测中的靶标覆盖率进行更深入的检查有助于阐明靶标选择背后的基本原理、新靶标和靶标类别的出现以及其中的潜在差距。图1显示了靶标的蛋白质类别,说明二级药理学筛选的覆盖范围和多样性。a,Bowes等人建议的由44个靶标组成的体外二级药理学组的靶标组成,及调查的公司的研究阶段实施情况。b,与FDA...

...中国科学院上海药物研究所共同推出D3CARP靶标预测及虚拟筛选项目

谱尼生物医药联合中国科学院上海药物研究所共同推出D3CARP靶标预测及虚拟筛选项目。药物筛选中人工智能技术的引入,可提高整个药物研发流程的运行效率,协助药企开发更高质量的药物,进一步增强药企的产业竞争优势。谢谢!投资者:公司2023年一年刚刚盈利1.078亿,而2024年一季度就直接亏损掉了9000多万,具体原因是什么呢?公司到...

药物-靶标亲和力预测,上科大团队开发了一种Transformer编码器和...

上海科技大学的研究团队提出了一种新的基于注意力的模型,称为TEFDTA(TransformerEncoderandFingerprintcombinedPredictionmethodforDrug-TargetAffinity),来预测键合和非键合药物-靶标相互作用的结合亲和力。为了处理如此复杂的问题,研究人员分别对蛋白质和药物分子使用了不同的表示。具体来说,通过使用非键合蛋白...

...Communications》发表零样本药物靶标相互作用预测研究成果

近日,上海交通大学电子信息与电气工程学院自动化系潘小勇副教授团队在《NatureCommunication》(自然-通讯)上以“ZeroBind:Aprotein-specificzero-shotpredictorwithsubgraphmatchingfordrug-targetinteractions”(基于子图匹配的蛋白特异性零样本药物靶标相互作用预测器)为题发表了最新的研究成果。该研究针对药物...

上科大团队带来“双子座”模型,AI筛选药物如何实现“集百家之长”?

本届大赛聚焦药物筛选AI算法，以NMDA（n-methyl-d-aspartate，n-甲基-d-天冬氨酸）受体为靶标的药物虚拟筛选为赛题场景(www.e993.com)2024年11月19日。“由于机制的复杂性，离子通道一直被认为是药物发现中颇具挑战的一类靶标。我们团队此前在离子通道方面的药物研发上并没有什么经验，”白芳总结道，“不过在这次比赛中，我们的方法在这一极具...

【文献解读】Cas12a结构和功能新机制|em|活性|位点|构象|结构域|...

二、Cas12a使用一个5bp的R-loop种子区进行靶标识别活动与其他RNA引导的效应物一样,Cas12a依赖于R-loop内的种子区来促进有效的靶标识别和区分错配序列。在该研究中,接触5bp种子区的Cas12a的第一个结构显示,置位NTS的前三个核苷酸被PAM相互作用(PI)结构域捕获,REC1结构域向外移动以适应A型异源双链体的形...

Nature Methods | 革命性的CRISPR-CasRx筛选平台:开启癌症基因组...

多路复用gRNA设计:每个靶标lncRNA均设计多对gRNA,以增强编辑效率并降低假阴性结果的风险。这种多路复用设计不仅提高了筛选的覆盖率,也增加了结果的可靠性。跨癌症类型的应用广泛性:Albarossa库在设计时充分考虑了不同癌症类型中lncRNA表达的异质性,确保了其在全癌症范围内的广泛适用性。

【报告推荐】第二届分子互作网络会议之BLI技术篇

使用分子互作技术建立了靶标垂钓、中药活性成分发现、药物筛选与验证、竞争抑制研究、分子相互作用的亲和力检测等一系列新方法新体系。主持国家自然科学基金青年项目、国家自然科学基金面上项目和宁波市重点研发计划暨“揭榜挂帅”项目等。近年来以第一作者/通讯作者在Natmun.,Adv.Mater.,J.Am.Chem.Soc....

贵州大学绿色农药全国重点实验室在病毒病防控又有新发现

图6.潜在的靶标位点的验证与功能分析总结研究团队通过NHC催化[3+4]七元氮杂环化合物的不对称合成,实现了手性苯并咪唑并二氮杂卓类化合物的高效合成。以PVY为研究对象,通过半叶枯斑法从75个目标化合物中筛选出最佳抗PVY活性的苯并咪唑并二氮杂卓衍生物-3j(S),化合物-3j(S)抗PVY的治疗、保护和钝化活...