一谱识菌: MALDI-TOF MS 在病原微生物临床应用的专家共识

常见的易混淆结果是复合群内的不同种,如阴沟肠杆菌复合群,包括阴沟肠杆菌、阿氏肠杆菌、霍氏肠杆菌、神户肠杆菌等,也有可能是属内多个近缘菌种,如李斯特菌属里的单核细胞增生李斯特菌、无害李斯特菌、斯氏李斯特菌、威氏李斯特菌等,甚至可能是不同属的菌株混淆,如大肠埃希菌与志贺菌属。建议关注制造商的易混提示/低...

Cell|食物中的小分子化合物如何影响肠菌、塑造肠道微生物组

其将化合物或DSMO(作为对照组)加入到四个不同的微生物群落(三个不同人的肠道微生物群落,一个由38个常见肠菌组成的人工定义群落)后进行厌氧培养,随后进行16SrRNA测序。结果显示在测试140种化合物中,有25种化合物导致至少一个群落重塑,其中10种化合物破坏了4个群落(泛破坏性化合物)。进一步通过与单一...

中科院动物所金坚石组综述16S rRNA基因扩增子测序技术的前世今生

以下是大多数已发明的16SrRNA基因扩增子测序方法的标准流程：通过一对靶向16SrRNA基因保守区域的通用引物扩增菌群中细菌的16SrRNA基因，并利用高通量测序平台测序获得所有扩增的16SrRNA基因的序列。高通量的16SrRNA基因扩增子测序方法有以下优点：该方法基于16SrRNA基因的扩增，因此可以适用于未培养的细菌或低生物...

16S全长测序揭示运动性脑震荡肠道微生物菌群变化

全长16S测序读长大约1500bp,能够覆盖16SV1-V9高变区域。测序结果通过PCoA分析显示三个时间点之间存在重叠,且ANOSIM分析评估的差异无统计学意义。基于辛普森和香农alpha多样性指数显示在时间点之间没有显著差异。比较门、科和属水平的肠道微生物群组成结果表明赛季中期和赛季后期流行类群的相对丰度相似。有17个物种在休...

iMeta | 徐健/姚粟/崔云龙-合作发明基于拉曼组原理的益生菌单细胞...

相比之下,SCIVVS由三个顺序步骤组成,从提取的活细胞产品中开始,以一种无需培养的方式进行(见图1B):(i)将益生菌细胞在100%D2OMRS液体培养基中孵育3小时;(ii)自动化采集D2O标记的SCRS,统计总活细胞计数、ID和物种水平的原位活力和活性;(iii)分选单个细胞,进行多位点扩增(MDA)和全基因组测序(通过scRACS-Seq...

Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

short-readRNA-seq结果很稳定,对RNA-seq的short-read测序技术多次测试比较发现,其平台内和平台间的相关性都很好(www.e993.com)2024年11月3日。然而在样本准备和计算分析阶段有一些步骤也会引入偏好性。这些限制会影响特定生物问题的解释,比如正确地识别和定量一个基因的多个转录异构体。这一局限与研究特别长或特别多变的转录异构体尤其相关。如...

【云飞杂记】真菌传之测序

佩斯介绍道:“我们带着水桶来到黄石公园,立刻着手干了这些活。”佩斯的研究小组为两种细菌和一种古菌测了序,它们取自“寂静、美丽又布满危险”的水域,没有一个微生物是从实验室里培养出来的,所见之物都是科学新发现。他们最终于在1984年发表了研究结果,标志着人类第一次仅凭基因就能够发现新物种,而这绝不是...

中科院1区-湖北中医大揭示菊花调节肠菌和PPARα/γ通路减轻代谢性...

15d-PGJ2是一种具有抗炎作用的环戊烯酮前列腺素。WECM通过增加PTGDS和15d-PGJ2的水平来逆转这些变化,并抑制促炎细胞因子(TNF-α、IL-1β和IL-6)的产生。Wang等报道花生四烯酸与拟杆菌呈正相关。我们的研究结果显示,MetALD大鼠拟杆菌丰度显著减少,并且与15d-PGJ2呈正相关。然而,肠道微生物群与花生四烯酸代谢...

国内首次报告!胃癌患者链状埃格特菌血流感染

链状埃格特菌是一种不规则的无芽孢厌氧革兰氏阳性杆菌,通常存在于人体消化道。链状埃格特菌1953年首次从人粪便中分离,命名为链状乳杆菌[4]。2011年,Salvetti等根据16SrRNA测序结果将该细菌重新分类到埃格特菌属[5]。链状埃格特菌引起的菌血症在癌症患者中很少报道,我们报告了一例由链状埃格特细菌引起胃癌患者血流...

iMeta | 齐碳纳米孔测序助力揭示桑黄多酚抗结肠炎肠道分子机制

基于齐碳纳米孔测序平台及二代测序平台开展研究,通过16srRNA基因测序评估SH处理对小鼠肠道微生物群落结构的影响;通过对肠道微生物群落的宏基因组测序,确定与5-羟色胺-3-乙酸(5HIAA)生物合成相关的功能基因序列;通过对微生物,尤其是Alistipesonderdonkii等关键菌株的全基因组测序及组装,进一步理解微生物如何影响宿主健...