Nature Methods | 新算法利用空间转录组数据构建肿瘤的“空间进化...

标明该spot的等位基因特异性拷贝数谱;3、推断出与已识别的拷贝数谱(肿瘤克隆)相关的系统发育,以及结合体细胞进化和克隆空间演化的系统地理学图谱;4、利用非单细胞分辨率的SRT技术(如10xGenomicsVisium)推断并模拟正常细胞混合物

上海交通大学医学院空间转录组建库试剂盒单一来源采购公示

上海交通大学医学院相关课题组在研课题涉及到需要用我院现有10xGenomics品牌空转原位转印仪(型号:VCP-LB-01)进行高分辨空间转录组建库实验,符合上机的建库试剂盒只有10xGenomics厂家生产的试剂可以满足。上海仁科生物科技有限公司是10xGenomics公司在中国境内上海地区唯一授权总代理商,全权负责10xGenomics所有产品线的...

...时空组学文章成果高产出|细胞|原基|果蝇|转录组|野生型_网易订阅

空间转录组:连续发育时期的3个花苞样本①在10XVisium平台上对蝴蝶兰进行了空间转录组测序,从时期上覆盖了花序分生组织和近成熟花器官的多个发育阶段,得到了蝴蝶兰花器官发育的时空图谱。②在早期花原基的多个细胞类群中共鉴定出4,685个基因与发育时间相关,分别在分生组织、营养细胞、生殖细胞中呈现选择性的高表达模式。

Nat Neurosci最新发布:人类背根神经节神经元的详细图谱

通过深度单细胞RNA测序技术,提供了对人类DRG神经元多样性和功能的深入理解。2.10xXenium空间转录组用于hDRG神经元的研究10xXenium空间转录组学是一种高通量的单细胞空间转录组学技术,能够在保持细胞空间位置信息的同时,检测和分析单个细胞内的基因表达情况。作者使用RNAscope多重荧光原位杂交(FISH)和10xXenium空...

【陈巍学基因】10X Genomics 的四种空间转录组技术

介绍10XGenomics公司的四种空间转录组技术。包括:1、Visium空间转录组2、FFPEVisium石蜡样本空间转录组3、VisiumHD高分辨率空间转录组4、Xenium组织原位单细胞转录组介绍它们的工作原理,和它们各自的优势与不足,并进行了四种技术的横向比较。

科学家从空间分辨的转录组学数据中绘制细胞相互作用图谱

研究人员介绍了一种多实例学习框架Spacia,用于检测由空间分辨转录组学(SRT)生成的数据中的细胞间通讯(CCC),独特地利用其空间模态(www.e993.com)2024年11月18日。研究人员强调了Spacia在克服推断CCC的常用分析工具的基本局限性方面的强大能力,这些局限性包括丧失单细胞分辨率、仅限于配体-受体关系和已有的相互作用数据库、高假阳性率,最重要的是缺乏...

Nature Genetics | 高通量空间转录组技术推动器官发生研究:MAGIC...

01NatureGenetics报道了一种名为MAGIC-seq的创新微流体技术辅助的网格芯片用于空间转录组测序,显著提升了条形码的标记效率。02MAGIC-seq在降低成本的同时,实现了对多种组织类型的敏感、稳定且可重复的检测,具有高分辨率和通量优势。03该技术能够分析包括后生小鼠脑切片在内的复杂组织,达到接近单细胞分辨率的转录组解析...

【陈巍学基因】视频129:系统地比较 11 种空间转录组方法

内容简介解读论文《Systematiccomparisonofsequencing-basedspatialtranscriptomicmethods》。这篇论文系统地比较11种基于高通量测序的空间转录组方法。论文中设定了3种标准样品,做了35个实验。从:1、捕获效率2、空间分辨率与分子横向扩散3、数据

Nat Commun | 基于单细胞和空间转录组学分析构建NSCLC免疫和非...

此外,研究还使用10xGenomicsVisium平台对8例患者的肿瘤和背景组织切片进行空间转录组学处理。研究鉴定了单核细胞、巨噬细胞、树突状细胞(DC)以及肥大细胞、自然杀伤细胞(NK)细胞、T细胞、B细胞和非免疫细胞亚群。此外,研究还在肿瘤内发现了一个以髓系(LYZ、CD68、CD14、MRC1)和上皮基因(KRT19、EPCAM)共同表达为...

百迈客生物发布我国生命科研行业最新空间转录组芯片百创S3000

在可预见的未来,空间转录组必将引领下一波热浪!近日,百迈客生物在青岛发布我国生命科研行业最新空间转录组芯片百创S3000。相较于现在广受市场认可与好评的百创S1000转录组芯片,百创S3000捕获位点数提升近2倍,分辨率同样提升近2倍。在相同的测序饱和度下,单细胞级别分辨率下中位UMI提升了30%~70%,中位基因数提升30%...