Nature子刊:北京大学陈鹏团队开发相分离体系中蛋白质互作的时空...

值得注意的是,对于单一定位的“骨架”蛋白,无需额外引入标记手段即可获得其在特定亚区域的直接互作蛋白,这类蛋白质因其对区域内“客户”蛋白的广泛直接相互作用,使得其互作组实际上可以看作是该亚区域蛋白质组的一个缩影。基于此,利用DenseMAP策略来获取“骨架”蛋白的互作组,为深入研究生物分子凝集体中特定亚区域的...

Nat Chem | 陈鹏团队开发相分离体系中蛋白质相互作用的时空特异光...

根据这一思路,利用G3BP1-BirA结合δK*,捕捉和鉴定了应激颗粒(SG)中SARS-CoV-2的核衣壳(N)蛋白的互作蛋白质组,并解析了宿主激酶介导的磷酸化对N蛋白在SG中与许多功能性RNA结合蛋白互作的促进作用,进一步阐释了病毒与宿主相互拮抗过程的机制9,10。他们也鉴定和比较了m6A修饰的“阅读器”YTHDF1、YTHD...

...智能实验室青年研究员谈攀发布关于FSFP:基于语言模型的蛋白质...

我们的测试结果表明,即便是在原始的蛋白质预训练模型对突变-性质预测的spearman相关性低于0.1的情况下,FSFP方法只利用任意20个湿实验数据训练模型,也能将上述的预测相关性大幅提高到0.5以上。同时,为了研究FSFP的有效性。我们在一个具体的蛋白质Phi29改造案例中进行了湿实验验证,FSFP在只使用20个湿实验数据训练模...

如CGI一般的分子动力学,让科学家看到了3D渲染后的分子运动「影片」

但显而易见,Alphafold也有它无法完成的任务,正如AlphaFold3的作者所承认,它只能做生物分子3D结构的静态预测,而不能刻画对溶液中生物分子系统的动力学行为,对复杂的「蛋白质-蛋白质」或「蛋白质-小分子」相互作用的捕捉能力很有限,此外,它还有深度学习模型所固有的黑盒性质,可能会产生一定幻觉,导致其预测准确性降低。

原生液体胶原肽,从胶原这种物质的科学属性去剖析

胶原蛋白的生物学特性?生物相容性:是指胶原与宿主细胞及组织之间良好的相互作用。无论是在被吸收前作为新组织的骨架,还是被吸收同化进入宿主成为宿主的一部分,都与细胞周围的基质有着良好的相互作用,表现出相互影响的协调性,并成为细胞与组织正常生理功能整体的一部分。

超算安腾为分子动力学的发展带来了质变

这是因为要想研究药物小分子的结构和性质,模拟的时长至少也需要到微秒级别(可能还不够),即便是每天模拟10纳秒的高性能计算机,都需要100天的时间才能模拟1微秒的蛋白动态构象,而为了找到合适的药物分子结构,需要模拟的分子数量至少也是成百上千的,因此如果硬是要靠分子动力学来取代传统实验的筛选,完全是天方夜谭中的...

Food Chemistry|热杀菌对烧鸡蛋白质理化性质及体外模拟消化后代谢...

南京农业大学曹雅琦博士、黄明教授等人研究了低温杀菌(80°C,30min)、中温杀菌(100°C,30min)及高温杀菌(120°C,30min)等三种杀菌温度对烧鸡蛋白理化性质的影响,并利用体外模拟消化技术研究热杀菌温度对烧鸡蛋白消化率的影响,同时结合UPLC-QTOF-MS/MS代谢组学分析,阐明了热杀菌温度对烧鸡代谢产物释放的影响,...

不只是 AlphaFold,一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...

“了解事物的外观非常重要,因为这样你可以理解它们的功能,”格拉斯哥大学结构生物学家HelenWalden说道。有些人研究问题的化学性质,有些人则研究了物理性质。实验学家通过艰苦的实验室工作重建了蛋白质形状。计算生物学家通过模型和模拟寻找线索,并用不同的算法规则组合进行编程和重新编程。

不只是AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...

“了解事物的外观非常重要,因为这样你可以理解它们的功能,”格拉斯哥大学结构生物学家HelenWalden说道。有些人研究问题的化学性质,有些人则研究了物理性质。实验学家通过艰苦的实验室工作重建了蛋白质形状。计算生物学家通过模型和模拟寻找线索,并用不同的算法规则组合进行编程和重新编程。

入选ACL 2024!实现蛋白质数据与文本信息跨模态解读,中科大王翔...

如下图所示,ProtT3的精确匹配性能比基线高出2.5%,在预测蛋白质结构和性质方面始终优于基线,这证明ProtT3具备优秀的理解蛋白质和文本问题的多模态能力。蛋白质QA的精确匹配性能QA分类:SP代表结构/属性,SI代表补充信息,ft代表微调如下图所示,在以下3个蛋白质问答示例中,ProtT3和Galactica都...