Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
这种情况在短读长RNA-seq中也会导致可控的3??端偏好,但对定位于应用长读长的RNA-seq分析全长转录组的研究者来说,即使是低水平的RNA降解,效果也会受限。因此,相关研究者需要在RNA提取后进行严格质控。其次,中位读长长度也会受到文库制备中的技术问题与技术偏好的限制,例如cDNA合成过程中的截断或降解的mRNA反转录...
ChIP-seq等揭示m6A修饰以促进卵巢癌发展
ChIP-seq结合GEPIA2和Kaplan-Meier数据库分析表明,4号染色体的结构维持(SMC4)是FoxO1的下游靶标,FoxO1通过与其-1400/-1390bp启动子结合来促进SMC4转录。SMC4高表达显著阻断了FoxO1敲低的肿瘤抑制作用。此外,FoxO1通过转录激活甲基转移酶样14(METTL14)并增加其编码序列区域上的SMC4m6A甲基化来增加SMC4mRNA丰度。
诺奖东风吹散乌云,NamiRNA开启miRNA研究新时代
此外,RNA-seq显示HEK293T细胞中过表达miR-24-1上调基因与下调基因比例相当(图5A),ChIP-seq分析显示miR-24-1靶向增强子比例高达60%。因此,位于增强子的miRNA能够通过靶向激活增强子活性在转录组水平全局上调基因表达。图6.HEK293T细胞中过表达miR-24-1后RNA-seq及ChIP-seq分析在此基础上,我们将位于细胞核内能...
Cell | 北京大学杜鹏课题组通过剪接抑制获得两种新型人全能性干细胞
此外,通过CHIP-seq以及ATAC-seq在组蛋白修饰以及染色质可及性水平鉴定了hTBLC的表观特征,发现hTBLCs的H3K27me3修饰水平显著降低,与体内早期胚胎H3K27me3的全局擦除相一致。通过系统比较表观基因组信号峰值,相较于hESCs,在hTBLCs中超过一半的增强以及减弱的峰与体内2-4细胞时期胚胎显示出相似的状态。综上,通过使...
【科技前沿】J Mol Biol | 李海涛课题组合作揭示SPINDOC 衰减...
与此同时，ChIP-Seq，ChIP-qPCR和RT-qPCR实验显示SPINDOC可以影响Spindlin1的基因组分布模式，减弱Spindlin1在某些基因启动子区域的定位，并降低这些基因的转录水平，如Spindlin1的靶基因CyclinD1，rDNA，MYC等。与体外的生化实验一致，SPINDOC并不影响Spindlin1在双修饰H3“K4me3-K9me3”基因区域的定位。值得一提的...
何川团队Nat Methods,NBT及Mol Cell三连发|细胞|位点|dna|rna|...
DNA免疫沉淀测序(DIP-seq),有时与外切酶酶切(6mA交联外切酶测序;6mACE-seq或ChIP-exo)已被广泛用于生成6mA的全基因组图谱(www.e993.com)2024年11月18日。尽管它能够表征哺乳动物gDNA中的6mA,但人们担心抗体脱靶结合、阅读错位和RNA污染可能导致使用这些基于抗体的方法检测6mA的人为假阳性基于限制性酶切的方法,如6mA-RE-seq和DpnI-seq,产生单...
MeRIP-seq等揭示m6A在结直肠癌PD-1治疗中的作用
Ribo-seq数据表明,YTHDF1缺失与TNF信号通路失活显著相关,YTHDF1敲除降低了参与TNF信号的基因核糖体保护片段丰度(图5A)。因此,YTHDF1可以通过促进蛋白翻译来调节TNF-κB信号通路。由于YTHDF1的m6Areader功能,通过m6A免疫沉淀测序(MeRIP-seq)以鉴定m6A修饰的转录本。通过筛选参与TNF信号通路的mRNAm6Apeaks,鉴定出...
表观遗传学最强辅助!ChIP实验的进阶教程来了!
??ChIP-seq:定位??ChIP-seq:峰值调用??ChIP-seq:基因组浏览器??ChIP-seq:基序??ChIP-seq:基因本体??ChIP-seq:热图04第四课优化和疑难解答??优化您的ChIP实验方案??疑难解答??ChIP技巧与常见问题??基于少量细胞进行ChIP...
诺禾致源2022年年度董事会经营评述
开发了ChIP-seqpeakcaing分析流程、分析软件升级、搭建宏病毒数据的挖掘及展示流程、并对宏病毒的鉴定等进行了算法升级及优化,并取得5项软件著作授权。在多组学技术的融合方面,致力于通过转录表观组等不同组学的数据去挖掘不同层次的生物学信息。持续研发CUT&Tag与转录组关联分析、ribo-seq与转录组关联分析等生信分析...
miRNA靶点位于mRNA CDS区的研究
技术手段：RT-qPCR，荧光素酶报告基因检测实验，核糖体分析（Ribo-seq），RNA-seq，ChIP-qPCR，eCLIP-seq等技术DOI号：10.1038/s41594-018-0136-3研究思路图3本文研究思路示意图研究结果1、MRE在CDS中专门发挥抑制翻译的作用首先，作者结合其前期Ago2CLIP-seq数据及文献调研，通过CLASH作图确定HEK293T...