Cell | 单细胞测序+蛋白质组成像,绘制迄今最全面的空间分辨健康...
经质量过滤后,每个细胞的中位数为16,903个唯一分子标识符(UMIs)、3,117个独特基因和约3%线粒体reads。造血细胞分析发现了三系造血和HSPC亚群,并改进了其他以造血为中心的骨髓scRNA-seq数据,捕获了完整的粒细胞分化轨迹。非造血细胞分析鉴定了三种主要细胞系——血管平滑肌细胞(VSMC)、EC和间充质细胞(包括MSCs...
NAR| BATMAN-TCM 2.0:国家蛋白质科学中心李栋/刘中扬团队建立升级...
国家蛋白质科学中心李栋研究员、刘中扬副研究员和北京中医药大学郭淑贞教授为论文共同通讯作者,国家蛋白质科学中心的孔祥任硕士研究生、刘超硕士研究生、张祖祯硕士研究生以及河北大学生命科学学院
...水产研究所陈胜军研究员:微冻贮藏过程中对南美白对虾蛋白质...
α-肌动蛋白在UniProt上找到蛋白质条目标识符为A0A423TJG5(表1)。对α-肌动蛋白的理化性质和疏水性进行分析,结果显示α-肌动蛋白含有1081个氨基酸,不稳定系数为40.73,属于不稳定蛋白,在体外稳定性不高,容易降解(标准<40为稳定蛋白)。采用Protscale分析α-肌动蛋白的疏水性,结果(图2A)表明,氨基酸序列主要分布...
大规模蛋白质翻译后修饰提取模型BioBERT,具有远程监督和置信度校准
研究人员通过文本挖掘PubMed摘要来提取PTM,提取蛋白质对及其相应的PTM。给定输入期刊摘要,输出是形式的三元组,其中Protein1和Protein2是蛋白质的Uniprot标识符。由于他们的训练数据源不包含蛋白质之间关系的方向,所以不考虑Protein1和Protein2之间的关系方向,即等价于。研究人员还旨在帮助PTM-...
Cell子刊:西湖大学郭天南/郑钜圣团队建立AI模型,基于血清蛋白组...
图1:研究内容概览,纵向人群队列的血清蛋白质组学分析该研究纳入了3840名来自广州营养与健康研究队列(GNHS,ClinicalTrials.gov标识符:NCT03179657)的参与者。血清样本在三个时间点进行采集:3479份样本在基线(2008-2010年)采集,2638份样本在第二次随访(2014-2017年)采集,1773份样本在第三次随访(2018-2019年)采集。
香山科学会议专栏5:面向分子科学的数据智能——(中国科学技术大学...
江俊团队还提出了基于二维光谱描述符的蛋白质二级结构机器学习识别方法,驱动机器自动解读光谱信号并反演识别相应结构,对同源和非同源蛋白片段的识别准确率分别达到了97%和91%.Paton团队开发了一个GNN模型,能够在几分之一秒内预测有机分子的键能,其预测结果相对于密度泛函理论(densityfunctionaltheory,DFT)结果的平均...
科学家们已经在为可能发生的下一次冠状病毒大流行做准备
萨切尔的团队在三维视图中绘制或"解决"了三个新的蛋白质结构,并在帮助病毒躲避免疫系统的机器中发现了一个秘密标识符。他们在蛋白质nsp16中发现了一个冠状病毒特异性口袋,它与由金属离子固定的病毒基因组片段结合在一起。该片段被冠状病毒用作所有病毒构建模块的模板。由于这个原因,有可能制造一种药物来适应这个...
实用贴—注释数据库介绍之GO、KEGG数据库
GO(geneontology)是基因本体联合会(GeneOnotologyConsortium)建立的数据库。目的在于建立对基因和蛋白质功能进行限定和描述,可以适用于各个物种,并且随着研究不断深入而更新的语言词汇标准。GO是多种生物本体语言中的一种,提供了三层结构的系统定义方式,用于描述基因产物的功能。