中科院动物所金坚石组综述16S rRNA基因扩增子测序技术的前世今生

他们针对16SrRNA基因的可变区之间的保守区域设计了DNA探针并通过探针杂交进行16SrRNA基因的纯化富集，然后通过DNA克隆扩增和Sanger测序进行测序分析；中间无需培养细菌。1990年，更高效的16SrRNA基因PCR扩增富集法取代了DNA探针杂交富集法，即使用针对16SrRNA基因保守区域设计的引物特异性PCR扩增16SrRNA基因。这一富...

国产基因测序仪,在夹缝中爆发

华大智造的DNBSEQ-G99,是目前全球中小通量测序仪中速度最快的机型之一,12小时可完成PE150测序,适用于小样本量的肿瘤靶向测序、小型全基因组测序、低深度WGS测序、个体识别、16s宏基因组测序等多种应用。而万众一心的MICRO-ATGC,用无磁珠测序法,利用电信号代替传统光学信号,实现高速电子测序。再来看功能。基因测序仪...

华智产品汇:微生物16S rDNA扩增子测序技术服务

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16S全长测序揭示运动性脑震荡肠道微生物菌群变化

全长16S测序读长大约1500bp,能够覆盖16SV1-V9高变区域。测序结果通过PCoA分析显示三个时间点之间存在重叠,且ANOSIM分析评估的差异无统计学意义。基于辛普森和香农alpha多样性指数显示在时间点之间没有显著差异。比较门、科和属水平的肠道微生物群组成结果表明赛季中期和赛季后期流行类群的相对丰度相似。有17个物种在休...

微生物组-扩增子16S分析和可视化(2024.10)

研究方法:培养组学、扩增子测序(最常用)、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组、宏代谢组、宏表观组等宏基因组学的研究热点:微生物多样性、宏基因组、培养组、肠菌与疾病、MWAS扩增子基本原理:细菌/古菌16S、真菌18S/ITS结构、引物选择等实验设计:样品制备和建库中的误区...

iMeta | 北大深圳医院桂耀庭组揭示弱精子症患者精浆微生态的动态...

基于代谢物靶向基因预测分析和单细胞转录组测序分析结果,我们还验证了候选靶基因PAOX和CA2的蛋白水平,结果表明十六酰胺处理后精子样品中PAOX和CA2的蛋白水平上调(www.e993.com)2024年11月3日。综上所述,本研究揭示了AZS发病程度不同的患者精浆中6种关键菌属丰度与十六酰胺含量存在明显的差异,且6种菌属与十六酰胺存在显著相关性。此外,十六酰胺可...

iMeta | 齐碳纳米孔测序助力揭示桑黄多酚抗结肠炎肠道分子机制

基于齐碳纳米孔测序平台及二代测序平台开展研究,通过16srRNA基因测序评估SH处理对小鼠肠道微生物群落结构的影响;通过对肠道微生物群落的宏基因组测序,确定与5-羟色胺-3-乙酸(5HIAA)生物合成相关的功能基因序列;通过对微生物,尤其是Alistipesonderdonkii等关键菌株的全基因组测序及组装,进一步理解微生物如何影响宿主健...

mNGS、NGS和WGS三种基因测序方式的区别

NGS全称是Next-generationsequencingtechnology,也就是“下一代”测序技术(二代测序技术),属于短读长测序(可读取的序列长度一般在300个碱基以内),主要包括16S短片段测序,以及WGS测序(全基因组测序后将小片段组装),一般可以选择NGS的16S短片段测序作为预实验,可以最低成本最短时间获得较多高质量的细菌菌属数据,并排除...

四川中医药科学院: 基于高通量测序中江丹参“发汗”过程中优势微...

(1)“发汗”过程中丹参样品微生物门水平群落组成特征:根据高通量测序结果,从21份供试样本中共检测到6个真菌菌门,其中主要由子囊菌门AscomycotaBanani,H.、担子菌门BasidiomycotaLoftus,B.J.组成,结果见图5。子囊菌门为中江丹参“发汗”过程中的绝对优势真菌,仅6号发汗条件,发汗5d时...

一谱识菌: MALDI-TOF MS 在病原微生物临床应用的专家共识

推荐意见10:Sanger测序可用于验证不常见病原微生物的质谱鉴定结果,推荐16S核糖体RNA(16SribosomalRNA,rRNA)(细菌)/内转录间隔区(internaltranscribedspacer,ITS)(真菌)作为靶基因,当无法鉴定到种水平,需要加测其他保守基因。对不常见病原微生物的鉴定结果,建议查询其基本信息,并采用其他方法学的复核和验证,...