基于171种猴痘病毒蛋白质的完整单点突变图谱,探索潜在疫苗及药物...

研究团队利用ProteinGym(v1.0.0)数据集确定了两种最佳病毒蛋白突变效应预测算法ESCOTT和iGEMME,基于其重建了171种MPXV蛋白的完整单点突变图谱;并通过Colabfoldv1.5.5生成了输入多序列比对(MSA)和蛋白质结构,并使用pLDDT等方法评估了结构质量。特别地,该研究提出了一种名为“平均基因突变敏感性(AGMS)”的新指标,...

Nature Methods | 基因变异与蛋白质功能的动态链接:G2P平台推动...

使用AlphaFold预测的高置信度区域(pLDDT≥70)内的变异比低置信度区域(pLDDT<70)的变异具有更集中的ASA和二面角分布,说明高置信度区域的结构更加稳定,这些区域的变异可能对蛋白质功能影响更大。错义变异组中的特征比较:不同数据库中错义变异组的蛋白质特征存在显著差异。gnomAD数据库中的常见变异往往出现在不...

洪亮团队基于图扩散概率模型生成活性高、体积大、结构复杂蛋白质

结构和功能之间的隐含映射规则,生成多样化的蛋白质序列,并以极高的成功率通过湿实验验证,最终在两款超长的多结构域复杂功能蛋白(KurthiamassiliensisAgo和PyrococcusfuriosusAgo,简称为KmAgo和PfAgo)得到超过10倍的DNA剪切活性提升,显著高于现有任何已发现的常温野生型蛋白活性。

哈佛大学研究发现,多吃这类蛋白质,延长健康寿命,健康长寿的几率...

最后,研究人员分析了用等热量的植物蛋白质替代脂肪、碳水化合物,发现与实现健康长寿的可能性增加相关,用3%能量植物蛋白质替代精制碳水化合物,与实现健康长寿的可能性增加8%相关。此外,用植物蛋白质替代总碳水化合物、总脂肪、动物蛋白质或乳制品蛋白质的热量与更高的几率无慢性病相关。植物蛋白质的摄入还与减少20-6...

优化细胞培养工艺,乐纯生物旗下子公司战略引入德国PL产品

据康晟生物CTO袁军博士介绍，PL产品是一种无异种源、无动物血清的细胞培养添加物，它含有细胞生长所需的所有生长因子和细胞增殖时所需的蛋白质，不管是在科学研究或是临床治疗，是取代各类血清（例如胎牛血清、人类AB血清）的极佳方案，因此常应用于人干细胞、体细胞和肿瘤细胞的体外扩增培养，有助于研究人员增强对...

汪小我基于深度学习的交互式工具包,用于高效和有效的蛋白质设计

(3)pLDDT，ESMFold预测结构时的局部距离差异测试得分（越高表示越好）(www.e993.com)2024年11月8日。这些指标从序列和结构两个方面对蛋白质设计进行了综合评价。参考结构、特定设计序列及其预测结构都是可视化的，用户可以与它们进行交互。2.技术实现科研团队描述了DIProT的整体推理流程。给定一个蛋白质结构，科研团队将从其主链原子的坐标中...

【科技前沿】Protein & Cell | 甘波谊/陈俊杰团队通过蛋白质组学...

insuppressingferroptosis,他们通过对铁死亡的14个关键调控蛋白质进行蛋白质组学分析,建立了铁死亡调控途径的蛋白质相互作用网络图谱,并发现磷脂酰胆碱(PC)或磷脂酰乙醇胺(PE)合成酶——胆碱/乙醇胺磷酸转移酶1(CEPT1)作为溶血磷脂酰基转移酶LPCAT3的结合蛋白,具有稳定LPCAT3蛋白功能,因而可能具有促进铁死亡的功能。

...Reports | 刘平生团队报道鱼类肝脏脂滴的纯化及其蛋白质组…

斑马鱼肝脏脂滴蛋白质组中有69种蛋白是其独有的，除参与脂代谢的蛋白外，还有许多线粒体蛋白，提示脂滴可能与线粒体存在多种相互作用。在斑马鱼肝脏脂滴蛋白质组中，还检测到了PLINs家族蛋白PLIN2和PLIN3，并验证了斑马鱼的PLIN2确实定位于脂滴上。与斑马鱼的结果相似，在鲫鱼肝脏脂滴蛋白质组中共检测到267种蛋白，...

Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...

这一要求在很大程度上排除了用片段蛋白质富集NMPF的可能性。不过,即使是含有大量此类可疑序列的NMPFs,也能生成稳定的三维模型(通常具有较高的结构质量,pLDDT和pTM分数就是证明),其中许多与SCOPe结构域具有结构同源关系。因此,包含此类序列的族可能代表构成多域序列的蛋白质片段或蛋白质结构域,或多聚体...

上海交大洪亮团队开发扩散概率模型——CPDiffusion,设计生成高...

这一扩散概率模型最终生成骨架上每个氨基酸的联合概率分布,通过对学习到的分布进行采样,可以得到相应的蛋白质序列。之后使用AlphaFold2对生成序列进行结构预测,并根据RMSD,pLDDT等进行筛选后得到一批序列,集合湿实验合成、表征和评估确认其表达性、活性、热稳定性等表现。